孙承宗的遗诏写道：“内阁辅臣，亟为简任，卿贰大僚，尽行推补。两次考选并散馆科道，俱令授职。建言废弃及矿税诖误诸臣，酌量起用。一切榷税并新增织造、烧造等项，悉皆停止。各衙门见监人犯，俱送法司查审，应释放者释放。东师缺饷，宜多发内帑以助军需。阵亡将士，速加恤录。丧礼遵旧制，以日易月，二十七日释服，毋禁民间音乐嫁娶。亲王藩屏为重，勿得擅离本国。各处总督镇巡三司官，地方攸系，不许擅去职守。闻丧之日，止于本处哭临三日，进香差官代行。卫所府州县并官逆光进香，诏告天下，咸使闻知。“
皇太子朱常洛即皇帝位，改年号泰昌，泰昌帝即位大赫天下，减免全国受灾区税赋、发内帑给边关将士，更有朝臣禀报黄河水清，这是公认难得一见的吉祥之兆，当时全国臣民们都沉浸在一片兴奋、期待大明中兴的心情中。
胡子睿知道万历执政长达四十八年，创下了所有明朝皇帝中执政时间最长的纪录。然而，泰昌皇帝却在执政不到一个月后就去世了，父亲是执政时间最长的皇帝，儿子却是执政时间最短的皇帝，历史有时侯比小说更夸张
天启皇帝继位后，孙承宗被推举出来当经筵讲官，孙承宗当了多年的家庭讲师，摸索出一套讲课的办法，天启皇帝讲课时的时侯“声情并茂”、“绘色绘影”，很受天启皇帝的喜爱，天启皇帝每次听完孙承宗的课，也非常高兴；袁可立、徐光启等人也给天启皇帝讲过课，但这么多老师当中，天启皇帝最喜欢点孙承宗这个“大胡子老师”的课，孙承宗因此被升为少詹事。
天启元年，沈阳、辽阳失陷于建虏之手，袁应泰也自杀而亡，当时京城人心浮动，朝臣们都认为孙承宗懂军事，应该让他出马；御史方震孺更上书天启皇帝，请求罢免当时任兵部尚书的崔景荣，用孙承宗来代替他；天启皇帝喜欢听孙承宗讲经筵课，不舍得放他，方震孺几次上书请求，天启皇帝不得已之下，让孙承宗担任兵部左待郎。
天启二年，广宁也失陷，天启皇帝这次再也坐不往了，他决定让张鹤鸣退休，启用孙承宗来应对建虏，于是天启皇帝拜孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士，又过了数日，天启皇帝更任命孙承宗为内阁成员。孙承宗上疏曰：“迩年兵多不练，饷多不核。以将用兵，而以文官招练；以将临阵，而以文官指发；以武略备边，而日增置文官于幕；以边任经、抚，而日问战守于朝；此极弊也。今天下当重将权，择一沉雄有气略者，授之节钺，得自辟置偏裨以下，勿使文吏用小见沾沾陵其上。边疆小胜小败，皆不足问，要使守关无阑入，而徐为恢复计。”
孙承宗新官上任要烧三把火，他以兵部尚书兼内阁成员的高姿态，指责辽东经略熊廷弼、辽东巡按方震孺等人没有起到自己的职责；不得不说，孙承宗说的话在天启皇帝心目中还有蛮有分量的，本来熊廷弼在之前，曾经几度提醒过天启皇帝及内阁，可是大家都不听他的，现在孙承宗一发话，熊廷弼果然下狱了，方震孺也被罢官。
当时朝堂中同情熊廷弼的朝臣不少，甚至还有人提出应该重新启用熊廷弼，孙承宗刚刚上任，正是“踌躇满志”的时侯，面临着这些质疑的声间，孙承宗需要拿出政绩来证明自己不光是个教书学生，自己也是懂军事的行家；说来也巧，王在晋这个时侯提出来修八里铺长城，孙承宗本来就看王在晋这个新任辽东经略不太顺眼，于是孙承宗主动提出来要去山海关来个实地考察。
天启皇帝听到这个消息大喜，给自己的这位“大胡子老师”加太子太保，赐蟒玉、银币。孙承宗这次来到山海关，王在晋主动地向他谈起自己的八里铺筑城计划，两个人之间发生了一场很有意思的对话。
孙承宗后来专门跟天启皇帝上的奏折里谈到了这次对象：“臣时执偏见，谓经臣王在晋议诚然，独是八里为两城，而旧城之坑、壕、空营当在三里之外，而新城之守卒法当四万则四万之退步跟将及之，而一不戒，将城下之备尽为我设，北山南水既无旁出，而贼方拥此四万于旧城之下，开关延之不可，闭关谢之不可将城上之备，又为我设，而城中惊溃无问也。
经臣曰：于山建山寨三，以为退守计，而三道关俱可入孙子兵法云：置之死地而生经臣言边兵善走也，即杀不能止，况大势散，谁复为杀者故为两城以固其心，而实置之死以励其必死之气，臣遂无以应“
孙承宗一向是个在京城的清贵翰林官，而王在晋则从地方上一层层升起来，两人对于实务的熟悉程度自然不可能一样，所以孙承宗在这封奏折里坦承自己在与王在晋的交谈中处于下锋臣时执偏见；同时他也坦承自己对辽东军的了解，根本没有王在晋那么深刻，辽兵在阵前善于逃走、即使执法官在阵前杀戮也来不及阻止这些情况，孙承宗都是没有想到的，所以孙承宗坦陈自己臣遂无以应。
孙承宗虽然在跟王在晋的交锋中先折了一阵，然而，孙承宗毕竟是简在帝心的帝师、内阁成员，小小的挫折让孙承宗越挫越勇，很快他就想到了怎样扳回劣势；王在晋在孙承宗没来之前，安置难民、清点兵员、盔甲、器械，忙得团团转；现在孙承宗来了，王在晋也乐得轻松，可是没过几天，他的下属来找他反映，说孙承宗每天关在自己的府衙里，不知道忙什么。
王在晋一听就明白，原来之前他曾经跟孙承宗在兵部短暂供过事，后来自己也说道：“孙公一日入阁，一日于兵部大房决事，左右侍郎力趣之，终日不出堂。凡发一疏更削数次写本，人役甚苦之，部务如丛，日至壅积；予初总理三部及署部，晨入暮归无晷刻之暇，今得越旦进部，旷日悠闲，心热于边声之至急矣。”