大家做出这样的决定并没有经过多少思考，李自成和王瑾一贯是对的，所以他们这次就是对的。所有主要头领，除王瑾外全都跟着主力西撤，留下贺宏器、马世泰、郝摇旗、贺兰、路应樗、武平孝六人，分别指挥六座城门的攻击。
前几天投降的降卒打头阵，在“投降不杀”的喊叫声中，闯军开始了攻城。在此之前，闯军还从未攻击过如此防卫森严的要塞，然而，这一仗却打得前所未有地轻松。尽管闯军的兵力只有官军的三分之一，可官军没有一点斗志，有两座城门直接大敞大开，放闯军入城。
只有尤世威、刘肇基等人的家丁试图抵抗，这些人吃得更好，居住条件更宽敞卫生，因为酒的配给更多，对于被污染的水源也接触得较少，受瘟疫的影响没有一般的营兵和卫所兵那么大。然而，一万官兵抵抗三千闯军轻而易举，千八百个家丁想要抵抗三千闯军，终归是无用。
王瑾留下的这三千人中有很多辽人，在和曹文诏、尤世禄、左良玉等部的交战中，闯军俘虏过不少辽人，因为此次战斗中要对付的官军主要是辽兵，所以王瑾也尽量让自己的同乡多留下，免得有人多说闲话。
因为火药和弓箭都不能用，家丁们的战斗力也不怎么样，辽东话、河南话、关中话、陕北话的劝降声此起彼伏，闯军又带着干燥的火药入城，将缴获的火炮拖过来准备炮击。
罗岱的家丁队长谢应龙第一个投降了，他是玩炮玩得最好的，所以也最清楚挨炮轰的后果，他手下的兄弟全是火器手，近战能力非常弱，现在没有火药，不投降就只能等死。
徐来朝在战斗中被打死，尤世威的兵马溃散，他坚持不降，自刎而死。刘肇基的指挥部遭到炮击，房屋垮塌，把他砸昏过去，要不是王瑾和当了俘虏的刘肇基的家丁们坚持要寻找他，将他刨了出来，他差一点就要在闯军烧城时被烧死。只有罗岱是陕西人，又久在河南任职，熟悉潼关地形，率领少数亲兵缒城而出，逃之夭夭。
闯军共俘虏了官军兵将近八千人，再加上城内家属、百姓，共计两万九千余人。按照原定计划，全部押入城南的山寨隔离。王瑾原本有让俘虏强制洗澡灭虱的打算，但春天的温度不算高，没有足够的燃料和保暖设备，俘虏洗澡受寒，反而更容易得病，再加上水源不足，挑水洗澡得把人累死，下河洗澡河水又没法喝了，所以只好作罢。
在一些历史时期，有一些民族的文化比较排斥洗澡，认为会导致疾病，不是完全没有道理。假如保暖措施不行，洗完澡被冷风一吹，那不是没病找病吗。一群人聚在公共澡堂里洗澡，共泡一池水，也很容易传染疾病。最初制定这些措施的人，其实是有智慧的，然而被后世一群二百五弄成了宗教教条，就变了味了。
潼关城内的物资，闯军只带走武器、金银细软和尚未浸水的粮食，趁着这几日天晴，都拿到太阳底下暴晒。其余城内的所有建筑和物品全部纵火焚毁，在放火之前，还填埋了所有水井和粪坑。
王瑾自己都觉得有些小心过甚，但和瘟疫的威胁相比，多烧几间房子也算不得什么。在这种时候，过分小心总比没头没脑地送死强。他下令再建两个营寨，一个是俘虏用的，一个是自己的兄弟用的，都是给病愈的人准备的住所。
崇祯九年四月二十六日。
王瑾长出了一口气，患病区和隔离区终于清空了。他一直担心会发现鼠疫、霍乱等更可怕的传染病，但还好没有。伤寒和感冒都是来得快去得快，挺得过去就痊愈了，挺不过去也就死了。
在最艰难的时候，闯军兄弟病倒了数百人，毕竟他们裹在脸上的只是普通的棉布麻布，和后世的医用口罩天差地远。郝摇旗和贺兰也染上了感冒，好在都很快痊愈了。这次的疫情以本时空的标准似乎也并不如何厉害，闯军士兵免疫力都不错，否则根本活不到成年，再加上对卫生比较用心，最终只病亡了一百零四人。对于整日和死亡打交道的闯军来说，这个数字很正常，平时军中也总有人病亡，大家早就习惯了。
被俘的官军病死了大约一千人，老幼妇孺死亡三千余人，焚烧尸体的浓烟日日不绝。再加上闯军攻城前病死的和攻城中被杀、逃散的，整个潼关一下子少了将近两成的人口，但是与真正瘟疫大流行时那种阖村死、阖镇死、阖城死的惨状相比，又不算什么了。
“我叫王瑾，就是你们常说的‘活阎王’。从山海关来的兄弟或许有认得我的，当初你们的总兵官还是宋纬时，我们在一个锅里搅过马勺。再早的宁远之战，宁锦之战，我也都参与过。这些天我还找到不少熟人。罗勇刚，西平堡之战时，你是罗协台的亲兵，那会儿我还是个新兵蛋子，逃难的路上见过你。何大虎，宁远之战的时候你才当兵没几天，负责拿醋擦炮，差点把手烫熟了，现在你也指挥一个炮组了。当时我是祖镇台麾下的夜不收，砍了个真虏首级回来，还挺出风头，说不定有人记得我。”
“我们在这山里躲了两个月，病也养好了，粮食也吃没了，也就该挪窝了。我知道，你们中的好些人有老婆孩子，有家的鸟儿拴不住，硬留下也不是一条心，没劲。想走的，带着自己的随身衣物和干粮，爱上哪上哪去。愿意入伙的，以后就是兄弟了，闯营的规矩如何，你们也已经知道了，不用我多废话。”
“大家都是当兵的，就算没参加过兵变，也见识过兵变，自来兵变哪有死拼到底的，大家最后还是得和，若没有家室，在哪当兵还不是一样。尤镇台没了，刘协台也得丢官回家，你们想想，回去了就能有好日子过？”王瑾故意把农民起义和兵变混为一谈了，而且官军俘虏们想的“和”是受招安，再回去当官军，这是大部分兵变的通常结果，王瑾想的“和”却是另一种完全不同是方式。
“鼎维兄，我就送到这里了。”王瑾拱了拱手。刘肇基还礼道：“承蒙头领不杀之恩，末将今生是无面目再与闯营敌对了，便如头领所说，这官也铁定是丢了，末将这便回赣榆老家去读书务农，再也不问军政之事了。”
被俘的关宁军军官基本都想走，他们在辽西有家眷，甚至有土地，自然不肯当流寇，普通士兵也有不少还是想回家，不过，那些没有家眷的士兵大批加入了闯军。潼关卫的军户自然大部分都选择留下，但不少家庭人口多、田地少，闯军烧城又坏了不少人的生计，因此也有相当一部分人想靠当闯军混口饭吃。不久之前，王瑾带人打破了华阴县城和华州州城，有一些投降的官兵参战，战利品颇多，虽然金银丝帛不能分给士兵，但这种冲进财主家里杀猪、吃米面的生活还是挺让他们满意的。至于以后还有苦日子的事，现在也不必去提。
最终，闯军收编的士兵有三千八百余人，这个数字正好，因为这些人得马上武装起来，投入和官军的战斗之战。再多的话，王瑾手下只有不到三千闯军老兄弟，未必控制得住他们。
望着刘肇基等人远去的背影，王瑾叹了口气，但愿在这个时空，刘肇基再也没有重新出山的机会了。