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公元396年，对江东而言，真是多事之秋。
元月，孝武帝驾崩，中枢大权尽归司马道子。
三月，王恭在京口发布檄文，逼得司马道子下令诛杀了心腹王国宝。
不等江东上下松一口气，四月时，长江上游又突起一场大乱。
而掀起动乱的罪魁祸首，正是南郡公桓玄。
当初王恭之乱被平定后，司马道子对‘有功之臣’论功行赏。
其中刘牢之被任命为都督兖青冀幽并徐扬、晋陵诸军事，成为北府名至实归的领袖。
不过，司马道子并不信任刘牢之，故并未让对方像王恭那样兼任兖、徐二州刺史。
基于此，司马道子加封会稽王府司马、右将军谢琰为卫将军、兖州刺史、假节，与刘牢之同驻京口。
又在司马尚之建议下，为拉拢刘裕，他改任刘裕为徐州刺史，接替刘牢之向南移驻淮阴。
让刘裕移驻淮阴目的十分明显，显然司马道子想借刘裕来分化、拉拢北府旧将。
如此一来，刘牢之前有谢琰监视，后又刘裕虎视，怕是再不敢轻易作乱。
安排好建康以东诸藩镇，司马道子开始将目光瞄准了荆州三藩。
眼下司马道子迫切需要破坏掉荆州三藩联盟，以此来解除长江上游威胁。
由于桓玄始终不肯去广州任职，司马道子不得不改任其为江州刺史。
不久，雍州刺史郗恢在荆州三藩联合反对下，被迫回朝廷任尚书。
雍州刺史一空缺，立即引来桓玄、杨佺期觊觎。
司马元显得知后，遂向其父会稽王建议，趁机瓦解荆州三藩联盟。
于是，司马道子下诏任命杨佺期为都督梁雍秦三州诸军事、雍州刺史。
并进封桓冲之子桓修为荆州刺史，反倒将殷仲堪贬为广州刺史。
司马元显这一建议，很快起到了应用作用。
殷仲堪得到诏书以后，不禁勃然大怒，遂敦促桓玄、杨佺期再度联合威胁朝廷。
然而，接到殷仲堪书信，杨佺期、桓玄纷纷按兵不动，两人各有自己盘算。
对桓玄而言，此次利用形势变化，迫使朝廷将江州刺史交给自己，他已很满意。
而杨佺期虽有弘农杨氏背景，但在晋人眼里，他与刘牢之身份几乎不相上下，均为中下级士族阶层。
如今能够混迹都督三州，对他而言，也很不错了。
况且今王恭已死，而殷仲堪不会打仗，刘牢之又已归顺朝廷，再打下去，胜负难料。
反正好处已拿到手，何必非冒着灭门风险孤注一掷？见好就收最是稳妥。
桓玄、杨佺期不愿动弹，仅靠殷仲堪一人自是无法成事，不得已只好作罢。
不过，这样一来，荆州三藩之间矛盾已彻底激化，不过时暂时维持了表面和平。
然三人虽各怀鬼胎，但也不得不暂时结盟，以共同对抗司马道子。
但是经过一系列巨变后，三人之间地位、实力对比已悄然发生了变化。
原本名义上的老大殷仲堪被迫让位，与杨佺期共同推举桓玄为新盟主。
在结盟前夕，杨佺期秘密向殷仲堪建议，准备在歃血为盟时诛杀桓玄。
殷仲堪虽然对桓玄心存忌惮，但同样也不放心杨佺期。
他担心一旦杨佺期杀死了桓玄，将会进一步加害他，遂严厉阻止了刺杀行动。
而桓玄当上了盟主后，为了安抚殷仲堪，不得不让桓修将荆州刺史一职还给对方。
于是乎，费了九牛二虎之力，荆州三藩总算再次达成妥协。
不过，世上没有不透风的墙，桓玄很快得知杨佺期密谋刺杀自己的计划。
桓玄是谁？天之骄子，豪门贵公子，向来只有他欺负别人的份。
如今受杨佺期算计，岂能不报复？
于是乎，当誓言尚言犹在耳之际，桓玄开始秘密计划灭掉杨佺期。
作为江州刺史，桓玄不仅没有去豫章上任，反而将江州治所迁到了夏口。
夏口，控御长江中游，向西可以防御江陵殷仲堪，向北可威胁襄阳杨佺期。
而桓玄迅速坐大，也越来越让殷仲堪感到不安，遂秘密联络杨佺期，欲合击桓玄。
然殷仲堪却不知，此时桓玄也觉得夺取荆州机会成熟。
于是，桓玄对外宣称将北伐关中，帮助大都护卫朔消灭后秦。
在率军北上前，桓玄又给殷仲堪送去书信，并在信中称想趁机除掉杨佺期，并邀请殷仲堪一同出兵。
桓玄这样做一来是想让殷仲堪彻底与杨佺期翻脸；二来则是欲行假途灭虢之计。
其实，桓玄真实目的既非北伐关中，亦非进攻襄阳杨佺期，而是江陵殷仲堪。
四月初，不等殷仲堪做出反应，桓玄就已派军西上进攻巴陵（今岳阳），控制了那里的军粮库。
恰在此时，新任梁州刺史郭铨刚好西上，路过夏口。
而郭铨乃桓氏旧将，过去曾在桓冲手下担任竟陵太守、鹰扬将军，后为益州刺史。
桓玄遂假借郭铨名义对外假称，朝廷已同意他北伐，并派遣郭铨为北上前锋。
同时他本人督促各军齐头并进，直扑江陵而来。
俗话说：兵来将挡，水来土掩。
面对桓玄气势汹汹而来，殷仲堪他也采取了一系列措施，企图击退桓玄进攻。
他一方面命令堂弟殷遹率领七千水军驻守西江口，以抵挡桓玄大军。
另一方面，他立即给襄阳的杨佺期写信，请求杨佺期火速南下增援。
而桓玄则命令梁州刺史郭铨，辅国将军、前秦原太子苻宏率军西上，一举击败殷遹。
随后他率领大军，驻扎在巴陵。
殷遹战败后，殷仲堪再派杨佺期之弟杨广、侄儿殷道护等人率军抵御。
桓玄分别在夏口击败杨广，在杨口击败殷道护，乘胜推进距离江陵仅二十里之零口。
此时，江陵城内一片震恐，殷仲堪又慌忙派遣数路军队前去抵御。
杨佺期接到殷仲堪求救后，即刻率领八千精锐骑兵从襄阳南下。
由于担心形势危急，殷仲堪挡不住桓玄，杨佺期大军未携带粮草南下。
然当杨佺期一路疾驰，抵达江陵才发现，巴陵粮库已被桓玄夺走，江陵早断粮了。
见此情景，杨佺期不禁勃然大怒，对着殷仲堪破口大骂道：“尔真是个废物，成事不足败事有余！”
“若今日不幸事败，此皆尔之过也！”
骂完殷仲堪，杨佺期当即率军出了江陵城，准备对桓玄发起进攻。
杨佺期率领本部人马与兄长杨广会师，直接渡过长江，进击桓玄大本营。
桓玄惧怕杨佺期的精锐部队，不敢接战，他从零口退到长江南岸的马头。
第二天，杨佺期率领殷道护等的一万精锐部队，登上战舰出战，意欲桓玄决战。
而桓玄也将战舰摆在长江之上，随后两军展开激烈的水战。
杨佺期毕竟出身北方，虽然身经百战，却不习水战。
眼看水战一时无法取胜，他采取避实击虚之法，转而进击郭铨军。
然就在杨佺期将要大破郭铨时，殊料，桓玄抢先击败了荆州水师，并率军随后而至。
结果，在郭铨、桓玄两面夹击下，杨佺期遭到惨败。
八千精锐骑兵也全军覆没，杨佺期单人匹马向襄阳逃去。
马头之战后，荆、雍联军片甲不存，殷仲堪见此情形，只好弃城而北逃。
宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王！
桓玄没有再给杨佺期、殷仲堪任何机会，迅速派兵追击两人。
大将冯该在途中追上了杨佺期及其哥哥杨广，将二人就地斩杀。
而殷仲堪本打算向北逃亡关中，却不幸又被冯该追上俘虏，后被桓玄逼迫自杀。
成功诛杀了杨佺期和殷仲堪后，桓玄意气风发。
他上书朝廷，归罪于殷、杨二人，自求兼领荆州。
司马道子迫于对方威势，不得不任命桓玄都督荆司雍秦梁益宁江八州军事，兼领江、荆二州刺史。
如今桓玄志得意满，再不是当年受压抑受排挤的南郡公。
他羽翼丰满，扬眉吐气，踌躇满志，连做梦都会笑醒。
眼下在他已不再将朝廷放在眼里，开始在自个治下为所欲为，频繁地升迁官员。
也不管朝廷有何反应，他先擅自把兄长桓伟升为雍州刺史，后又迁为江州刺史。
没过多久，他调整心腹刁畅为辅国将军，监督八郡军事，镇守襄阳。
并且遣部将皇甫敷、冯该等人，领兵屯守湓口。
桓玄频繁调动兵力、升迁官员，都是在为了夯实统治基础，以便为将来掀翻朝廷做准备。