说起最晋朝历史上最窝囊的皇帝就属司马睿了，他生于公元276年，出生地又在繁华的洛阳，而他的祖父琅琊王司马伷是司马懿的庶子，魏帝曹芳正始年间，始受封为南安亭侯。
公元249年，司马懿发动高平陵政变，从而控制了曹魏政府的实权。之后，司马懿分别派诸子出任境内几个重要地区的都督。司马伷以宁朔将军之职坐镇邺城。邺城是曹操封魏王时的都城，曹魏王公的聚居之地，素为屯兵屯粮的重镇。司马伷被委镇此地，反映了司马懿对他的重视。
晋朝开国后，司马伷又历任尚书右仆射、抚军将军、镇东大将军、假节、都督徐州诸军事等职，初封东莞郡王，后改封琅琊王。平吴之役，司马伷率军出涂中，立有大功，遂进拜侍中、大将军、开府仪同三司、并督青州诸军事等职。司马睿父司马觐为司马伷长子，初拜冗从仆射，后袭爵琅琊王。平生碌碌，地位显赫。
公元290年，司马觐去世，年仅十五岁的司马睿依例袭琅琊王爵。同年四月，晋武帝司马炎去世。继立的司马衷鲁愚迟钝，无力驾驭政局。在动荡险恶的政治环境中，处于帝室疏族地位的司马睿无兵无权，为避杀身之祸，他采取恭俭退让的方针，尽量避免卷入斗争的旋涡。
但在当时也获得名士嵇康之子、侍中嵇绍的高度评价。在洛阳，司马睿交结密切的朋友只有王导。王导，字茂弘，出身于北方头等士族的琅琊王氏，公认的名士领袖王衍是其族兄。王氏家园所在的琅琊国，是司马睿的封国。司马睿的琅琊国在晋帝国算是大国，并与司马越的东海国相邻。
永兴元年七月，“八王之乱”进入高潮。东海王司马越挟持晋惠帝司马衷亲征邺城。当时，坐镇邺城的将军是皇太弟成都王司马颖。
在取得了都督中外诸军事、丞相等职务之后，司马颖将皇帝的乘舆服御尽数劫入老巢，并以邺城遥制洛阳。司马颖的横暴和专权，引起了另外一些实力派人物的不满。尚书令司马越乘机以惠帝的名义发布檄书，征召四方军队讨伐司马颖。时任左将军的司马睿奉命参加了讨邺战争，年二十九岁。两军在荡阴展开激战。
结果司马越兵败，遁回封国东海。惠帝及随军大臣被司马颖劫掠入邺，司马睿也在其中。不久司马睿的叔父东安王司马繇因得罪司马颖而遭杀害。司马睿害怕祸事殃及自己，潜逃出邺。在出奔洛阳的途中，他行至黄河岸边曾被津吏捕获，险遭不幸。司马睿到达洛阳，马上将家眷接出赴往琅琊去了。
公元305年，东海王司马越起兵下邳，准备西迎晋惠帝时，起用琅琊王司马睿为平东将军兼徐州诸军事，留守下邳，看管后方。司马睿受命后，请王衍从弟、参东海王越军事的王导为司马，委以重任。
公元307年九月，司马睿偕王导渡江至建邺。晋室政治中心，自此逐渐南移江东。永嘉南渡后，王导始终居机枢之地，王敦则总征讨于上游，王氏家族近属居内外之任，布列显要者人数甚多。以王导、王敦为代表所构成的王氏家族势力在当时是非常牢固的，这使“王与马共天下”的局面在江左维持了二十余年，直到庾氏家族兴起，抑制王氏并凌驾于王氏为止。
公元316年），刘曜围长安，12月11日，晋愍帝无奈出降，西晋亡。
公元317年4月6日，可以说多方的角力中，司马睿得到了天大的馅饼，承制改元，即晋王位，改元建武，史称东晋。他广辟掾属以为辅佐，有“百六掾”之称。农历六月，孤悬在北方的晋地方长官刘琨、段匹磾、刘翰等一百八十人上书劝进。
公元318年4月23日，晋愍帝死于汉国的讣告传到江东，司马睿才于4月26日即皇帝位，改元太兴。东晋据长江中下游以及淮河、珠江流域地区。
司马睿即位后，因为在皇族中声望不够，势单力薄，所以得不到南北士族的支持，皇位不稳。但是，他重用了王导。王导运用策略，使南方士族支持司马睿，使北方南迁的士族也决意拥护司马睿，稳定了东晋政权，维持了偏安局面。司马睿十分感激王导，任他为宰相，执掌朝政。时人谓之“王与马，共天下”。
司马睿完全信任王导，叫他“仲父”，把他比作自己的“萧何”。王导也经常劝谏司马睿克己勤俭，优待南方士民，与人为善。司马睿和王导在草创期上演了一场君臣相敬相爱的佳话。琅琊王家也达到了权势的高峰，除了王导担任丞相，王敦控制着长江中游，兵强马壮；四分之三的朝野官员是王家人的或者与王家相关的人。另外，王家在南朝时期出了八位皇后。
大权旁落引起司马睿极大的不满，他引用刘隗、刁协、戴渊等为心腹，试图压制王氏权势。
公元322年，素有野心的王敦以诛刘隗为名，在武昌起兵，直扑石头城。王导为保全王氏家族利益，暗助王敦。王敦攻入建康，杀戴渊等，刘隗投奔石勒。
司马睿一败涂地，无奈之下，司马睿“脱戎衣，著朝服”，对王敦说道：“你如果想当皇帝，早和朕说啊，我把皇位让给你，还当我的琅琊王去。何苦让百姓跟着受苦呢？”
司马睿近似哀求的话，并没有抚平王敦的野心。不久，王敦便自己为自己加官进爵，自封为丞相、都督中外诸军、录尚书事。司马睿征讨王敦时，曾下令“有杀敦者，封五千户侯”，而王敦却把自己“封武昌郡公，邑万户”，无疑又将司马睿嘲弄了一番。司马睿皇帝徒具虚名而已，朝中任何事情都由王敦做主。王敦看到太子司马绍有勇有谋，便想以不孝而废之，后因百官皆不从而作罢。四月，王敦还师武昌，遥控朝政。此后，王敦更加猖狂，以至于司马睿和他的朝廷成了摆设。
司马睿见无法动摇王氏的权势，自己名为天子，号令却不出宫门，渐渐忧愤成病，卧床不起。他想到大臣中只有司徒荀组对自己比较忠顺，就任命他为太尉兼领太子太保，打算让他参与朝政，钳制王导。不料司徒荀组受任不久就病死，司马睿更加忧伤，病势加重。
公元323年1月3日，司马睿忧愤病逝。终年47岁，在位6年。谥号元皇帝，庙号中宗，葬于建平陵。遗诏由太子司马绍继位，结束了自己憋屈的一生。