这部史书的编写工作是王瑾刚到广州就开始着手安排的，因为可写的内容也实在没有多少，经过三年时间，现在已经成型了。
《后宋史》从临安沦陷时开始说起，洪福、谢五十、黄广德、张三八、陈千二、张烈良、刘应龙、杜可用、陈大举、林桂芳、欧南喜、钟明亮、杨镇龙、刘六十、蔡五九、刘景周、圆明和尚、刘志先、赵丑厮、郭菩萨、朱光卿、韩法师、范孟端、蒋丙、何仁甫、莫八、罗天麟、陈积万、吴天宝、莫万五、曹七七……这些在元明两朝史书上大逆不道的反贼，在这部《后宋史》里都按照正统的帝王将相来写，皆入列传。对这些人当然也有批判，但批判的方向是他们造反的技术不行。或军队纪律没有搞好，或战略有问题，或任用小人，或听信谗言，或懈怠骄奢，等等。从头到尾都是以继承者的身份拿他们当成大宋正统的代表来褒贬，而不是官府批判流贼草寇。
至于元末群雄，韩林儿和徐寿辉入本纪，刘福通、明玉珍等人入世家。就算是弑君的陈友谅，降元的张士诚、方国珍，也入世家，虽然痛批了一番，但也写了他们抗元的功绩。
最尴尬的是，《后宋史》世家部分的最后一卷是“吴王世家”，写的是大宋江南行省平章政事，吴王朱元璋。
按照一般修史的规律，新王朝的开国皇帝就算曾经是上一朝的臣子，也不会被写进上一朝的史书。如果明朝能为韩宋修史，肯定不会让这样的情况发生。
可朱元璋没这么干。解缙所说的明朝“得国之正”，既不是指朱元璋驱除鞑虏、恢复中华，更不可能是指他由农民起义者出身，反抗地主阶级压迫，而是指朱元璋没做过（没做成）元朝的官，没吃过元朝的俸禄，所以他反元不是晋隋唐宋那样的臣夺君位。一旦朱元璋承认了韩宋，那他成什么了？
所以，朱元璋坚持元朝是正统，韩宋是“妖寇”，把自己在穷途末路之际被郭子兴收留的经历说成“暴兵忽至，误入其中”，“被妖人逼起山野”，彻底背叛了红巾军。
即便是明朝文人，对于《元史》中对韩宋的贬低也是有不满的。嘉靖年间的李文凤就曾经说：“秦氏暴虐，陈胜、吴广斩竿揭木以为天下先。虽寻就覆亡，后之议者犹曰秦民之汤、武也。胡元非我族类，重以庚申不君，民不聊生。韩氏父子、君臣起义，号召天下，天下云合响应。群雄并争，不谋而同。然当是时，据河南，荡山东，躏赵、魏，跞上都，入辽东，略关西，下江南，大抵尽宋之将帅，不谓之中国之汤、武不可也。天命有德，真人龙兴，定鼎建业，处汉、吴二强寇之间，东西扫荡，从容指挥。元之不能以匹马、只轮临江左者，以有宋为捍蔽也。韩氏君臣非特有功于中国，其亦大有功于我明也乎！”
背叛了红巾军，不妨碍朱元璋是个优秀的封建皇帝。但作为一个农民起义者，既然他在史书里背弃同袍，也就别怪新的农民起义者在史书里黑他了。《吴王世家》从朱元璋出生一直写到瓜步覆舟，着重描写了朱元璋年轻时受元朝压迫的悲惨，简单介绍了他加入红巾军后的抗元贡献，详细介绍了朱元璋和州乞降、与察罕帖木儿通好、通过方国珍联系元廷、与王保保通信等光辉事迹。
对陈胜、吴广、韩林儿、刘福通等人的评价，还涉及一个问题，就是李自成将如何评价那些为他做前驱的人？
汉末农民起义、隋末农民起义、唐末农民起义都失败了，张角、黄巢这些人被骂，大家还能理解，成王败寇嘛。可秦末农民起义和元末农民起义明明胜利了，如果首义之人还被新王朝说成“贼”，这就让人很难接受了。
朱元璋能够和红巾军切割开来，除个人品德之外还有一个原因，就是他几乎是另起炉灶完全新建了一支军队，只是在郭天叙死后接收了郭子兴的旧部，所以他也就对郭子兴还保持了最起码的尊重。而韩宋的嫡系军队，在对元朝和张士诚的战争中已经损失殆尽了。
汉初的情况则不然。陈胜遇害后，他的旧部苍头军继续与秦兵血战，后来追随刘邦。东方六国中，魏、赵、燕三国都是在陈胜的支持下复国，就连项梁也是被陈胜的部下接来的。在这种情况下，哪怕刘邦的人品和朱元璋一样，也不能轻易否定陈胜。何况刘邦从未做过张楚的臣子，不像做过韩宋臣子的朱元璋那样有反叛的包袱。
明末农民战争的首义者白水王二很快失败，继之而起的王嘉胤、张存孟、王自用、高迎祥等人是真正把这把火烧起来的，正是有他们作为前驱，才有了李自成、张献忠、罗汝才的时代。李自成也同样没有反叛的包袱，因为他只做过张存孟的部下，而张存孟出卖兄弟，自取灭亡了，这一节不用再担心。
闯军将领之中，很多都是王嘉胤、王自用、高迎祥的旧部，尤其是刘体纯，与王自用义同兄弟。当初在太行山，闯营就两万人，刘体纯带着王营的两万人来投，作为李自成继承者的李迟更是有一半高氏血脉。就算李自成和朱元璋有一样的人品，他也不可能去否定王自用、高迎祥他们。
李自成并不是像朱元璋那样在乱世中自行割据一方发展起来的，而是由众反王的盟主成为大元帅，就像刘邦和项羽开战时统率的是诸侯联军那样。因此，不管他本人如何想，他在承认前驱者的问题上都得走刘邦的路线。
对于明朝的读书人来说，尊崇朱元璋几乎是潜意识里的习惯，虽然闯军并没有直接批判朱元璋，但表达出来的意思是再明显不过了，引起的震动颇为巨大。既然连明朝最敏感的红巾军问题都直接重新评价了，再加上推崇孟子、请回荀子的操作，那么恐怕整个评价历史的体系都要重新构建了。
来参加文庙落成典礼的这些人有很多心中感慨万千，不过，闯军在意识形态领域做出的改变还不足以让他们做出什么反应。闯军允许他们随便讨论这些事情，当然，听了也只当放屁。他们更关心的是科举制度，这才是与他们实际利益切身相关的问题。