可以说云台二十八将之首完全是个水货，战斗的刘秀灭王郎、杀谢躬之后，已基本控制河北大局。此时，赤眉军大举入关，刘秀考虑到更始帝吃枣药丸，派邓禹率军西进，坐收渔翁之利。“光武筹赤眉必破长安，欲乘衅并关中，而方自事山东，未知所寄，以禹沉深有大度，故授以西讨之略。”
而史书都是由胜利者书写的，而春秋笔法可以说能把坏的变成好的，事情往往没有字面看起来那样简单。刘秀手下人才济济，难道“沉深有大度”者只有邓禹一人吗？前面讲过，河北、南阳、颍川三大功臣集团已经形成，从人员配比上来说，大致成鼎立之势。然而除了少数部曲以外，刘秀所部几乎全是河北兵马，这与人员配比是不相称的，河北集团一家独大。
邓禹于刘秀而言，既是故交又是谋主，稳坐南阳集团头把交椅。派邓禹西征，便有分河北之势，扶持南阳集团的意图。同时，邓禹虽提出“邺中对”的战略，却寸功未立，此举也是锻炼和提携这位老同学。所以，“中分麾下精兵二万人，遣西入关，令自选偏裨以下可与俱者”这句看似废话，实则大有深义。
建武元年正月，邓禹从河内出发，强攻箕关，兵临安邑城下。相持数月，更始部将樊参渡河支援安邑，邓禹前往截击，樊参战败身死。
随后王匡、成丹等人再次率军十余万来攻，因兵力悬殊，邓禹初战不利。军师韩歆等人劝邓禹趁夜撤退，但他没有听从。次日是癸亥日，天干地支都排末尾，是所谓的“六甲穷日”，王匡很迷信，就高挂免战牌，这给了邓禹整军再战的机会。
第三日清晨，王匡倾巢而出，邓禹坚壁不出，待其疲惫发动反攻，一举击溃王匡大军。邓禹紧追不舍，斩杀河东太守，缴获辎重无数。此战虽胜，却暴露了邓禹不善攻坚、刚愎自用的弱点，只是由于对手的低级错误才侥幸获胜，隐患早已种下。
不过这场胜利对刘秀和邓禹来说，都很及时。六月，刘秀在高邑称帝，置公卿百官，在最重要的三公人选上，颇费一番周折。这就要提到大名鼎鼎的“赤伏符”了。
“赤伏符”属于当时流行的谶纬，是一种以预言为形式的政治神学。对于谶纬，既要从历史的角度承认其合理性，也要从现代的角度考察它的内在逻辑。“赤伏符”是刘秀邓禹的老同学强华生造出来的，它不止“刘秀发兵捕不道，四夷云集龙斗野，四七之际火为主”三句话，而是像当年哀章为王莽所造的图谶一样，后面备注了辅臣的人选。
很显然，强华只认识邓禹，其他人选都是瞎编的。于是在其乐融融的称帝现场，出现了不和谐的一幕。刘秀想按“孙咸征狄”拜孙咸为大司马，遭到众人一致反对，他们推举了吴汉和景丹。刘秀被迫让步，以吴汉为大司马，景丹为骠骑大将军。
然而刘秀按“王梁主卫作玄武”拜王梁为大司空时，却无人置喙。这三人都是河北功臣（见上篇），可见当时河北势力有多厉害。刘秀唯一的成果，就是拜邓禹为大司徒，勉强扳回一城。如果邓禹没有立功，恐怕大司徒也轮不到他。
邓禹渡过黄河，占领夏阳，更始一部十万人前来阻击，被邓禹击退。而赤眉军此时也攻破长安，烧杀抢掠，关中地区一片混乱。百姓们听说邓禹秋毫无犯，扶老携幼来迎，每天都有上千人投诚，没几天功夫就号称百万之众。邓禹也平易近人，亲自停车慰劳，男女老幼聚拢过来，感激涕零，爱民之声传遍关中。
政治攻势固然好，不过俗话说当兵吃粮，这几十万人马你得养着。因此当将领们建议邓禹直取长安时，他说：“今吾众虽多，能战者少，前无可仰之积，后无转馈之资。赤眉新拔长安，财富充实，锋锐未可当也。夫盗贼群居，无终日之计，财谷虽多，变故万端，宁能坚守者也？上郡、北地、安定三郡，土广人稀，饶谷多畜，吾且休兵北道，就粮养士，以观其弊，乃可图也。”
刘秀也发来诏书，催促邓禹早攻长安，但邓禹坚持自己的意见，先取三郡。迟则生变，接下来发生了一件事情，成为一系列军事灾难的开始。
邓禹提兵北上，需要有人在栒邑断后。赤眉军势众，栒邑是一座孤城，没人愿意干这个苦差事。邓禹无奈，只好把诸将的名字写在竹板上，学赤眉军抓阄，军机大事如此儿戏，表明邓禹已经无法有效驾驭部下。
邓禹略定三郡后返回，又派冯愔、宗歆驻守栒邑。不知何故，二人发生矛盾，冯愔一怒之下杀死宗歆，然后反攻邓禹。邓禹没有行使主帅权力，反而派使者报告远在洛阳的刘秀，于是引出一段奇怪的记载。刘秀问使者：“冯愔跟谁关系好？”
使者回答：“护军黄防。”
刘秀便说：“他俩貌合神离，黄防早晚要擒拿冯愔。”刘秀派尚书宗广前往处置，一个月后，黄防果然擒住冯愔，向宗广投降。
这时更始将领王匡、胡殷等也来向宗广投降，一道返回雒阳。走到半路，王匡、胡殷反悔了，宗广将其斩首，而冯愔被押回雒阳后，竟得宽恕，一点事都没有。其中有几个疑点，比如冯愔为何要反叛邓禹，刘秀为何断定黄防会擒拿冯愔，冯愔犯下大罪为何不了了之？从现有的文字资料中难以找到答案，待有心人去研究吧。
建武二年，邓禹趁赤眉军到右扶风就食，终于南下进攻空虚的长安。由于长安已成一片废墟，邓禹引军驻扎在城南的昆明池。他做的第一件事，就是择吉日斋戒沐浴，修整被赤眉军祸害的陵寝，把西汉十一帝的神位护送回洛阳，然后将更始帝刘玄以王礼安葬在霸陵。这表明邓禹擅长政治挂帅，时刻把社会舆论和王道正统放在心上，但战局不利使得这些东西失去了意义。
他先是败在军阀延岑的手上，紧接着汉中王刘嘉势穷来投，本来是好事，却也闹出了乱子。刘嘉的国相李宝傲慢无礼，实则不愿归降，邓禹怒而杀之。结果李宝的弟弟率旧部报复，杀邓禹一将。
由于屡战屡败，再加上内讧，邓禹的威信受损，不少人离他而去。赤眉军吃干抹净后，回师长安，邓禹猝不及防，大败后退回高陵，粮草用尽，士兵们只能用大枣野菜充饥。刘秀意识到统军作战非邓禹所长，下诏班师，邓禹不想无功而返，又在关中强撑了一年左右，仍然毫无建树。
刘秀不得不考虑临阵换将，该用谁呢？起初派邓禹西征，就是要平分秋色，防止河北集团过度膨胀，现在急需能独当一面的人物接替邓禹，却不可能在河北人中挑选。这时颍川集团的作用就体现出来了，他们虽然处于边缘地位，但不失为一个重要的砝码。
刘秀用冯异接替邓禹，引军西进。冯异进抵重镇华阴，与赤眉军遭遇，鏖战两月有余，迫降五千余人。刘秀命冯异为征西大将军，邓禹率部东撤，与冯异会师。邓禹不听冯异劝谏，执意与赤眉军决战，接连惨败，带着二十四名随从突围，向东逃去，一直逃到宜阳，把这烂摊子甩给冯异。事已至此，无话可说，邓禹交还大司徒和梁侯的印绶，刘秀命他以梁侯的身份就第。
邓禹颇具政治头脑，但并非将才，刘秀出于某些政治目的，赶鸭子上架，最终却得不偿失。可谓成也政治，败也政治。看来在知人善任这点上，刘秀比汉高祖刘邦来说要差很多。（本章完，。）