1372年——1388年明军收复川藏、云贵、东北。
1372年，明太祖得知王保保和北元皇帝爱猷识理达腊在蒙古的和林会合。两人摒弃前嫌，收罗收罗残兵败将，又拼凑出一支十万大军，打算重整旗鼓东山再起。得知这一情况，朱元璋再次派兵北伐，希望最后一战完美收官，将远逃以及仍然盘踞东北的元朝残余势力彻底铲除，不让他们有死灰复燃的机会，实现长城内永久的和平。
明将徐达、李文忠、冯胜各率五万兵马三路出发。
徐达从山西出雁门关进入蒙古，一出门就撞见一股元军。这股元军一触即溃逃往草原深处。徐达紧追不舍，希望跟踪败兵找到王保保。
这股元军果然把明军带到王保保那里。不过徐达不知道这是王保保设下的圈套，故意诈败把明军引入王保保的伏击圈。以逸待劳的王保保向人疲马乏的明军发起突击。明军大败，“死者万余人”。也有说法是死了数万人。徐达率军突围且战且走退回国内。
这是百胜将军徐达一生中唯一的一次败仗。
李文忠从居庸关出发杀至应昌，一路无话。从应昌往和林打时遭遇北元军队的阻击，李文和击败元军，留下部分军队看管辎重，率领骑兵，轻装急进，追赶元军。途中不断遭到元军的反扑，李文和越往前打越困难，到后来实在打不动了。鉴于部队伤亡太大，李文忠想先撤回去与大部队会合，谁承想在回军的路上迷路了。明军在沙漠里像无头苍蝇一般瞎转悠。因为没有水喝，不少士卒被活活渴死。李文忠脱险后无心再战，也无力再战，撤兵回国。
冯胜的西路军倒是取得了大胜，从兰州出发北上，连战连胜，一直打到瓜沙洲（甘肃敦煌安西县），收复了甘肃全境。得知其他两路败退而回，冯胜不敢孤军深入，见好就收，收兵回国。
总之，明军这次北伐并没有取得预期战果，说大败而回也不为过。
明军最能打的战将败在王保保手下，给了王保保信心。
当时北元控制着蒙古、东北、云南等地。高丽、吐蕃、西域等国仍尊北元为宗主国，听从北元号令。北元还有跟明朝一搏高下的实力。
北元组织王保保和东北王纳哈出两面夹击明朝，企图夺回大都，重返中原。
王保保实力最强，是北元反攻的主力。
1373年，王保保倾军南下。
元军进犯雁门被明军击退，再犯大同又被明军击退。徐达坐镇西部边境，让来犯之敌无机可乘。如果不是明太祖有令“来则御之，去则勿追”，徐达一定会穷追猛打除恶务尽。
东北的纳哈出也多次出兵进攻辽东，同样被明军击退。
王保保数度进犯都被徐达击退。手下的将领不想再打，偷偷向明朝求和。王保保忧惧成疾郁郁而终。
王保保死后，北元再也无力跟明朝抗衡，虽然时不时偷袭一把不过是偷鸡摸狗而已，对明朝政权已构不成威胁。
主要威胁被除掉，朱元璋腾出手来开始清剿后方的元朝残余势力。
1377年，朱元璋派兵西征蕃部川藏。
当年盛极一时的吐蕃王朝崩溃后，青藏高原出现诸多大大小小的割据政权。吐蕃不再是一个统一国家，因而被称为吐蕃诸部。吐蕃诸部混战四百年。蒙古人打进青藏高原后，吐蕃诸部无力抵挡便通过议和臣服了蒙古人。
藏传佛教萨迦派教主八思巴替蒙古人创造了蒙古文，深受忽必烈赏识，被封为法王、帝师，进而成为藏传佛教的总教主。依靠宗教的影响力，吐蕃诸部在形式上统一起来。萨迦派成为吐蕃诸部的执政党，掌握吐蕃诸部的政教大权。后来萨迦派势力渐衰，沦为在野党。新崛起的教派噶举派成为新一届执政党。
元朝崩溃后，萨迦派教主亲自去南京朝拜朱元璋表示归顺，交出元朝的印信，接受明朝的册封。朱元璋封他为国师，享受四品官待遇。后来明朝发现噶举派掌握着西藏大部分地区的政权，于是封噶举派教主为法王，代管西藏。
当时还有一个新创立的教派，格鲁派。创始人叫宗喀巴。他的两大传承弟子后来被称做达赖和班禅。清朝以后，格鲁派成为西藏的主流教派。
西藏外围的吐蕃诸部不肯臣服明朝。生活在甘肃、青海一带的川藏部劫杀明朝派往西藏的使者，隔绝明朝跟西藏的联系。
朱元璋被邓愈、沐英两位将军率军讨伐川藏部。明军没费什么力气就打到青藏新疆交界的昆仑山，征服了整个青海。
明军留兵守住要害之地，班师回朝。
现在明朝只剩下云贵、东北地区还没有收复，仍在蒙古人手里。这些地方地处偏远，很少有汉人定居。明太祖把这些地方看做可有可无。他不想用兵，派人出使云贵、东北，希望说服他们臣服明朝。
没想到明太祖多次派人前往云南劝降，使者都被云南王把匝剌瓦尔密杀害。明太祖被激怒，派军讨伐云南。
1381年，傅友德、蓝玉、沐英几位将军率领30万大军南征云贵地区。
明太祖亲自制定作战计划，安排一支部队作为奇兵先期出发，进攻乌撒（贵州毕节威宁县），吸引敌人的注意力和兵力，然后让主力部队趁虚而入直取曲靖、昆明。
傅友德于是派部将胡海洋率军五万杀往乌撒。胡海洋杀入贵州，沿途攻击不肯臣服明朝的蛮族部落，搞得鸡飞狗跳。把匝剌瓦尔密被惊动，急忙调兵遣将阻击胡海洋。
傅友德趁机率领主力杀往云南，连克普定（贵州安顺）、普安（贵州六盘水盘州市），顺利杀至曲靖。
把匝剌瓦尔密在明军杀至普定时已经判定明军的目标是曲靖，急调十万精兵布防白石江
白石江从东西向从曲靖城前流过，就像曲靖天然的护城河。
明军如果强渡白石江必定伤亡巨大。于是明军声东击西，一面佯攻，一面派出一支奇兵从下游渡江，绕到元军背后，遍插军旗，击鼓鸣金。元军以为腹背受敌，军心大乱。明军趁元军分兵回防，江防出现混乱之机，抢渡白石江。元军放弃江防收缩防守。明军渡江之后马不停蹄发起进攻。沐英率领骑兵直捣敌军中军，所向披靡。乱军当中，元军元帅被沐英生擒活捉。元军大败，四散奔逃。
傅友德攻克曲靖后亲率一支军去夹击乌撒，派蓝玉和沐英率一支军杀奔昆明。
元军已经失去抵抗能力。之后明军取昆明、取大理如砍瓜切菜一般。云南全境很快被攻克。把匝剌瓦尔密在逃亡途中自缢而死。
在云南，明军俘虏了当时只有11岁的郑和。
郑和本姓马，是回族MSL，属色目人。郑和祖上是色目贵族，因功封王。他父亲是元朝官员，被封为滇阳侯。明军攻破昆明时，郑和的父亲兵败被杀，郑和做了俘虏。明军看郑和聪明伶俐便把他阉割了送进燕王朱棣的府中做太监。 m..coma
以俘虏为奴在古代很常见。太监也是奴的一种。
郑和因为受宠，被朱棣赐姓郑。后来郑和奉朱棣之命出使，七下西洋。
傅友德率军杀回贵州。乌撒元军在明军杀到之前望风而逃。但乌撒诸蛮不肯投降明军，聚众围攻明军。傅友德指挥部队迎战，斩杀多个部落酋长。诸蛮战败，一哄而散。
明军收复了云贵，但任务还没有完成。云贵地区是少数民族地区。诸蛮人数众多，叛服无常，逮着机会便偷袭明军。如果不能彻底征服诸蛮，明军撤走后云贵地区就有可能得而复失。
明太祖指示傅友德宜将剩勇追穷寇，彻底平定云贵地区。
傅友德一面组织部队筑城防守，一面“分兵四出，攻诸蛮寨之未服者”。乌撒诸蛮卷土重来。明军“大败其众，斩首三万余级”。“云南诸夷复叛”，聚众20万围攻明军驻守的城池。明军固守待援，以强弓硬弩阻击诸夷。明军援军及时赶到，驱散诸夷，生擒四千人。明军追捕残余，再次平定云南。
剿匪比打一场战争还费劲。明军剿抚并用，花了两年时间才基本收服了云贵诸蛮。
明太祖把贵州划归四川管理，让沐英镇守云南。傅友德率领明军主力班师回朝。
不过，明军走后诸蛮仍然叛服不定。
1385年，古州（贵州东南）蛮叛乱，叛众多达20万。明太祖派汤和率军20万前去围剿，一战歼灭4万，擒杀匪首，予以平定。同年思州（贵州东北）蛮也发动叛乱。汤和发动斩首攻击，活捉匪首，匪众溃散。
次年，云南也爆发大规模叛乱。明太祖调兵遣将予以平定。
云贵地区历时十年才最终平定下来。
明军横扫云贵，势不可挡。慑于明军威势。安南、占城等原元朝属国纷纷向明朝进贡表示臣服。东北的高丽见北元已经无力回天也向明朝称臣进贡。
日本见各国向明朝进贡都获得大量赏赐，觉得是个好买卖，也向明朝进贡。但小日本只带来贡品没有带着称臣降表，明朝拒而不收，碰了一鼻子灰。
平定了西南，朱元璋又调兵东北。东北王纳哈出一直盘踞东北，不断骚扰明朝边境。天才一秒钟就记住：(
1387年，朱元璋派兵20万北伐纳哈出。他把军队交给大将冯胜、蓝玉等人指挥。
朱元璋手下一流大将徐达、常遇春、李文忠等或病死或被“肃反”，只剩下二流战将冯胜、蓝玉等人。不过蒙古人已经势衰，二流战将也已经足够对付蒙古人。何况朱元璋本人就是一位身经百战的帅才，运筹帷幄为北伐军安排好了每一个细节。
明军进入东北时天降大雪。这样的天气本来不适合行军作战。但冯胜侦察得知元军驻扎在庆州（辽宁巴林右旗境内），为了达到出其不意的效果，派蓝玉率军突袭庆州。
蓝玉率轻骑兵冒雪奇袭庆州。元军根本没想到明军敢在这样的鬼天气发动进攻，毫无防备。蓝玉一举攻克庆州取得了北伐的开门红。
东北大门被打开，冯胜率主力部队蜂拥而入，兵锋直指纳哈出的老窝。
纳哈出率军进驻金山（吉林勃勃图山）准备跟明军决战。明军云集金山，把金山围了个水泄不通。
朱元璋派出一名蒙古降将前去劝降。降将现身说法，晓之以理动之以情。纳哈出有些心动，派人和明军联络，并借机刺探军情。使者进了明军大营，看到明军兵强马壮，回来禀报纳哈出。纳哈出审时度势：打，打不赢；跑，跑不了。明白大势已难更改，开城投降。
东北和平解放。明军接管了东北，在铁岭驻军把守。
高丽向朱元璋抗议，说铁岭是高丽领土不可分割的一部分，当年被蒙古人霸占了。现在蒙古人完了，你们应该把铁岭还给我们。朱元璋不理。
高丽不服气，决定武力夺取你，命大将李成桂带领4万人去进攻辽东。
李成桂对这个差事非常窝火。明朝兵势正盛，东北陈兵20万。你给我虾兵蟹将4万，这不送死吗？带兵走到边境，越想越生气，一赌气又带兵回来了，反戈一击把高丽王朝灭了。他自立为王建立了朝鲜，向明朝称臣纳贡。