1388年——1393年明太祖致力于战后恢复，勤于内政，史称“洪武之治”。
1388年，云南麓川（云南瑞丽）百夷首领思伦发聚众叛乱。叛众多达三十万。
沐英率领三万精锐骑兵前去讨剿。司伦发派出象兵迎战。
战象背负战楼，身披铠甲。叛兵站在战楼中居高临下向明军投掷短槊。好在沐英带来了火器营，命令火器营士卒手持火铳排成三行，依次射击。火铳齐发，声震山谷。战象受惊，抹头就跑。叛军的阵型被冲乱。明军趁势冲锋，大败叛军。此战明军“斩首三万余级，俘万余人”。
司伦发率领残兵逃走。但是在明军的压迫下，司伦发不得不向明军投降。
同年，明将蓝玉得到一个重要情报，北元皇帝脱古思帖木儿躲在捕鱼儿海（外蒙的贝加尔湖）。
元帝爱猷识理达腊得病死了，传位给弟弟（也有说法是儿子）脱古思帖木儿。脱古思帖木儿躲在大漠深处，时不时南下劫掠明朝边境。
蓝玉请示明太祖后率领15万北上搜捕脱古思帖木儿。
明军偃旗息鼓，倍道兼行，翻山越岭，横穿沙漠，长途跋涉800里来到捕鱼儿海。明军到达捕鱼儿海的时候正赶上刮沙尘暴。黄沙漫天，对面不见人。脱古思帖木儿正在和众臣在大帐里喝酒，丝毫不知道明军已经迫近。
明军一声呐喊冲击敌营，见人就杀，见人就砍。蒙古人炸了窝，四处奔窜。脱古思帖木儿得知明军杀来，跳上一匹马就跑。无人指挥的蒙古军被明军全歼。
脱古思帖木儿带着太子、丞相等数十人逃往和林，途径地头蛇也速迭儿的地盘。
也速迭儿是当年和忽必烈争夺大汗之位的阿里布哥的后人。他见脱古思帖木儿如丧家犬一般，气不打一处来。想当年你老祖宗出阴招夺了我老祖宗的大汗之位，结果搞得蒙古大分裂。现如今你们这帮不肖子孙又搞丢了几代蒙古人辛辛苦苦打下的地盘。当年的大汗只想着进攻，你们这帮家伙只知道逃跑，丧师失地，节节败退。
也速迭儿派兵捉来脱古思帖木儿，一根弓弦送他上了西天。
也速迭儿弑君自立，自称全蒙古的皇帝，号召全蒙古都统一在他麾下。但全蒙古都不承认他这个皇帝，纷纷脱离元朝自立。蒙古草原重回一盘散沙混战一团的状态。
蒙古陷入内乱，朱元璋也就懒得理了，之后再没有出兵北伐。朱元璋北伐目的主要是为了消除边患而不是开疆扩土。大漠荒无人烟，既不能驻兵也不易屯耕，打得下来守不住，索性不要，省得劳民伤财。
朱元璋南征北战之后，中国传统之地基本都被恢复，完成了中国的再统一。
“驱逐鞑虏，恢复中华”的任务基本告一段落，明太祖的工作重点开始转移到“立纲陈纪，救济斯民”上面。
战乱之后头等大事就是要休民养息，恢复生产，把老百姓从水深火热中解救出来。明太祖告诫百官们说：天下初定，民力财力俱困，要让百姓休养安息。
怎么能做到这一点呢？
“惟廉者能约己而利人”。明太祖首先强调廉洁。廉洁的官员才能够约束自己造福百姓。
作为来自社会最低层的穷苦人，明太祖最清楚贪官污吏对老百姓的祸害有多大。如果当官的老想着怎么搜刮百姓，百姓的日子肯定好过不了。
为了达到“救济斯民”的目标，明太祖一方面提倡节俭，爱惜民力，一方面想方设法促进经济发展。
明太祖在宫中吃穿用度都很节省，地下掉个线头都要人捡起来。他也不搞什么大项目，尽量不去打搅百姓的生活，让百姓安心生产。他希望自己身体力行能给其他人做出个榜样。
他尽可能降低百姓的税赋压力，鼓励百姓投入再生产。
他组织百姓开荒田，修水利，恢复生产。连百姓应该在房前屋后种几棵枣树、几棵桑树这些小事都想到了。
棉花因为明太祖的大力推广而普及。
明太祖以钱物补贴的方式鼓励百姓迁徙到人口稀少的河南、淮南之地，恢复那里的农业生产。
边防驻军在当地屯田，每个士兵五十亩地一头，自给自足，减轻内地百姓的负担。明太祖自豪地说：我养兵百万，不费百姓一粒米。
明太祖认为农业是富国之本，非常重视农业生产。农业在明朝恢复很快。
明太祖规定商业税为“三十税一”，也就是3.3%的税。税率很低。并且为了方便商人存储货物，明太祖特地安排地方政府建设仓库，为商人提供仓储服务。
不过明朝的路引制度妨碍了商业的发展。百姓离家百里必须向政府申请“路引”，否则杖刑甚至处死。这个规定对经商非常不利。
另外，明朝对利润大的商品实行专卖也限制了商业的发展。
对于海洋贸易，明太祖更不支持。商船出海也得申请“号票文引”。并且百姓不得擅自建造两桅以上大船，也就是说不能远洋航行。后来倭寇横行，为了防倭，明太祖甚至下令“片板不许入海”，连下海打渔都不可以。
明朝重农抑商。明朝的农业有所发展，但商业，尤其是外贸，相对于宋朝大踏步后退。
对于手工业，明太祖不重视也不抑制，相对于宋朝有一定的发展。
明太祖向往那种田园牧歌式的生活，希望百姓留在家乡，专心生产。他要求“农业者不出一里之间，朝出暮入”。农民因此不得不过着两点一线的单调生活，每天就是白天下地劳动，晚上回家睡觉。人员流动被认为是不安定因素。
明太祖把全国变成一个大集中营，或者说一个清心寡欲的大寺院。。
明太祖鼓励青壮年投入到生产当中。对于失去劳动能力的孤寡老人，明太祖嘱咐地方官要加以抚恤。八十岁以上老人享受酒肉粮食补贴。地方设立孤老院收养无人赡养的老人。
在他的努力下，国内的经济逐渐恢复，社会趋于安定。他的年号为“洪武”，史书因此称他的治下为“洪武之治”。
他在“救济斯民”的同时也致力于“立纲陈纪”，拨乱反正。
“立纲陈纪”用现在话讲就是推进道德建设和法制建设。
明太祖颁布了“大明律”，发行了“大诰[gào]”。大诰是配合贯彻“大明律”的普法教育读本，用一些活生生的案例来解读“大明律”，让文化水平不高的普通老百姓也能知法、守法。
他把学校建到乡村去，立社学，推行教化。社学在传授四书五经这些圣人之说的同时也进行普法教育。《大诰》是学校的必修课。
明太祖恢复了科举，让学生们有出人头地的机会。
明太祖要求科举考试以朱熹注释的四书五经为标准答案，不允许学生自由发挥，更不许表达与四书五经不符的见解。科举不考诗赋，只考政论。后来又对文章的格式做了严格要求，这就是臭名昭著的八股文。
八股文有点类似诗赋与政论的混合体，既要求格式韵律，对仗排偶，又要求论述自己的政治观点。考一篇八股文等于把诗赋、政论一起考了。你必须有相当的文学功底，并且精通四书五经，才能写出一篇好的八股文。但是又要求技巧，又要求内容，这难度就大了。尤其是后来越来越强调格式，多个字少个字都不行，把八股文弄得华而不实，言而无物，成了形式主义的代名词。
不过最遭人诟病还是科举限定四书五经，限定了人们的思想。考生们的论述都统一来自四书五经，无非考的是谁课本背得熟，对圣人的观点理解得透。那自己的观点呢？自己的思想呢？没有了。如果有，那就是零分。比如人家让你阐述“君是臣纲”，你抛开四书五经从众生平等的角度来阐述，那不是找挨打吗？你要从民主自由的角度阐述，挨打那是便宜你，没准会问你个颠覆国家政权罪。
古代言必称孔孟程朱，文革时期是马恩列斯毛，都试图用一种思想统一全国人民的思想。古有八股文，今有“党八股”，都是形式主义、教条主义的产物。
MZD写过一篇文章“反对党八股”，“提倡科学和民主”。“科学和民主”的确是治愈教条主义、八股文以及一切形式的思想垄断的良药。但可惜的是MZD只是随口那么一说，并没有真正照做。他本人其实是最不讲“科学和民主”的。试看“DYJ”、“放卫星”、“反右”、“文革”，哪一样算是“科学和民主”？
他写那篇文章的目的无非是希望大家尽量把文章写得短小精炼一些，不要言而无物，搞得像“懒婆娘的裹脚，又长又臭”。他对统一思想更加看重。文革惨祸的发生就是源于他对一切“离经叛道”言行的剿杀。 m..coma
明太祖对统一思想也非常重视。四书五经就是他统一思想的工具。
明太祖特地让人重新审查四书五经，将其中有碍尊君的言论删除。孟子因为说过“君之视臣如土芥，则臣视君如寇仇”、“民为贵，社稷次之，君为轻”之类的话，被明太祖定为审查重点。《孟子》一书被删节三分之一。
明太祖恢复科举推行教育的目的是出于政治的考虑，希望培养百姓的服从精神以方便自己的统治。但这种服从精神被培养起来后，人们的思想变得越来越僵化。
他对百姓他是以教育为主。但对于干部，他的原则是“乱世用重典”。
他首先加强对官员的政绩考核。称职的升职。不称职的降职。碌碌无为的罢职。贪污犯罪的交司法部门法办。
明太祖对官员贪污犯罪零容忍。他常说：“吾处乱世，不得不用重典”。元朝把我们国家搞得乱七八糟的，我必须得用严酷的刑罚才能拨乱反正，恢复社会的正常秩序。
明太祖是个非常严厉的老板。他经常告诫自己的臣子：不听话，打屁屁！没闲工夫跟你磨牙。
臣下犯错被他抓到，朝堂之上扒下裤子，“乒乓”一顿扳子。如果犯罪，那更了不得了。
明太祖最恨贪官。他说：我能宽恕廉洁官员的小过，但对贪虐之徒，再小的罪过也不宽恕。他规定：贪污60两纹银“剥皮实草”——就是把人剥皮做成“标本”，象布娃娃似的在皮囊里填草，悬挂在官府公堂外，作为一个特殊的警示牌以儆[jǐng]效尤。
60两纹银，搁现在也就合万把块钱，就得“剥皮实草”挂起来。这标准如果要放到现在，一个电线杆子挂仨也不够使。
不过，明太祖痛恨贪污，却舍不得高薪养廉，开给公务员的工资比唐宋低得多，养家都难。
唐朝白居易做县官时“吏禄三百石”。而明朝的七品官只有一百石，仅比唐朝一个马夫挣得略多些。白居易后来升为刺史，相当于市长，工资涨到两千石。明朝同级别的官只有五百上下。明朝的一品官才一千石。
虽然说工资低不能作为贪污的理由，但是人穷志短马瘦毛长，穷巴巴的官员天天看着白花花的银子从手心里流过，能不动心思？明太祖不明其里还大发感慨：“本欲除贪，怎么朝杀而夕犯”！我的刑罚已经够残酷的了，怎么还有这么多人前仆后继以身试法呢？
但话虽如此，管得严还是有用的。明太祖一朝官吏相对清廉。据说明朝200年的清官，有三分之二在他这一朝。
明太祖对违法犯罪的官员绝不容忍，发现一个打击一个，发现一批就打击一批。