顿时警报和雪片一样，报入了京城。太宰王黼却因为朝廷正准备整师北伐，无暇顾及这些小寇，于是把警奏搁起，并不上报。后来淮南发运使陈遘直接上奏给赵佶，请求朝廷调禁兵及鼎、澧的枪牌手兼程赶往镇压，防止方腊势力扩大，赵佶才知道了此事。赵佶大惊，急忙召集重臣商议，决定暂时停止北伐，准备南征。
赵佶于是命童贯为江、淮、荆、浙宣抚使，谭稹为两湖制置使，王禀为统制，分别率领所部南下讨伐方腊。王禀字正臣，是王抟的七世孙，汴京人。他本是行伍出身，宣和元年，就官至婺州观察使，步军都虞候。次年，他被改任统制。
赵佶又因为陈遘在疏中，说浙兵没有用，必须调集外军，才能迅速平定方腊。因此赵佶又调陕西六路精兵，同时南征。于是边将辛兴忠、杨惟忠统熙河兵，刘镇统泾原兵，杨可世、赵明统环庆兵，黄迪统鄜延兵，马公直统秦凤兵，冀景统河东兵，一共是六路兵马，都归都统制刘延庆节制。总计内外各军，调往东南的，约有十五万人。这些军队陆续南下，自然要费些时需日。等童贯到了金陵的时候，已是宣和三年正月。
这时方腊已经攻克婺州，又占领了衢州。衢州守将彭汝方被生擒，随即被杀。不久，方腊又攻陷了处州，缙云尉詹良臣率领数十人出战，不敌被擒，也被杀死。接着方腊令杭州守将方七佛引众六万，陷崇德县，转攻秀州。方七佛算是方腊麾下第一大将，身材魁梧，性情彪悍，善使大刀，作战勇猛。
秀州统军王子武召集兵民，登城奋力抵御，才力保秀州城不失。童贯留下偏将镇守金陵，他自己来到镇江。听说秀州被围，童贯急忙传令王禀赶去增援。刚好这时熙河的将领辛兴宗、杨惟忠也领兵到来，于是两路夹攻方七佛。方七佛支持不住，只好退走，秀州解围。方腊东攻不成，于是转向西边。方腊接连攻克了宁国、旌德诸县，官军被他牵制，只得分军西援，一时顾不到浙西。
与此同时，淮南又有一人造反，此人就是宋江。宋江聚集了三十六人，占据梁山泊，举旗造反。接着他率众攻打河朔、京东东路，转战于青、齐之间，攻陷十余郡城池，他们惩治贪官，杀富济贫，声势日盛。
亳州知州侯蒙上奏赵佶道：“宋江横行齐、魏，才必过人。现在清溪盗起，不如赦他前罪，令南讨方腊，将功赎罪。”赵佶很以为是，想调侯蒙任东平府，去招降宋江。偏偏诏命刚下，侯蒙病重不能赴任，不久身亡，于是招抚之事，成了虚话。京东各军，几次进剿，反被杀得七零八落，大败而回。
赵佶得报，命歙州知州曾孝蕴率军前去征讨。宋江避开锋芒，亲自从青州率众南下沂州，与宋军周旋一年多。不久，宋江攻下淮阳军，接着由沭阳乘船进抵海州。海州知州张叔夜派遣使者，探察宋江所部动向，得知宋江乘着十多只大船径
奔海滨。张叔夜召募敢死士数千人设下埋伏，准备迎战。
却说宋江带领麾下数千人，径奔海州。刚好遇到商船十多只，停泊在岸边，被宋江等一声吆喝，跳到船上。船中人有的被杀，有的跳水自尽。宋江一伙留下水手不杀，叫他们照常行驶，只是须听宋江指挥，不得有违。一船被掳，其余各船逃避不及，一齐被他劫住。
宋江命水手转而南行，到了海州附近。忽然见有水上的巡巡逻士卒，驾着小舟，聚集在左右，有盘查大船的意思。宋江瞧着，恐怕露出破绽，不如先下手为强，于是一声号令，驱逐这些船只。这些巡逻的船只船慌忙逃向海边。宋江率船前进，来到海边，只见四面芦苇丛集，飘飒有声。
有人对宋江说道：“对面恐怕有埋伏，不应再前进。”宋江闻言，急命退回。没走多远，果然看见芦苇丛中，突然冲出许多兵船，前来截击。那些巡逻船也分成两堆，围了过来。宋江麾众抵御，边战边退。不料官军船里，搬出许多火物，对着宋江手下各船，陆续抛来。霎时间，各船起火，火势冲天。
宋江连声叫苦，只得指挥麾下，一面扑火，一面射箭，冲开一条血路，向大海中奔去。此外各船，仓猝中不及施救，船中的大小头目，有的泅水逃逸脱，有的恃勇杀出。剩下一大半，被官军捉住。宋江逃了数十里，见后面已无官军，才敢暂时停下。接着，张叔夜派人来劝降，宋江此时已经没有多少部下，只得接受招安。
张叔夜将招降宋江的事情，上奏朝廷。朝廷认为海州已经无事，就将叔夜调任济南府。宋江接受招安之后，奉张叔夜的命令，带着一百多人，赶赴江南。他们来到时，熙河前军统领辛兴宗等人正在浙西境内的江涨桥，与方七佛等苦战。两边相持不下，宋江麾众冲杀，把方军驱退。宋江当下遇着王禀，连忙呈上张叔夜的手书。王禀看完，便道：“既然是张知州令你到此，就留在营中，静候差遣！”
次日黎明，王禀传命饱餐，约好时辰一同进军，大众遵令而行。不久已至辰牌，官军拔寨而进，直捣杭州城下。方七佛开城挑战，宋江麾下战士，奋勇杀出，搅入方七佛阵中。王禀也驱军杀上，方七佛遮拦不住，麾军退回。双方在杭州恶战多日，宋江麾下死伤惨重。不过，总算最终，攻克了杭州，方七佛带着少数部下逃走。
不久，辛兴宗、杨惟忠等到了杭州，王禀迎入城内。王禀报告破城情形，于是水陆大举，向睦州进发。方腊闻报，不觉大惊失色，急急退回清溪。方腊部下的精锐，大多在杭州。此次杭州丢失，伤亡惨重，方腊自然心惊。西路一带，也纷纷解体。
环庆将领杨可世，从泾县过石壁隘，斩杀了三千多人，攻克旌德县。泾原将领刘镇在乌村湾，打败方腊军，夺取了宁国县。六路都统制刘延庆，又从江东进入宣州，与杨可世、
刘镇二军会合，一同攻打歙州，歙州的方腊麾下闻风而逃。
这时候的杭州这边的官军，也连克富阳、新城、桐庐各县，直逼睦州。睦州的方腊军队开城出战，王禀当先驱杀，辛兴宗、杨惟忠等人分两翼夹击。方腊的军队被杀得落花流水，弃城而逃。各路官军陆续得胜，于是想会合全师，协攻清溪。
不料霍城这边，突然冒出一个人，叫着裘道人，起兵响应方腊。他率部接连攻克东阳、义乌、武义、浦江、金华及新昌、剡溪、仙居诸县。于是台州、越州一带，方腊军声势再震。还有衢州方腊多残部，也进逼信州。官军不得不分兵援救，因此方腊得以勉强坚守。
童贯见各军已经逼近清溪，不能再退，于是上奏请求再调援兵。赵佶因此又派遣内官梁昶，监鄜延将刘光世率兵一千八百余人，去讨伐衢州、信州的方腊麾下史珪。刘光世字平叔，保安军人，镇海节度使刘延庆次子。监河东将领张思正，率兵二千六百余人，去讨伐台州、越州的关弼，监泾原将领姚平仲，率兵三千九百余人，去讨伐浙东方腊残部。
刘光世来到衢州，方腊的大将郑魔王披发仗剑，率部出城迎战。他的手下也都是五颜六色的怪饰，好象出来的是一群妖魔。官兵们见状，不免有些心惊胆颤，渐渐退后。刘光世毅然下令道：“他这是假术骗人，毫无法力，众将士尽可向前杀入。就算使他有妖术，本统领自能破他，不必惊惧。”将士闻令，各放胆前进，刀枪并举，冲入敌阵。
果然敌众不值一战，碰着枪就倒地，挨了刀就断头。郑魔王回马就揍，被刘光世连发二箭，迭中项领，忍不住痛，猝然晕倒，官军赶了过去，立刻擒住。他的部下见郑魔王被擒，因此不敢入城，四散逃去。
刘光世于是麾兵入城，接着收复龙游、兰溪、婺州。姚平仲也收复了浦江县，张思正收复仙居、剡溪、新昌等县。王禀因此专攻清溪，方腊于是从清溪奔回帮源峒。王禀直入清溪，发檄召集各军一同攻打方腊。于是刘镇、杨可世、马公直等从西路进军，王禀、辛兴宗、杨惟忠、黄迪等从东路进军。官兵前后夹攻，锦旗遮天。
方腊率众占据帮源峒，以岩为屋，分作三窟。个洞口甚很窄，派人守住，有一夫当关“万夫莫开的形势。官兵于是纵火，烧进了峒口。方腊麾下扼守不住，只好退去，官兵们鼓噪而进。进入峒中，顿时豁然开朗。只是路径复杂，不知方腊去向。逼问抓到的方腊麾下，他们死也不肯供出方腊住处。
官兵们自然不甘心，于是沿路搜缩，陆续剿杀。但是斩杀了一万多人，依然不知道方腊的下落。这时，有一个小校，挺身而出，带领几个人，悄悄来到溪谷中。他们遇到了一个村妇，就打听方腊的所在。没有想到这个村妇居然知道，并指明了行径。