1562年——1565年徐阶任首辅，拨乱反正。禁海令使倭寇之患日炽。
徐阶取代了严嵩成为新的宠臣和权臣。
徐阶这个人，如果站在道德的角度看也不怎么的，严嵩干过的事他也没少干，争宠夺权，阴谋诡计，说不得光明磊落，也说不得正直无私。严嵩今天迫害这个明天暗算哪个，徐阶始终袖手旁观，明哲保身。为了讨好严嵩，他把孙女嫁给严嵩的孙子做小妾。正直的大臣都鄙视他。
但是，在严嵩当权时期，他又不得不那么做。他跟严嵩搭档十年，若非同流合污也活不到今天。就像警匪片里打入黑帮的警察，你不把自己伪装得跟黑帮一样早就暴露了身份被干掉了，哪有机会完成干掉黑帮老大的任务。
徐阶性格“阴重不泄”，城府很深，喜怒不形于色，很适合干潜伏工作。
严嵩倒台后，徐阶完成了潜伏任务变回了好人。
说起来徐阶跟嘉靖初期的首辅张璁很像，没当上首辅前都不咋地，当上了首辅后工作很出色。
徐阶跟张璁共过事，因为大礼仪事件被张璁贬出京城。后来一步步爬上来做了吏部尚书，直至首辅。
徐阶上任后写了三句话“以威福还主上，以政务还诸司，以用舍刑赏还公论”。这就相当于他的就职演说。他说他要维护皇帝的威信，不干预各部门的工作，让赏罚经得起公论。一言以蔽之，就是说我绝不像严嵩那样专权独断。
严嵩专权弄权，一手遮天，既损害了皇帝的威信，又扰乱了各部门的工作。顺我者昌逆我者亡，当赏不赏，当罚不罚，以人情贿赂为判断标准，败坏了纲纪。
徐阶给大家立下三条规矩：有事找我到衙门来说，家里不谈公事；谁也不准来我这里跑官；我选官主要看能力而不是资格。
这是针对当时贿赂请托的风气约法三章。这个约法三章跟张璁的风格很像。
他给皇帝票拟时总是拉着次辅（副宰相）跟他一同签名，也就是说必须经过次辅认可他才上报。嘉靖说你一个人签就行了。徐阶解释说，政事应该集体决定而不能由我一个独裁。“专则私，私则百弊生”。一言堂的弊端太大了。
徐阶承诺不专权并非口头说说而已。他真是在这么做。
徐阶上任后派人下去考察官吏，根据考核结果提拔或贬斥。
徐阶在任上提拔了很多贤臣能将。明朝后期的名臣几乎都是他提拔上来的，比如高拱、张居正、海瑞、戚继光。高拱是他推荐入阁的。张居正参加科举时是他判的卷子，算是他慧眼识珠。海瑞骂皇帝差点丢了命，是徐阶救了他的命。戚继光是抗倭名将。徐阶对他多有倚重。
徐阶拨乱反正使国内混乱的政治开始逐渐好转。
对于外患，徐阶任内解决了一半。“北虏南寇”是明朝一直很头疼的事。徐阶解决了“南寇”，教训了“北虏”。
“北虏”是指蒙古人。嘉靖时期主要是指俺答汗领导的鞑靼土默特部。
俺答汗经常跑到中国边境抢掠，把中国当成自动取款机，一度打到北京附近，烧杀抢掠一番而去。
在徐阶做首辅时，俺答汗又打到北京附近。当时的兵部尚书去请示嘉靖。嘉靖正在做法事，不见客也不看奏折。兵部尚书没辙只好去请示徐阶。徐阶拍板先斩后奏，调兵迎战。俺答汗遇到明军的阻击不能深入，带着劫掠来的东西往回撤。负责切断俺答汗后路的一支明军赶到发起攻击，歼灭了俺答汗的后军，夺回了不少东西。
此战虽然算不得大胜，但也教俺答汗不敢再那么猖狂。此后俺答汗不敢再孤军深入。
“南寇”是指日本海盗，又叫倭寇。
倭寇自元朝就有，但到了明朝开始猖獗。之所以会这样，这跟朝贡有着直接关系。
前面已经解释过，朝贡其实就是边贸。边贸本来是互惠互利的事情。但是明朝认为自己地大物博不求与人，跟别人做买卖是对别人的恩赐，所以要求对方以称臣纳贡的方式跟明朝进行贸易。
开始日本不肯称臣。明朝也就拒绝跟他贸易。于是倭寇就跟俺答汗一样跑到中国抢掠。后来明朝被搞得没脾气，答应日本朝贡，但要求日本政府解决倭寇问题。日本政府马上照办，清理了倭寇。天才一秒钟就记住：(
后来嘉靖上台，日本进入战国时代，有两拨人争着代表日本政府向明朝朝贡，在中国的地面上打了起来，杀了明朝的官吏和百姓。嘉靖一气之下，禁止日本朝贡。于是倭寇之患再起。
日本那个小破岛自古资源贫乏，什么都不产，就指着中国过日子呢，铁器、丝绸、瓷器、药材，甚至锅碗瓢盆都得从中国进口。如果停止贸易，他们的生活质量会大打折扣。
小日本想通过合法贸易不成，转而走私，通过中国沿海的商人进行地下贸易。做贸易需要本钱，没本钱的人就去抢。在日本历年混战中，主公挂掉或者被主公开除的武士成了“浪人”。浪人象丧家犬一样四处流浪寻找生计。有实在找不到饭辙的就下海做了海盗，做没本钱的买卖。后来有本钱的人也加入到海盗行列，连买带抢，商盗不分。走私和抢掠最后演变成祸害中国边境的倭患。
既然海盗横行，明朝这边商人在进行海上贸易的时候不得不依靠武装押运。而私人武装的存在让朝廷很是担心。当年的王仙芝、黄巢起事就是利用自己贩私盐的武装起家。
朝廷不允许私人武装的存在又剿灭不了海盗，索性下达禁海令完全叫停海上贸易，让海盗饿死在大海里。百姓私自出海会以“里通外国”论处。日本以及其他外国商队也不准再进入中国。
“封海令”一出不仅使中国海上贸易大受打击，也同时连累了渔业和造船业。
但是沿海百姓世代打渔经商，不让出海他们吃什么？政府虽有禁令，但他们照干不误，无非是由地上转入地下而已。
正常贸易变成走私。原来的商队现在变成走私集团。在利益的驱动下，中日走私团伙联起手来武力对抗明朝政府。
真海盗和走私团伙都被明朝通称为“倭寇”。“倭”是矮的意思，代指矮冬瓜一般的日本人。“倭寇”的本意是指日本海盗。后来中日联合海上走私团伙出现，明朝把他们也归到“倭寇”里面，一视同仁，一块打击。
不过明军的战斗力实在不敢恭维，跟装备精良的倭寇缠斗屡落下风。日本的WSD非常锋利，能把明军的大砍刀削断。明军身上的铁甲在WSD面前跟没穿一样，根本扛不住WSD的劈砍。
倭寇一度占领了中国沿海20多座城市，以这些城市为基地在沿海一带甚至深入内地烧杀抢掠。
嘉靖让浙江巡抚朱纨领兵清剿东南倭寇。朱纨是个狠角色，手段强硬，双管齐下。他不仅打击倭寇，也打击跟倭寇有来往的百姓，包括跟倭寇有贸易来往的商人，一律按通倭罪论处。他在沿海地区实行保甲连坐制度，一人通倭，全家乃至全村遭殃。他严格执行禁海令，禁止百姓下海，见到两桅以上的大船便就地烧毁。
朱纨组建了一支舰队，深入倭寇的巢穴围剿倭寇，端了最大的走私贸易基地也是海盗聚集地的双屿港（在宁波外海）。
双屿港是在佛郎机（明朝对西班牙人和葡萄牙人的混称）控制下的黑市。倭寇和佛郎机在此交易。
朱纨用木头和石头填塞了双屿港的港口，使船只再也无法在此靠岸。
被赶走的佛郎机转而在濠镜（澳门）落脚，通过贿赂当地官员获得暂住权，后来竟然霸占了濠镜。这是后话暂且不提。
通过朱纨的一系列打击，沿海地区的倭患逐渐得到控制。
但是他铁腕禁海不仅断了倭寇的生路也断了沿海百姓的生路。倭寇恨他，沿海百姓也恨他，各地官员也纷纷投诉他。御史弹劾朱纨擅自杀戮，杀人如麻。朝廷下令将其免职、双规。
朱纨感到委屈，喝药自杀。
随后几年没人愿意接替朱纨的工作，海防逐渐荒废。倭患做了一个俯卧撑，再次抬头。
大盗汪直将朱纨打散的倭寇收至麾下，成为东南沿海势力最大的海盗头子。
汪直本是徽商出身，手下有几百条船和上万人的武装。嘉靖禁海后，他把商团总部迁往日本九洲，占岛为王，变身倭寇。他因为实力最强被倭寇奉为盟主。
他率领倭寇反攻大陆，烧杀抢掠，无恶不作。沿海地区很快又变成倭寇的天下。
嘉靖只好再次派兵剿匪。这次他指派的主帅是浙江巡抚胡宗宪。
胡宗宪手下有两员大将，俞大猷和戚继光，能征惯战。两人率军反击倭寇，打得倭寇节节败退，最终被赶下大海。
但是倭寇流窜海上，随时还能上岸卷土重来。明军云集浙江，他们便北上江苏、山东。明军向江北集结，他们掉头南下骚扰福建。明军防不胜防。
胡宗宪认为武力绞杀无法彻底平定倭患，必须剿抚并用。他派人招安汪直，许诺他恢复自由贸易。
汪直愿意被招安。他和单纯靠抢为生的海盗还是有区别的，甚至说是对头。如果不是为了提防海盗抢他的商队，他也不必养着上万人的私人武装。他率领倭寇进攻沿海，其目的之一也是为了“要挟官府，开港通市”。
汪直得到胡宗宪通商互市的承诺后，率领部分手下前来投降。
但是汪直上岸到达杭州后遭到巡按御史王本固的逮捕。
巡按御史是都察院（相当于中纪委）派往地方巡察工作的官，相当于中央巡视组组长。巡按御史别看级别不高，只是正七品，但权力颇大，可以检查指导巡抚的工作。
王本固不同意招抚汪直，认为胡宗宪拿了汪直的好处替汪直说话，上书朝廷建议处死汪直。
胡宗宪不敢坚持招抚汪直，闭口不言，做了缩头乌龟。
朝廷相信杀了汪直，倭寇群龙无首不攻自乱，同意处死汪直。
没承想汪直之死直接带来江浙十年战乱。汪直的手下悲愤难当疯狂报复，血洗中国沿海。明军不能阻挡。
嘉靖迁怒于胡宗宪。有人指控胡宗宪是严嵩一党漏网之鱼。嘉靖于是将胡宗宪撤职查办。胡宗宪有冤无处申，在狱中自杀死亡。