却说俞大猷奉命攻打烈表门，汤克宽奉命攻打西堠门，俞大猷跟汤克宽商量，由于烈港地形特殊，烈表门和西堠门都是在两山夹峙中，加上在水域中设有不少障碍物，一不小心，战船就会被卡住。有谚语说：“老大好当，西堠门难闯。”说明要攻打两座水门，实在是不容易的事情。但是即使困难重重，俞大猷和汤克宽也不得不拼死一战。当号炮在穆岙响起，俞大猷和汤克宽同时向烈表门和西堠门发起攻击。一百多艘包括鹰船、大型福船、广船、舟山乌艚船、浙直沙船、福仓船、东莞船、苍山铁、两头船、联环舟、子母舟等大小战船一齐向着烈表门和西堠门驶去。这些战船各有特殊的功能，例如鹰船，由于它的两头都是尖的，行驶敏捷,进退自如，适合放在最前面打冲锋；大号福船势雄力大，便于冲犁敌船，即所谓斗船力不斗人力；广船主骨架用铁力木制成，非常坚固，可以用着撞敌船；浙江的十橹苍山船原是太平县渔船，曾在抗倭战争中发挥重大作用，号称“苍山铁”；“两头船”也是一种特殊船型，由于它两头有舵，进退自如，在战斗中具有很大的灵活性。
当俞大猷所乘坐的“水龙号”大型战船驶近烈表门的时候，刚要向水城门发炮轰击，意想不到的事情发生了。巨大的“水龙号”战船忽然不能前进了，而倭寇的炮弹已经向“水龙号”飞来，情况真是万分危急！“俞大猷只得命令“水龙号”上的四门红夷大炮、六门千斤佛郎机炮、三门碗口铳、二十门迅雷炮、六十个喷筒、十支噜密铳、十张火药弩、三百支火箭一齐向着烈表门发射；命令担任冲锋任务的五艘鹰船向着烈表门冲去，命令数十艘子母船、赤龙舟、车轮舸、封舟、草撇船、海沧船、苍山船一齐向烈表门发起进攻。与此同时，随船技术人员对“水龙号”进行了紧急检查，发现是战船底部的导航轮被倭寇设置的缆绳缠住了，尽管“水龙号”张满风帆，加上船上数十名船员奋力划桨，但是“水龙号”仍然不能向前。
在这万分危急关头，烈港当地籍兵士叶七听说是导航轮被倭寇设置的缆绳缠住，拿起一把板斧，纵身一跳潜入水中，向着缆绳猛砍。倭寇看到这种情况，一齐向叶七发射水雷。叶七被水雷击中壮烈牺牲，但是缆绳已经被叶七砍断，“水龙号”直奔烈表门。此时烈表门已经被“水龙号”发射的强大火力和其他战船发射的大炮轰塌，一千多支火箭发射的燃烧着的箭矢引起烈表门燃起了熊熊大火。由于烈表门是利用三层厚度一丈多的竹木墙组成，熊熊大火很快蔓延到城门里层。寨内倭寇集中兵力救火，企图扑灭烈表门的大火，但是明军以四艘大型福船为主力的五十多艘各种型号的战船已经以排山倒海之势向烈表门压过来。五十多艘大小战船上各种型号的炮弹一齐向烈表门发射，体型巨大的“大鹏号”福船以它无比巨大的力量将被熊熊大火烧残的烈表门三层总厚度达到四五丈的竹木城门撞开，“猛虎号”、“雄狮号”大型福船和指挥船“水龙号”依次跟进。
尽管倭寇也有王直的两艘能够装载两千人的大型福船，但是由于对操作人员的训练时间过于短促，操作技术并不精熟，导致未能发挥应有效能。而日本国产的安宅船虽然也有三层楼，船体巨大，但是比起大明的福船就是小巫见大巫，差远了。至于那些关船和小早船，也就只能跟大明水师的普通哨船不相上下。
在炮火火力方面，倭寇虽然也有威力巨大的国崩大炮二十门，虽然也有从英吉利军火商那里购买的“大哈里”号火炮、“海上主权”号火炮和从西班牙军火商那里购买的“圣菲利浦”号火炮，但是在明军巨大的火力网打击下，不论是大友宗麟引以为自豪的国崩大炮，还是从英吉利王国和西班牙王国购买的最先进火炮，都不能给倭寇带来胜利的希望。此时大明水师各种不同型号各种功能不同的六十多艘战船一齐向着烈表门内扑去，红夷大炮、神飞炮、灭虏炮、大型佛朗机炮、大连珠炮、大将军炮、盏口将军炮、霹雳炮、虎蹲炮等火炮一齐发射；专门用于烧敌船风帆风蓬的火箭盘枪、“神机箭”的多发火箭火龙出水、内藏神机箭十枝或猛箭二十枝的水陆两用火箭虎头火牌、内藏神机火龙箭三十六枝毒箭的火龙神机柜、连发火箭一窝蜂、神火飞鸦、球形带双翼的“飞空击贼震天雷”、八十斤重的大型爆炸燃烧万人敌等最新式火箭和爆炸弹一齐射向烈表门内的倭寇船队。顿时，整个的烈港处在一片火海之中。
在西堠门，汤克宽凭借六座大将军铳、两门千斤级的“无敌神飞炮”、八门大佛朗机、二十门虎蹲炮、三门从西班牙购买的寇非林火炮、两门从荷兰进口的加农炮等大型火炮的轰击下，西堠门已经被明军的强大攻势所打破。
西堠门是烈港西北部的水城北门，位于龙山西北部山脚海面，与西堠门紧邻的海岸是两三里长的陡峭岩壁，别说人无法攀登，就是鸟儿要从海面飞到岩壁上，也没有落脚的地方。古代人选择在这个地方作为军事堡寨，确实还是很有深意的。西堠门这个地方是元代以来的造船基地，直到明朝嘉靖年间仍然还是大明著名船厂之一。倭寇占领双屿港以后，仍然利用烈港造船厂为倭寇制造船只。双屿港被捣毁后，以王直为首的倭寇集团曾经以烈港作为巢穴继续在宁波一带为非作歹，由于明军的穷追猛打，王直不得不离开烈港远走日本。抗倭主帅朱纨被仇家扳倒自杀，王直率领倭寇大军返回大明东南沿海，把烈港作为倭寇统帅部所在地，利用堆积在造船厂海岸的堆积如山的木材，对烈港原有竹木水城进行大量整修，把个烈港修筑成固若金汤的军事水城。同烈表门一样，西堠门也是利用三层厚度一丈多的竹木墙组成，三层总厚度达到四五丈，如此厚度的水城城门要打破也确实不容易，但是由于明军依赖无比强大的火力，居然把烈表门和西堠门先后砸开。
在无比激烈的战斗中，一批特殊船型发挥了巨大作用。例如倭寇的“松浦”号大安宅船是日本最有名的大型战船，船的总长度达到十五丈，宽三丈以上，船体表层包裹着近一寸的铁甲，被称为“铁甲船”，装备着多门大炮，说起来也是怪吓人的。就是这种大型战船，在大明水师的福船面前就成为小不点了。当明军的“大鹏号”福船冲破烈表门进入烈港的时候，倭寇的“松浦”号大安宅船迎上来企图拦截，但是由于“大鹏号”那高昂着的船头太高，使“松浦”号的大炮只能够进行仰射，而那一千多斤重的炮弹要仰射就无法达到所必须的高度，而“大鹏号”却可以对着“松浦”号俯射，将两千多斤重的炮弹直接打到“松浦”号的船舱，将“松浦”号的船舱被打得稀巴烂，“松浦”号一时躲闪不及，被“大鹏号”直冲过来犁沉。
倭寇的另一艘“九鬼嘉隆”号也是一艘大型安宅船，船上装有五门“国崩”大炮和多门大型铁炮、大筒、火门铳等大型火炮，还装备了“大哈里”号火炮、“海上主权”号火炮和“圣菲利浦”号火炮各一门，说起来火力还是够强大的。但是“九鬼嘉隆”号同样是在船体高度上吃了大亏，被明军的“猛虎号”用重炮打伤后犁沉。
经过激烈的混战，倭寇的三艘安宅船先后被明军“猛虎号”、“雄狮号”和“水龙号”福船犁沉；十多艘关船和小早船被明军的二号福船、广船、舟山乌艚船、浙直沙船、福仓船、东莞船、苍山铁等大型战船击伤或者击沉。在无比激烈的鏖战中，六艘“两头船”在战斗中显示了独特的威力。由于两头船两头有舵，进退自如，常常给倭寇意想不到的打击。特种战船连环舟和子母舟发挥了特殊作用。连环舟是一种专门用于冲撞敌船的战船，船体长四丈，分为两截，前截占三分之一，装载爆炸弹，后截占三分之二，用于乘坐官兵。当冲撞敌船时，用钉牢在船头的倒钩钉牢敌船，士兵抓紧时间向敌船投掷炸弹，炸弹爆炸后，船头与敌船同时被炸毁，而联结前后截的铁环早已自动解开，后截得以在爆炸前离开爆炸区，船上乘员安然无恙。而子母舟的设计更加巧妙，母船体长三丈五尺，前截两丈，船舱内装载火药干草；后舱藏一子舟。母船点火后，带着熊熊大火与敌船一同烧毁，子舱内军士可驾子舟逃跑。这叫着“牺牲母亲保住孩子”。
激烈的混战还在继续，此时倭寇总头目松浦隆已经预感到灾难正在向他逼近，他要王直马上拿出有效对策。王直知道自己的处境非常危险，如果全军覆没，他王直即使侥幸逃脱，也不能再到日本去避难，所以也只有死路一条。此时日本主子要他拿出紧急措施，王直想到了逃跑。原来王直为了预防出现紧急情况，准备了一条暗道。在烈港与金塘岛山脚有一个狭长水道直通莲花洋，王直为了防止万一，早已将狭长水道与莲花洋相接处利用竹排上的假山掩盖起来。现在明军已经以排山倒海之势攻入烈港，要想从正面突围已经不可能了，于是王直决定启用暗道逃跑。王直命令已经受伤的“徽王”号大型福船冲破竹排上的假山，残余战船紧跟着“徽王”号大型福船逃入莲花洋。
王直还命令金塘岛上的先人山、大坪岗、谭头山和大坪岗的倭寇同时向明军发起猛烈进攻，以策应主力从莲花洋突围。
此时俞大猷与汤克宽已经将烈港水城全部控制，港内到处漂浮着船只残骸。令俞大猷和汤克宽不解的是，烈港内倭寇的主力船队忽然不见了，这是怎么回事啊？莫非倭寇也有神秘的遁逃之术？于是俞大猷与汤克宽率领大军沿着金塘岛山脚进行搜寻，发现了狭长水道，原来倭寇主力船队从狭长水道逃入莲花洋了。俞大猷与汤克宽率领船队紧紧追赶，又有一部分倭寇战船被击沉或者犁沉。
此次烈港大战，共犁沉、击沉倭寇战船五十多艘，打死倭寇一千六百多人，随沉船溺死的倭寇不知其数，其中活捉倭寇一百四十八人。王直和以松浦隆为头目的数千倭寇四散逃跑。
烈港大战，明军取得重大胜利。当地人民为纪念这次倭寇战争的伟大胜利，在普陀山潮音洞六角亭旁立一块石碑，碑文阴刻二十八字：
“明嘉靖癸丑季秋，副使李文进、参将俞大猷、都司刘思至督兵灭倭于此。”