很多人劝阻范祖禹，不应要上呈。范祖禹不肯负约，依然上呈。朝廷没有为难他，赠富弼为太尉，谥文忠。范祖禹字淳甫，成都人，生于仁宗康定二年。范祖禹出生时，他母亲梦见“一伟丈夫被金甲入寝室，曰：‘吾汉将军邓禹。’”因此，取名范祖禹。
范祖禹从小是孤儿，他叔祖父范镇，把他当作自己的儿子一样抚育。范祖禹仍然因为自己是孤儿，而伤心不已。每当别人参加喜庆宴会时，他都面容凄惨，心情抑郁。整日闭门读书，从不干预人事。后来他到了京城汴梁，所接触的都是一时名人。叔祖父范镇对范祖禹十分器重，说：“此儿，天下士也。”
范祖禹在嘉祐年间，中了进士甲科。司马光修撰《资治通鉴》，范祖禹负责唐代部分的撰写工作。他在洛阳十五年，一心撰写《资治通鉴》，不事进取。司马光称赞他“智识明敏，而性行温良，如不能言；好学能文，谦晦不伐，如无所有；操守坚正，而圭角不露，如不胜衣，君子人也。”
《资治通鉴》修成后，司马光推荐范祖禹任秘书省正字。当时是王安石执掌朝政，他也十分看重范祖禹。王安石的弟弟王安国与范祖禹十分友善，曾示意范祖禹去拜谒王安石。但是范祖禹不为名利所动，没去拜谒。富弼致仕以后，住在洛阳，很少与人接触，唯独对范祖禹例外。
神宗死后，赵煦继位，范祖禹擢任右正言。吕公著执掌朝政，范祖禹是吕公著的女婿。于是他避嫌辞职，改任祠部员外郎。不久，任著作郎、修《神宗实录》检讨，迁任著作郎兼侍讲。
赵煦因为夏天暑热，暂停讲书，范祖禹上疏道：“陛下今日学与不学，系他日治乱。如好学，叫天下君子欣慕，愿立于朝，以直道事陛下，辅佐德业，而致太平；不学，则小人皆动其心，务为邪谄，以窃富贵。”建议赵煦恢复讲读。
吴中发大水，赵煦下诏拿出米一百万斛、缗钱二十万救济。谏官却说报告灾情的人造谣，请求加以查验考察。范祖禹封还谏官奏章，说道：“国家的根本，就依靠东南。现在一方的百姓，呼喊诉苦，张口等待救助，来摆脱急迫的危急。所奏灾情虽然稍微超过事实，应当忽略不追问。如果稍加惩罚，恐怕以后不会再有人敢说了。”赵煦采纳了他的意见。
他听说宫中想寻用乳母，当即与左谏议大夫刘安世，上疏劝谏，认为“皇帝已经十四岁了，不应该近色，理应进德爱身。”又请高太后爱护皇帝身体。高太后召他觐见，说道：“这是外间的谣传，不足为信。”范祖禹说道：“外议虽然是虚言，也应预防。很多事预先说明，似乎是杞人忧天。等事情发生，再多说也是无益了。陛下宁可先事纳谏，不要让臣等将来追悔莫及。”高太后很是嘉纳。
不久，知汉阳军吴处厚上陈蔡确游车盖亭诗，意在诽谤朝廷。原来蔡确被贬之后，心中苦闷。有一天，他游览车盖亭，山光水色让他一扫心中郁闷，于是一口气写
下了十首绝句。
一是：公事无多客亦稀，朱衣小吏不须随。溪潭直上虚亭表，卧展柴桑处士诗。
二是：纸屏石枕竹方床，手倦抛书午梦长。睡起莞然成独笑，数声渔笛在沧浪。
三是：满川佳境疏帘外，四面凉风曲槛头。绿野平流来远棹，青天白雨起灵湫。
四是：静中自足胜炎蒸，入眼兼无俗态憎。何处机心惊白鸟，谁能怒剑逐青蝇。
五是：风摇熟果时闻落，雨滴余花亦自香。叶底出巢黄口闹，波间逐队小鱼忙。
六是：来结芳庐向翠微，自持杯酒对清晖。水趋梦泽悠然过，云抱西山冉冉飞。
七是：溪中自有戈船士，溪上今无佩犊人。病守翛然唯坐啸，白鸥红鹤伴闲身。
八是：喧虺六月浩无津，行见沙洲冻雨滨。如带溪流何足道，沉沉沧海会扬尘。
九是：西山彷佛见松筠，日日来看色转新。闻说桃花岩畔石，读书曾有谪仙人。
十是：矫矫名臣郝甑山，忠言直节上元间。钓台芜没知何处，叹息思公俯碧湾。
吴处厚本来和蔡确就有旧怨，于是抓住机会，随意曲解，上奏朝廷，说蔡确毁谤朝政。吴处厚专门指出：第二首之笑不怀好意，“方今朝廷清明，不知蔡确所笑何事？”第五首是讽刺朝廷启用新人，他自吹是老资格。第八首说国运必生大变；第九首是心怀不满，认为朝廷对他处置不公。第十首是诬蔑当今太后，比拟武则天；是心怀不满，认为朝廷对他处置不公。
他认为蔡确是在用郝处俊在上元年间，劝谏唐高宗想传位给武则天的事，来指斥高太后。诗中有“矫矫名臣郝甑山，忠言直节上元间”之句。郝甑山是安州人，唐高宗时的忠直之士。唐高宗想让位给皇后武则天，郝甑山上奏反对。吴处厚曲解诗意，说此处是将高太后比做武则天。
于是左谏议大夫梁焘、右谏议大夫范祖禹、左司谏吴安诗、右司谏王岩叟、右正言刘安世，都上奏请求治蔡确的罪。范祖禹认为：“蔡确之罪，天下不容，尚为列卿，恐难平民愤的言论相弹劾，我请求把他处以典刑，更赐重行窜谪。“
朝廷下诏让蔡确自己解释，蔡确为自己申辩的十分清楚。刘安世等人又说蔡确的罪状显明，不用申辩，这是有大臣在包庇他。于是高太后贬蔡确为光禄卿，分管南京应天府。蔡确被处罚后，左谏议大夫梁焘、右司谏吴安诗、右正言刘安世认为处罚轻了，御史中丞傅尧俞、侍御史朱光庭也这样说。
于是高太后再贬蔡确为英州别驾，新州安置。新州时称“烟瘴最甚”，有“人间地狱”之号。吕大防和刘挚以蔡确母亲年老，岭南山高路远，不宜让她翻山越岭，主张改迁他处。宰相范纯仁还对高太后说道：“圣朝宜从宽厚，不
应吹求文字，窜诛大臣。譬如猛药治病，足损真元，还求详察！”高太后却说道：“山可移，此州不可移。”
范纯仁对吕大防说道：“岭南之路长满荆棘七八十年了，今日重开，日后我们恐怕难免有此下场。”他还请哲宗向高太后求情，但是哲宗沉默不语。御史李常、盛陶、翟恩、赵挺之、王彭年因不上疏弹劾蔡确，中书舍人彭汝砺因封驳对蔡确处理的诏旨，都获罪而被罢官出外。
知潞州的梁焘，奉召升任谏议大夫。他路过河阳的时候，与邢恕相见。邢恕是蔡确有策立之功，托梁焘入朝说明。梁焘一口应承，进京之后，就按照邢恕的话上奏。高太后出示给大臣看，说道：“皇帝是先帝长子，理应得立。蔡确有什么策立之功，似他欺君罔上，将来如果再得入朝，恐怕皇帝年少，将被他所欺，必受大害。我不想明言，特借讪上为名，把他驱逐，以杜绝后患。这事关乎国计，虽奸邪怨谤，我也不顾了。”
司谏吴安诗与刘安世等，为了讨好高太后，于是上疏劾范纯仁和蔡确是同党。吕大防也说蔡确的党徒很多，势力太大，不可不治。范纯仁因此力求罢政，出知颍州。尚书左丞王存，本来就是蔡确所举荐，因此受到牵连，出知蔡州。胡宗愈已早被谏官所弹劾，被罢了尚书右丞。
高太后于是擢升刘挚为尚书右仆射，兼中书侍郎，苏颂为尚书左丞，苏辙为尚书右丞。这时赵瞻和孙固，先后死了，高太后又任命韩忠彦为同知枢密院事，王岩叟签书枢密院事，召邓润甫为翰林学士承旨。邓润甫曾依附王安石，出知亳州，梁焘、刘安世、朱光庭等人于是接连弹劾，却不见报。
梁焘等人不满，居然力请外调，高太后又外放梁焘知郑州，朱光庭知亳州，刘安世提举崇福宫。文彦博因老病退休，右司谏杨康国上奏弹劾苏辙兄弟文学不正，贾易又为侍御史，与御史中丞赵君锡，先后谈及苏轼。苏轼出知颍州，寻改扬州，贾易与赵君锡一并外调。
刘挚性格耿直，与吕大防议论朝政，经常发生争执。殿中侍御史杨畏，刚刚依附吕大防，于是弹劾刘挚结党营私，联络王岩叟、梁焘、刘安世、朱光庭等为死友，觊觎高位，而且还和章惇的几个儿子往来很密，结交匪人。
高太后最恨王安石等变法之人，立即当面询问刘挚。刘挚惶恐退朝，上奏自己辩解，梁焘、王岩叟等人也上疏解救。高太后更加怀疑，外调刘挚去知郓州，王岩叟也被外任知郑州。高太后又召程颐入直秘阁，兼判西京国子监，但是被苏辙劝阻，程颐也推辞不就。
元祐七年，哲宗已经十七岁了，高太后于是想给他立皇后。高太后曾召世家女子一百多人，入宫备选。其中有眉州防御使兼马军都虞侯孟元孙女，高太后亲自教她女仪，格外喜欢。孟氏当时十六岁，与哲宗的年龄相当，即由高太后做主，准备立孟氏为皇后。由司天监择定吉日，准备大婚。