己巳之变爆发时，东江军部分军队由孔有德、耿仲明率领勤王，但因为袁崇焕下狱，这些人就调到了登州，其中就有孔有德、耿仲明、李九成、毛承禄等。
孔有德是铁岭矿工出身，“长于弓马，不识字”。天启元年（1621年），后金占领辽沈后，孔有德同其兄孔有性投奔明将毛文龙，参与了镇江大捷，后转进高丽皮岛。他与同乡耿仲明过从甚密，人们多以“孔耿”连称。崇祯二年毛文龙死于袁崇焕之手，孔有德，耿仲明等人认为毛文龙无罪受诛，十分寒心，不服陈继盛管辖，投奔孙元化，随他去了山东登州，耿仲明都与孔有德在一起做事，孙元化以孔有德，耿仲明为中军参将。然而，毛文龙被杀一事，在两人心中埋下了深深的种子，为叛乱埋下了伏笔。
崇祯三年四月，孙元化就任登莱巡抚，他在任上积极采用西法练兵，首先组建了以葡萄牙炮手为基础的登州火器部队。拥有佛郎机炮20余门，西洋铳320门，火枪1000支，登州还成为全国装备最精良的地方和火器铸造演练的中心，他还组建了15支精锐的火器营，每营车辆则以120辆双轮车、120辆炮车、60辆双轮车构成、其中火器则有西洋大炮16门、中炮80门、鹰铳100支、鸟铳1200支。人员则由2000士兵、2000卫队构成的多兵种联合。
在孔有德和耿仲明等东江军投奔孙元化后，孙元化认为他们家人为后金所杀，必然痛恨后金，加上他们又长期在东江军作战，军事素养过硬，便以孔、耿等人分为左营参将和中军参将，还招抚了8000人左右的辽人，训练他们使用火炮。
崇祯四年（1631年）八月，皇太极率清兵攻大凌河城（今辽宁锦县），祖大寿受困城内。孙元化急令孔有德以本部由海路抄袭建州叛军后路——耀州（今营口附近）。但遇到风浪，未能成功。孙元化大怒，复令孔有德等人率兵2000，配备300余门大炮
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，由陆路赶赴前线增援。孔有德惧怕后金，不愿前往，行动迟缓，逗留两月才离开山东境内。
十一月二十七日，孔部行至吴桥，发生变故，知县毕自寅亲往军中查问，只见孔部士兵将孔有德捆绑，索要粮饷，毕知县好言劝慰，但叛军全然不听，他们强行让毕知县给与饭食，之后下乡掠夺，毕知县见状急忙命县中丁壮，保甲等上城防御，以防不测，至傍晚时分，孔部才拔营离去。
由此可以看出一个问题，其实现在的孔部已经非常危险，稍有挑动，必然引发严重后果。可是，就是有人不信邪，也不在乎一群泥腿子，最终，堪称史上最不可思议的一场叛乱发生了。
行军中，孔部有一士兵强取身为山东望族，东林党干将（《东林点将录》内称“浪里白条”）的王象春之家仆一鸡，该家仆大怒，哦，我自己都还舍不得吃呢，你就给我偷走了？我好歹也是王家人吧？
于是王家家仆直接找上军营，孔有德不敢得罪王家，于是被迫按照王家提出的处理办法，将肇事的士兵穿箭游营，这是一种仅次于斩首的军法。士兵们见此，士兵们不干了，觉得受到了侮辱，老子们好不容易从辽东那个烂泥坑来到山东保护你们，结果你们山东人平时不感恩就算了，现在吃你一只鸡你们还叽叽歪歪的，想搞事情是吧？于是士兵鼓噪起来，将该家仆一刀宰了了事。
事情最怕的就是这样，双方互不相让，牵连的人越来越多。王象春之子听说此事后，坚决不肯罢休，要求孔有德查明真相，严惩肇事者。
恰恰就在此时，李九成回来了。李九成一个月前被孙元化派去西北买马，可是李九成把买马的钱都输光了，李九成正在想办法应付交差，当他看到辽东兵群情激奋时，便怂恿孔有德发动兵变。
为了一只老母鸡，引发了一场兵变，山东当地很快卷入战争之中。
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当时孔有德的辽东兵携带着最新的大炮，孔有德军叛变之后，朝廷当即敕令山东、登莱两巡抚迅速解决此事，刚刚用粮饷再次解决了皮岛兵变的孙元化似乎并没有慌乱，按照他的经验，只要粮饷发足，并不追究责任，兵变就很快能够解决。
他让孔有德率部回登州，一切都好商量。而且孙元化与山东巡抚余大成联合发布命令，从吴桥至登州一路州县，不得出兵阻击孔有德。孔有德似乎也听从了孙元化的命令，虽然一路还是抢掠不断，但还是向着登州方向归来。沿途州县也不敢拦截，让出通道让孔有德部通过，其中虽然孔有德部一度进入了当地驻军的伏击圈，但由于没有攻击命令，使其逃脱，错失了歼灭叛军的良机。
当孔有德走到登州城下时，突然亮出了诈降的真面目，开始攻打登州城。但即使如此，孙元化还没有放弃招抚叛军的念头，这也束缚住了他自己的手脚，不敢放手与叛军坚决一战，在孔有德部被击退一次后，孙元化就下令停战，叛军抓住这个机会反扑，击败了城外精兵。同时也俘获了很多登州城中的辽东兵，登州城内的辽东兵开始出现了倒戈。
此时辽东兵军官中耿仲明的弟弟参加了第二次皮岛兵变，被关押在登州城中。孙元化让他戴罪立功劝降孔有德。但此时登州被俘的辽东兵已经投降孔有德，潜回城去策反耿仲明。春节之夜，辽东兵军官耿仲明和陈广福从内策打开城门，叛军从登州东门一拥而入。登州沦陷，总兵张可大自杀殉国，孙元化选择了自刎却并没有死，他被救了过来。
孔有德先是要求孙元化做带头大哥，领着他们造反，建立自己的政权。被孙元化严词拒绝后，念及孙元化以前的收留提携之恩，将孙元化释放。登州城中堆积如山的物资，全成为了叛军的囊中之物。登州陷落后，孔有德等人建立了一个军政府，他们首推最年长的李九成为都元帅，坐头把交椅，孔有德居第二、耿仲明居第三。
（本章完）
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