周琅的改革一直都没有停止过，哪怕战争期间，各种改革措施，只要准备好了，就会施行，他是开国之君，大刀阔斧的改革，阻力最小，这些改革如果是积弊很深的时候，谁都动不了了。
比如明朝的崇祯很难改革，可满清入关就很容易改革。
最早的改革，诸如税制等等，早在周琅一统天下之前就开始了。甚至包括打造官办工业体系等等，都可以算入改革的内容中。
这最初的改革，其实更像是创设，因为周琅是在传统领域空白或者薄弱的地方下手，而且是先在皇帝的权力范围内动手，改革的阻力很小，反对派也没有理由反对，就好像沙皇改革农奴制，解放了国家农奴和宫廷农奴这些他直接控制的农奴，问题不大，可要碰地主们手里的农奴，那就会引起强烈的反对，说白了，不管是理念之争，还是意气之争，最后都会落到利益之争这个实地中来。
建立各种官办作坊，按照满清的制度，那归内务府管，北京的各大皇家作坊就是这样，地方上的江宁织造等等，地方官也管不上，那么周琅以内务府的名义，建立这些作坊，王辅茞完全没有理由干涉。
后来税制改革，也是在商税领域进行，恰好过去的商税，也大多都被乾隆拿在手里，比如最重要的海关。官府虽然也管商税，可税率很低，大多数商税其实多事地方官的小金库，各路关卡则是军方的利益。
在这种情况下，周琅大刀阔斧的废除了守军吃拿卡要的渠道，裁撤了大批关卡，或者取消这些关卡拦截商队的权力，没有拦截的权力，也就没有了收取好处的机会。
另外很多商税收取十分混乱，户部可以收一部分，工部也可以收一部分，漕运衙门，水道衙门都可以收一部分，这些全部取消或者归并到内务府中。
税制改革就这样完成了，主要是新制度的创设，对旧制度的冲击很小。加上当时还有一个一统天下的共同目标，文官集团并没有开始反对。
接下来周琅开始从冷衙门工部开始改革，选择的切入点也是正确的，这是一个最不强势的传统部门，影响力最小。于是周琅请来了法国人，建立了科学院，开办了第一所大学，培养了各种人才。
法国人是1803年来到中国的，到1805年的时候，周琅就开始着手进行工部改革，此时的阻力开始出现。
只是一个冷衙门，竟然引起了巨大的官场动荡。
周琅是以工业部、水利部的架构来规划工部的，先是把漕运、水道这些管理中国水利设施的衙门归并如工部，原因是这些衙门的收税权力被取消了，基本上成为技术性衙门，交给工部统一管理，有助于更高效的利用稀缺的工程人操。
漕运、水道衙门并入了工部的都水清吏司，改都水清吏司中的制造诏册、官书等权力，改称都水司。负责全国的水利设施施工、维护等职能。还负责港口码头的设计和监造等职责。
虞衡清吏司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱。周琅废除其中的掌制造、收发各种官用器物、铸钱等权力，但依然保留其规范度量衡的职能，甚至不止是公平买卖的衡器（秤等），而是按照法国科学院的模式，建立一整套更为精确的度量衡标准。引入“米、立方米、克”等基础单位，对传统单位进行规范。
这种规范是有重要的现代意义的，因为古代的标准实在是太混乱了。政府管理不严，民间出于各种目的，制作各种不一样的衡器，商人使用的秤就有大秤，小秤之分，去收购农民的农产品，普通二十二两的货物，用这种秤只能称十六两，也就是一斤。各地官府自己制作的标准衡器的差别都很大，周琅测量过各种二两一个的标准衡器，有的是重30克，有的重55克，三两的有的重00克，有的重00克，有的重83克，有的重94克。总之误差很大，不知道是技术原因还是别的什么原因。总之重量标准的制定本身就没有标准。
西方的单位制，就相对规范了，法国人做的又是最好的，1790年5月由法国科学家组成的特别委员会，建议以通过巴黎的地球子午线全长的四千万分之一作为长度单位1米。比如重量，规定1立方分米的纯水在4℃时的质量为1000克。这些在数学意义上，都比中国传统的衡器制作要精确很多。
现在官府规定一两等于3克，将误差缩小到了克。规定1尺等于三分之一米；1丈等于3米。除了规范传统的尺寸等度量衡，还引入了一些没有的单位，比如温度等。
这些工作都归虞衡司管理。但虞衡司的只能不止这么一点，而是大大加大了。他还负责为各行各业编制标准规范，用机器织布使用什么流程最便捷，手工织布应该怎么操作；制定质量品级体系，一尺布中有几个丝头是下品，有几个丝头是中品，上品是否能做到没有丝头等等制定各种标准的工作都归他管。
营缮清吏司，改称营缮司，全国的公共工程的施工都归他管，包括宫殿、港口、运河等等，但他只负责组织施工建设，运营、维护和监造都不归他管。
屯田清吏司，掌陵寝修缮及核销费用，支领物料及部分税收。改称屯田司，不但负责官府的屯田管理，最重要的工作，则是对全国农业生产技术进行研究。对全国土地资源进行普查，什么样的气候，土壤，适合什么样的农作物。不能让以前的地方官凭借自己的经验推广了，以前的地方官往往觉得自己家乡的物产更好，于是在任职的地方进行推广，确实推广了一些农业种植技术，可是大多数恐怕都失败了，这种成本是很高的。现在由屯田司进行更科学的研究，给予地方政府指导和参考，效率会更高。
屯田司还掌管农业种植技术，将各地的农业技术进行对比，推广更有效率的技术。甚至对西方的技术进行适应性试验，比如休耕是不是中国。另外屯田司因为要普查田亩，就将矿产普查的职责也交给了他，方便利用紧缺的勘测技术人才。
由于周琅提拔了一大批跟着法国科学家学习过的学生，甚至聘请法国人做技术顾问，引起传统文官们的反对，暗中声称皇帝崇尚夷学，不重夏学等等。
但此时还只能抱怨，因为工部动大家的利益并不大。王辅茞刚刚建立的工部几乎就是一个悬空的机构，什么事情都没有。没有职务也就没有权力。
工部基本架构搭起来之后，周琅的下一个目标是礼部。
之所以是礼部，是因为周琅感觉这个部门最需要改革。
传统礼部管理的职责分几大块，负责祭祀等宗教活动的礼仪，负责迎接外宾，负责科举考试。这个部门其实最像是用儒家思想打造的部门，因为儒家两个核心，一个是礼仪，一个就是教育。
礼仪方面，周琅可以默许保持传统，他可以配合做做样子。但一些他实在无法忍受的，他还是要废除，比如通过礼部推广新的礼仪标准，不敢说废除跪礼，但严格限制跪礼适用的范围；官员受封赏，可以跪谢皇帝，其余时候见皇帝鞠躬拜见即可；婚丧嫁娶，祭祀可以跪，下级见上级，百姓见官就不用跪；离别父母，辞行可以跪，平常请安就不用跪。
还有缠脚，也通过礼部来反对。当然礼部只是通过礼的方式来反对，告诉大家缠脚让女子身体损伤，父亲让女儿缠脚，是不义；兄长让姊妹缠脚，是不恭；儿子让母亲继续裹脚则是不孝等等。这种不义、不恭、不孝之事，不和礼法，所以在礼的方面要废除。翻遍古书，也没见孔子鼓励女子缠脚的字眼，所以断定这些不是华夏古俗，一定是沾染了胡风，所以要废弃掉。
缠脚当然是周琅反对最强烈的一件事，还通过其他部门强力废除，首先官员家庭的女子都不能缠脚，有缠脚的家庭不允许考科举，如果隐匿考中的，后面还要核查，查出之后会重罚。这是通过吏部进行的。还有刑部也管，缠脚是伤害罪，一旦发现会把父亲抓来打板子。
周琅反缠脚比反跪礼、反纳妾更用心，纳妾现在也只是收税了事，收一笔纳妾税。规礼只是通过礼仪规范，违反的也不会惩罚，对官员只是训斥而已；对百姓根本就管不上了。可缠脚几乎成为一项国政，结果骂的人很多，还有人将其跟满清剃发易服的政策做对比。
说回礼部问题。
礼部的细枝末节，还有诸如按照传统礼制制作大印，设有铸印局，这些周琅都可以保留原貌。
可是外交跟科举，周琅必须进行改革。
而这两项遭遇的反对甚至闹到王辅茞带着六部所有文官伏阙（跪在皇宫门前）抗议的地步，并且表示皇帝如果不肯纳谏，他们就要集体挂印。