中平二年公元一八五年，春季正月，全汉发生瘟疫。自从张角作乱开始，各地百姓纷纷起事叛乱，特别是黄河以北山区一带，张燕率领黑山军，数量高达百万，那一带郡县都受到张燕的威胁，朝廷没有能力派兵围剿，只得按照张燕的要求而和谈解决，任命张燕为平难中郎将。让他管理黄河以北山区的行政和治安事务。
这时边章在凉州地区又发生叛乱，官府为了筹集征伐的军费而时常增加赋税。秋季七月，三辅地区螟虫成灾。西部的羌族叛军已攻打到河东郡，威胁到京都洛阳的安全，形势十分严重，而前往平叛的车骑将军张温孤立无援，战场情况十分紧张。谏议大夫刘陶上奏陈述目前亟得处理的八件事情，这八件要事的主旨是指出天下之所以大乱，都是由宦官引起。宦官们一并向灵帝诬陷刘陶，灵帝竟然下令抓捕刘陶下狱，接受审讯，刘陶悲愤绝望，闭气自杀身亡。灵帝在西园修建万金堂，将大司农所管国库中的金银铜钱和绸缎等都搬到万金堂中，堆得满满当当。灵帝还将钱存放在小黄门、中常侍的家中，每家各存数千万，并在他当皇帝之前的封地河间购买田地，建筑住宅。
中平三年公元一八六年，春季二月，江夏军吏赵慈聚众叛乱，乘船北上，袭杀南阳太守秦颉，黄忠率兵反击赵慈，将其打散，逐出南阳，打回江夏。夏季六月，荆州刺史王敏下令讨伐赵慈，黄忠受任军司马，奉命率部南征，带领一千军士，分乘十条战船，从宛城淯水向南进发，直抵江夏郡治西陵，会同王敏发动进攻，夺下西陵，擒斩赵慈，平息了长达半年的叛乱。
冬季十月，武陵蛮族发生叛乱，由武陵郡的官兵将他们镇压下去。十二月，鲜卑进犯幽州并州。
中平四年公元一八七年冬季十月，区星在长沙起兵造反，自称将军，拥众一万余人，攻城围邑，气焰涨天。同时周朝在零陵拥众起事，郭石在桂阳集兵作乱，与长沙区星遥相呼应，联结为援。荆州刺史王叡抽调各郡的兵力前往征讨，朝廷诏令孙坚为长沙太守，率部配合讨伐区星。黄忠奉命率部南下，先到长沙会见王叡，受命截击长沙南路，防止零陵的援兵。
双方激战了一个月，区星贼众全线溃败。他只带几名亲兵，乘着夜色骑马从长沙怆惶向南逃跑，一路飞奔，准备与周朝、郭石会合。黎明时分，他发现前面军营耸立，战旗飘扬，赶紧换上平民服装，企图蒙混过关。黄忠亲带一班军士在路口盘查，看见有人路过，随即摆手示意，区星只得下马，接受盘问。黄忠发现他的神情不定，眼神惊慌，断定他的身份有诈，当即厉声问道：“你们从哪里来？要往哪里去？”区星故作镇定地回答：“我们都是客商，来自豫章，要到苍梧做生意，路过贵地，请行个方便。”黄忠目光锐利，语气郑重地说道：“长沙一带地方，匪兵四处横行，杀人越货，现在官兵正在讨伐，商旅早已断绝，你们岂能顺利来到这里？”区星忙说：“我们来时并不知道这里发生战乱，看见有军营兵马，就绕到这里来了。”黄忠断然喝道：“你想去零陵是吧？”区星失口答道：“正是。”黄忠冷笑一声：“零陵遍地都是周朝的匪兵。”区星信口答道：“我去那里不会发生危险。”说完，自觉失言，神色惊慌地说：“既然前有匪兵，那我们回去吧，看来这次生意做不成了。”说着拨马就走。黄忠快步拦在马前说：“你们形迹实在可疑，我奉命在此严查亡匪，不能轻易放行，麻烦你们到营里核实一下确切身份。”区星拍马逃跑，亲兵同时分散飞奔，黄忠快步上前，一把将区星扯下马来，军士将他捆绑擒获。另几个亲兵也被其他军士分别押来。经过审问，认定他正是叛首区星。黄忠将他押送到王叡的军营。
长沙叛乱平定以后，黄忠奔赴零陵，在攻打周朝叛军的战场上，黄忠带领铁骑冲入敌阵，杀得贼兵四散逃奔，周朝骑马逃出阵外，在喊杀声中，吓得晕头转向，慌不择路向山野农田逃窜。黄忠得知他就是匪首周朝，单骑出阵追击。这时天色已经昏暗，两马相距一里路程，黄忠赶到三岔路口，前面的身影消失了，他发现小路上有一溜马蹄印，断定周朝从小路逃跑了，于是他就借着月色星光顺路追寻。
黄忠来到偏僻的地带，前面出现一个小村，马蹄印看不见了，他想到周朝人困马乏，天气寒冷，必定在村里留宿竭息，于是下马叩门。一个老汉开门一看，面前站着一个穿甲佩剑的将官，大吃一惊。黄忠忙说：“我是官府的甲士，奉命来攻打反贼，正在追捕周朝，他骑马逃在这里，特向老伯打听情况。”老汉听后非常高兴地说：“官军来到这里平叛，是百姓的福份啊”随即向他提供线索，说周朝躲进里长家中。黄忠在老汉的指点下，悄悄来到里长门前，一步跨进正堂。周朝还没有睡着，看见黄忠找上门来，急忙按剑而起。黄忠手起一剑，将周朝宝剑迸飞墙下，当场将他生擒捆绑，将那匹马赠给老农，押着周朝返回大营。贼首被擒以后，零陵叛乱迅速平定。
黄忠跟随王叡东向桂阳，攻克郡治耒阳，击斩郭石，收降叛众。于是长沙、零陵，桂阳三郡全部平定。
冬季十二月，匈奴屠各部落造反作乱。这一年灵帝开始出卖关内侯爵位，价格为五百万钱。