到燕山了后，范成大秘密地草拟奏章，具体论述受书仪式，把它放入怀中。范成大首次呈进国书的时候，言词慷慨。金国君臣正认真倾听，范成大忽然上奏道：“两朝已经结为叔侄关系，而受书礼仪没有确定，我这里有奏章。”于是把插在腰上的手板拿出。金世宗大吃一惊，说：“这难道是献国书的地方？”金朝群臣用手板击他要他起来，范成大跪立不动，一定要把国书送上。
金太子国完颜允恭侍完颜雍身侧，禀告道：“宋使无礼，应加死罪。”金主完颜雍不从，令回到住所，听候处理。范成大一直跪着要献上国书，金国朝臣议论纷纷。最终，范成大得以保全气节而归。范成大返宋，完颜雍回书拒宋所请，只许奉迁陵寝，同意归还宋钦宗梓宫。
孝宗还是不死心，又派遣中书舍人赵雄往贺完颜雍的生辰，仍然申说前请。完颜雍还是不肯答应，到赵雄辞别的时候，他对赵雄说道：“你们为什么舍弃钦宗，专门请巩、洛山陵呢？如果你们不想让不钦宗归榇，我当为你们国代葬。”赵雄不便回答，只说要禀告之后，再做定夺。完颜雍等了一年，杳无音信，于是用一品的礼仪，安葬钦宗于巩、洛。
孝宗的太子死后，庆王赵恺按照次序应该被立为太子。但是孝宗因为第三个儿子赵惇，英武类似自己，于是越过顺序立他为太子。绍兴十七年九月，赵惇生于孝宗的藩邸，他的母亲是成穆皇后郭氏。绍兴二十年，被赐名赵惇，授右监门卫率府副率，转荣州刺史。宋孝宗即位后，赵惇拜镇洮军节度使、开府仪同三司，封恭王。
虞允文为相时，请求趁早确立皇太子。乾道七年，赵惇被立为太子。孝宗进封赵恺为魏王，判宁国府，又命宰相设宴玉津园。酒宴完毕，送赵恺上车。赵恺对虞允文说道：“还望相公保全！”虞允文自然劝慰不已，赵恺这才带着家眷去了。
不久吴太后的妹夫张说，攀援亲属，竟然被擢升为签书枢密院事。诏命下达后，朝臣大哗。左司员外郎兼侍讲于是上疏劝谏，还跑到朝堂责备虞允文说道：“宦官执政，是从京、黼开始。近亲执政，是从相公开始的。”虞允文不禁惭愧，禀告了孝宗，孝宗于是收回成命。
到了乾道八年，孝宗改左右仆射为左右丞相，左相仍然是虞允文，右相是梁克家。接着又出张栻为知袁州，命张说进入枢密院。侍御史李衡，右正言王希吕，又上书劝谏。直学士院周必大，还不肯写诏。给事中莫济，封回了录黄。孝宗将他们四人一齐罢免，京城人士却称他们为四贤。
虞允文因为谏院乏人，特别荐用李彦颖、林光朝、王质三人，孝宗没有批准，反而任用了幸臣曾觌所举荐的人员，于是虞允文请求离职。孝宗就调他宣抚四川，进封雍国公，又赐虞允文家庙祭器，以示宠遇。
虞允文陛辞之际，孝宗谕示他进兵收复失地的
方略，约定以某日会师于河南。虞允文说道：“以后要防止朝廷内外不相呼应。”孝宗答道：“如果西师出兵而朕还在犹豫，那是朕辜负你；如果朕已经行动而你仍在犹豫，那就是你负了朕。”又亲临正衙酌酒、赋诗，为他践行。
乾道九年，虞允文抵达成都就任。当时四川宋军每月领米一石五斗，不能养家。虞允文得讯后，捐出宣司钱三十万换米，按照士卒家中人口增给米数。除此之外，他还订立户马七条，搜括民马，“奏选良家子”，以备将来的战争使用。
四川北部有一位名为寇邻的首领，率领数万人活动于商、虢二州间，在虞允文任相时归顺。到了虞允文镇蜀时，他又派人向四川方面去信联系，但虞允文未作回复，只是照旧羁縻而已。之后寇邻的密谋泄露，被金国暗中逮捕。宰臣叶衡将此事奏报朝廷，虞允文上疏自辨，请求纳禄，孝宗未批复。
孝宗曾对虞允文有共同洗雪“丙午之耻”、北伐中原的期许。但虞允文镇蜀一年，并没进兵计划。孝宗下密诏催促，他却称军需还没有准备完备。淳熙元年，虞允文因积劳成疾，不幸病逝，享年六十五岁。孝宗闻讣讯，为之辍朝，追赠少师。
孝宗因虞允文镇蜀时没有实现北伐计划，心中颇为衔恨。在虞允文死后，“凡宣抚使饰终之典，一切不用”。到虞允文举荐的赵雄拜相之后，屡次为他申辩，称其有志于恢复，但是不幸逝世，才无法完成使命。淳熙四年，孝宗在白石大规模阅军，赵雄上奏称军中都是年少健壮之人。孝宗感叹道：“之前虞允文进行裁汰之法，如今才见成效。只谈采石一事，也是奇绝。”次年，赵雄拟请加赐虞允文赠谥，孝宗同意，并删去赵雄所拟写的诏书中“久在相位，实著勋劳”八字，将所赠太师之官改为太傅，谥号“忠肃”。
虞允文为左丞相时，受到御史萧之敏弹劾，他上章待罪。宋孝宗前往德寿宫时，赵构说道：“虞允文在采石立功时，萧之敏在何处？不要听任虞允文去职。”孝宗于是将萧之敏外调地方，又亲自在扇面上题诗，以挽留虞允文。虞允文认为萧之敏为人端庄正直，请求召他回朝，以开辟言路。孝宗认为虞允文所言宽厚，特命大臣曾怀将此事写在《时政记》中。
为庆贺乾道八年的孝宗生辰，完颜雍派外戚乌林答天锡作为使臣来宋祝贺。乌林答天锡为人傲慢不恭，坚持要求孝宗下榻问候完颜雍的起居。孝宗不肯答应，他便长跪不起，一旁侍臣都惊愕失措。于是虞允文请求孝宗先回宫中，并命知閤门事王抃告诉乌林答天锡说道：“大驾既已动身，便难以再度临朝。使臣到来，且随班向陛下祝寿。”乌林答天锡闻言，惭愧退下，次日随群臣觐见孝宗。
梁克家外和内刚，自从虞允文去后，他独自担任宰相数月。他和张说论及外交，意见大多不合，于是也乞求
外调，出任建宁府知府。张说喜欢欺罔，渐渐被孝宗察觉，这才加以罢免。
乾道八年冬天，孝宗又拟想改元。元旦之时，改为淳熙元年。左相空缺不设置，右相也多有变更。曾怀、叶衡等人一会进、一回退，却庸庸碌碌，没有什么建树。叶衡还举荐左司谏汤邦彦，为金国申议使。汤邦彦到了金国，被金拒绝。
过了很久才得以引见，只见两旁列着卫士，统是控弦露刃，耀武扬威。吓得汤邦彦心惊胆战，一句话也不能发，竟然匆匆回来。孝宗恨他有辱使命，把他流戍新州。从此以后，申请陵寝的朝议，于是不再提及。
这年冬天，孝宗立贵妃谢氏为皇后。谢皇后本是丹阳人氏，幼年丧父，寄养在翟家，因而冒姓为翟。等她长大之后，长得极为美丽。她入宫侍奉吴太后，太后又把她转赐给孝宗，被封为婉容。次年，晋封贵妃。淳熙三年，孝宗带着嫔妃一起去德寿宫，谒见赵构。赵构见她端肃恭谨，因而说她可以继位中宫。孝宗仰承亲命，于是立她为皇后，恢复姓谢。孝宗不好渔色，宫闱里面，除谢后外，只有蔡、李两妃。
惟当时有一位道学先生，远承孔、孟，近而效法周、程，专讲正心诚意的功夫，被称为大儒。陈俊卿、胡铨、梁克家等，相继举荐他，却屡征不来。孝宗又怀念起史浩，召他为醴泉观使，兼侍讲。
史浩想延揽名人，借以堵塞众人之口，于是荐朱熹知南康军。朱熹再三推辞，朝廷不许，没奈何只得受命赴任。适逢南康大旱，灾害严重。朱熹到任后，即着手兴修水利，抗灾救荒，奏乞蠲免星子县税钱，使灾民得以生活。朱熹行视陂塘时，在樵夫的指点下找到白鹿洞书院的废址。经朱熹的竭力倡导，到淳熙七年，白鹿洞书院很快修复。朱熹在南康军任上，为白鹿洞书院殚精竭虑，不遗余力。他曾自兼洞主，延请名师，充实图书，还请皇帝勅额，赐御书。还置办学田，供养贫穷学子，并亲自订立学规，即著名的《白鹿洞书院教规》。
史浩又当上宰相，曾觌、甘昪等联作党援，招权纳贿，任意黜陟。接着史浩被人弹劾，又被罢相。淳熙六年，夏日亢旱，孝宗下诏访求直言，朱熹从南康上疏。孝宗看了，不禁大怒道：“这是讥笑我为亡国之主。”幸好枢密使赵雄在侧，上奏解道：“士人多半好名，如果直谏被斥，反而增加了名誉，不如格外包容，因长录用，看他措置，是否合宜，那时优劣自见了。”孝宗这才怒气稍息，诏令朱熹提举常平茶盐。不久，他又被调任浙东。
此时浙东大饥，朱熹独自进宫，向孝宗当面上奏灾异由来，请孝宗修德任用人，还指出时弊共有七事。孝宗改容静听，并褒奖他正直。朱熹于是陛辞回到浙江，一下车，即发书给其他的州郡，召募聚集米商，减少赋税。米商齐集，百姓这才不担心缺乏粮食。