1920年——1921年直系、奉系军阀不满皖系控制政府和国会，两派爆发战争。皖系战败。直系曹锟、吴佩孚和奉系张作霖控制政府。
1920年元月，日本建议就中日密约问题跟北京政府直接谈判。言外之意，不要在巴黎和会上再纠缠这个问题，咱们回头再说。
这个提议引起中国国内新一轮抗议。有传言北京政府打算接受日本的提议。学生及社会各界纷纷发声，告诫政府千万不要中了日本人的诡计，一定要在巴黎和会上解决所有中日密约问题。
广州政府跟直系军阀也同声附和。
广州已经跟直系达成秘密和解。两方不但停战还联手对抗皖系。北京政府名为徐世昌的政府，实际上控制在段祺瑞和他的安福系国会手里。广州和直系明为攻击北京政府，实为攻击段祺瑞。
冯国璋那时已经死了。曹锟和吴佩孚领导直系。曹锟隐居幕后出谋划策。吴佩孚敢说敢干，充当急先锋。吴佩孚不断发声抨击北京政府，实际上是攻击段祺瑞卖国。因为他和广大群众的立场保持一致，被民间称为爱国将军。
段祺瑞对他又恨又怕，却又无计可施。
吴佩孚私自跟南方讲和，拿着南方给的60万助军费撤兵回直隶。段祺瑞发令制止，根本不被理睬。段祺瑞不愿意看到直系势力在直隶重新集结包围北京，让总理靳云鹏立即将河南督军换成皖系的人，拦住吴佩孚，顺势切断曹锟跟直系长江三省的联系。
靳云鹏不想当这恶人，不肯照办。段祺瑞于是张罗换总理。
消息传出，直系立即设法反击。曹锟知道凭直系的实力不是皖系的对手，暗中跟奉系结盟。奉系的张作霖跟他是亲家，并且也对皖系控制政府不满。直系跟奉系联手对抗皖系。
曹锟、吴佩孚、张作霖先后发电挺总理，抨击段祺瑞。河南督军和靳云鹏都站在了直系这边。东三省、长江三省再加上直隶和河南，直系这边八省同盟，实力已经超过皖系。
吴佩孚北撤后，南方顺势攻占湖南。段祺瑞任命的湖南督军张敬尧被打得狼狈逃窜。皖系阵营失去一省，六省变五省。
段祺瑞大怒，调兵讨伐南方，打算夺回湖南。
这时吴佩孚已走到汉口。他发电全国，宣布段祺瑞、徐树铮的六大罪，声称“顺从民意，消除奸恶，力争外交，挥戈北指”。这就相当于宣战檄文。吴佩孚要率兵进京清君侧。
直系和皖系由争吵到谩骂到恐吓，终于升级为武斗。军阀都是好斗的，谈不拢就打。战争手段更直接、更简单、更彻底，一战定胜负。
段祺瑞以政府的名义下令撤销曹锟、吴佩孚的军内外一切职务，授权自己将曹锟等缉拿归案。
作为总统的徐世昌想阻止直皖武斗，但北京在皖系的控制之下，在人屋檐下不能不低头，最终不得不在命令上签字。
皖系向直系宣战。直皖大战正式暴发。
据上海《申报》报道：“段派知调停无望……决议下达攻击令……琉璃河（北京房山琉璃河镇）之（西北）边防军……向直军……开始总攻击”。段祺瑞“一面迫胁总统下讨伐令，一面令东西两路分头进攻”。“直军方面，各省联合讨段。刻已公定曹锟为西路军总司令，张作霖为东路总司令”。
战争初始阶段，皖系占了上风，杀入高碑店（河北保定高碑店市），赶走直系。
吴佩孚亲自率军反攻，奇袭松林店（河北涿州松林店镇），击溃直军一个师。皖军担心后路被断，放弃高碑店北撤。吴佩孚顺势占领涿州，一直追到长辛店（北京丰台长辛店镇）。
直系的东路军被皖军击退。皖军追到天津，正撞上南下增援的奉军。
“张作霖军队，由奉天开来者，计共用火车26列”。“各路皖军及边防军等，闻奉军蜂拥而至，不敢开战”。
奉系向皖系不宣而战。段祺瑞这时才明白，为什么直系敢跟自己叫板，原来是事先找好了后援。但是箭在弦上不得不发，段祺瑞来不及重新部署，硬着头皮督促部下继续进攻。天才一秒钟就记住：(
直军得到奉军的增援反败为胜。“边军如潮而退，奉军在后追随”。
北京很快被直奉联军包围。
段祺瑞认输，下令停战。
“昨晨有专车一乘，由京至津，乃徐总统派出者，上悬白旗，令双方停战”。
战争只打了三天。皖系一败涂地。
段祺瑞只能宣布辞职。
直奉两军接管了北京。
本想缉拿直系将领的皖系将领反倒成了被缉拿的对象，纷纷逃入外国使馆躲避。段祺瑞没跑，很有一股子硬气，输了就认栽，任凭发落。但直系顾忌段祺瑞的辈分和资历，没敢太难为他，允许他回天津家里隐居。
皖系轰然倒塌，江湖由一家独大变成双头控制。
直奉进京立即解散了段祺瑞控制的安福系国会。
吴佩孚建议召开由工会、农会、学生会组成的国民大会取代国会。张作霖不同意，告诉吴佩孚你不过是一个师长，不要妄谈国事。
徐世昌、靳云鹏也不同意。这事就此作罢。
直奉作为“战胜国”在北京召开“巴黎和会”，曹锟和张作霖开会商讨战后的势力范围划分和权利分享。吴佩孚作为战争首功之臣也参加了会议。
张作霖一直想把自己的势力延伸到关内，逐鹿中原，这回可逮着机会了。他提出直奉以京津为分界线划分势力范围。
曹锟还没说话，吴佩孚首先不干了。你也太贪了吧？战争主要是我们打的，你不过是背后捅刀子的。分配战利品应该按劳分配。我们出力最大，理应拿大头。你怎么能吭哧一口咬去半拉蛋糕。
张作霖怒形于色，心里话我们俩老大在这里说话，哪有你做小弟插话的份。吴佩孚那时只是曹锟手下一个师长。张作霖对曹锟说，如果师长也能参加会议，我手下也有几个师长，是不是把他们一起叫进来？
吴佩孚听出他话外之意，愤而离席。
曹锟也对张作霖狮子大张口非常不满，但又不想跟他撕破脸，毕竟是盟友加亲家，对张作霖的无理要求尽量迁就。
最终张作霖得到了京津以北地区。曹锟得到了山东。吴佩孚得到了河南。段祺瑞的根据地安徽给了张作霖推荐的张勋的旧部张文继。
张作霖心满意足而去。直系军阀忿忿不平。直皖大战刚结束，直奉就因为分赃不均起了龌龊。
徐世昌还做他的总统，只不过后台老板换做曹锟和张作霖。
曹锟、张作霖提议重开南方和谈。现在北京国会被解散了，南方和谈的最大障碍消除了，现在和谈成功有望。
但是不巧的是，南方也起了内讧。军政府各大军阀为争老大激战正酣。雌雄未决，也就不知道谁说了算。北方还得等他们打完再说。
广西军阀陆荣廷想彻底驱逐孙中山的势力，联合云南和浙江军阀围攻广东军阀陈炯明。因为陈炯明支持孙中山。
没想到三个打一个也没打过陈炯明。主要是浙江和云南不希望陆荣廷一统江山，暗中放水。陈炯明专心打陆荣廷，把陆荣廷赶回广西。
陈炯明获胜让孙中山东山再起。孙中山回到广州，重新控制了军政府。
但是南方其他省份不听他的号令，宣布自治。军政府名存实亡。孙中山实际上只在广东说了算。
让孙中山这么一搅和，南方和谈就算彻底泡汤了。南方已是一盘散沙，陷入无政府状态。北京政府想谈判都不知道该跟谁谈。
徐世昌转念一想认为这是南北统一的好机会。南方政府既然已经名存实亡，北方的国会也解散了，那么南北统一的障碍就都不存在了。用不着谈判，直接进行选举，组建新的、全国统一的、大家都认可的国会和政府就完了。
徐世昌下令筹备选举。照老办法，各省民选出省议员、国会议员，组建省议会、国会，进而组建新政府。
但是湖南湘军总司令谭延闿首先提出自治，“主采行联邦制，民选省长”。南方各省纷纷跟进。北方的省份也吵吵着自治。徐世昌无奈，只能妥协。自治就自治吧。美国就是联邦制，也没什么不好。于是各省开始制定省宪法，开始筹备省选举。中央筹备的全国选举只能先放下。
这时，孙中山又跑来插一杠子，宣布成立正式政府，让广州那个非常国会推举自己为非常大总统，然后发电让徐世昌赶紧辞职。他认为自己才是中国民国合法总统，徐世昌是非法总统。
曹锟、张作霖等各省督军发电，指责孙中山破坏统一，不承认他这个所谓的大总统。
孙中山向国外发电，在表达“尊重列强合法权利”的承诺后要求各国承认他是中国的合法代理人，并且要求代表中国政府参加国际会议。但列强没人搭理他。只有苏俄回信希望跟广州通商，但不提建立外交关系。