南城战斗持续了近一个时辰，缺口处已经堆满了两军的尸体。
战斗进行到最激烈时，明军一度冲下缺口，但最终还是被持续不断赶来增援的清兵，挡在了新筑的矮墙内。
时间一长，明军的冲击便显得有些乏力起来，又被清军赶回了缺口之外。
洪承畴见此刚松了口气，一员清将连滚带爬的登上城楼，声嘶力竭地喊道：“总督！大事不好！马进宝反水助明！袭击了水门，五忠军进城了！”
洪承畴听了这话，脑子里轰的一声，惊得三魂丢了两魂。
中计了！中计了！好你个王士衡！好你个马进宝！洪承畴心中瞬间明白，他说怎么南城明军的进攻越打越颓，越攻越软，原来根本就是佯攻，吸引他的注意，好声东击西突破西城。
洪承畴恨不得捶胸顿足，一口气没顺，险些昏死过去。
身旁将领手快，一把将他晃动的身子给托住，他才没有晕倒。
“总督！这可如何是好！这可如何是好啊！”一众清将七嘴八舌地问道。
主力都被调到了南城，水门被破，他们不用想，西城肯定是完了。
洪承畴听见将领们像无头苍蝇一样问他，可他又能怎么办，他一时间脸色铁青，一语不发，半响后才突然奋力挣开扶着他的清将，大声喊道：“你们愣着干什么，还不赶快带兵，夺回水门，把明军赶出去！”
众将听了面面相觑，自我安慰的想着，水门毕竟是水门，士卒出入不便，或许明军还没有进来多少人。
“末将这就去！”
郎廷佐急忙抱拳，正慌忙点兵，又一员盔斜甲歪的红甲牛录，比方才那将好要仓皇几倍的跑过来，忽的跪倒，哭声道：“总督大人，三山门丢了，金固山殉大清社稷啦～呜呜～”
金砺死呢？洪承畴眼前一黑，朗廷佐连忙又把他护住。
三山门丢了，西城指挥金砺死了，那南京城就破了。
现在守南城还有意义吗？众将不知所措，洪承畴稍微振作，见这群人没一个有见地的，要被这群饭桶气死，他只得大喊一声：“还处在这干什么？等王彦进城将我们尽数诛杀么！还不往满城撤！”
众人一下反应过来，对了，还有满城，顿时一哄而散！
随着明军进城的消息传遍全城，整个南京顿时乱成一锅粥，守卫各个城门的清兵，纷纷舍弃城门，有的成为乱兵，有的则往满城退去。
从天空俯瞰，明军就像洪水一样源源不断的涌入西城，而清军则向将要被淹没的蚂蚁，纷纷爬向满城这块高地，以求活路。
城中士绅百姓不明内情，只听得杀声震天，雄浑的声浪，一浪一浪的在天空中回响，都欢喜不已！好了！好了！看这动静，是王师进城了，该把藏着的衣冠拿出来，该把丑陋的鼠尾小辫剪了！
西城一失，整个南京城的防守，便彻底崩溃，清兵败军开始往满城退却，南城外的金声桓紧随着入城。
攻打东城各门的郑成功察觉到变化，也由佯攻变为进攻，很快便突破东城各门。
明军各部开始追杀清兵，清兵纷纷逃入城墙下的街巷中，躲避追杀，大股清兵被打散后，成为了城中乱兵。
秦淮河，从南京城内穿过，将南城切割开来，但有上淳桥、下淳桥、武定桥等近十座桥梁横跨河岸。
刘体纯领五千人马，乘着筏子进入水门后，便按军令，迅速沿着水道穿插，将沿途桥梁纷纷占据，阻挡清军败军离开南城。
上淳桥，五个百户队的明军，抢先穿插到这里。
各百户的铳手、弓手，便迅速躲在巷道街道的房屋间和屋顶上，严阵以待，刀盾兵和长枪手，则在街上列阵成墙。
明军刚刚准备就绪，一阵杂乱的脚步声便传了过来，紧接着无数慌乱的红顶斗笠，便出现在上淳桥对面。
这些清兵仓皇奔跑，红顶斗笠起伏一片，几名跑的快的清兵刚一过桥，房顶上顿时铳响一片，箭矢也迎面射来。
前面的清兵顿时被射翻，后面的清兵见此，急忙又退了回去。
“不好！明军守住了桥头。”
清兵惊呼连连，可都不敢冲击，几名八旗想要驱赶绿营兵过桥，为他们开路，但这个时候，哪个绿营兵还理你是不是八旗。
大家伙都逃命，你腿粗，你自己上啊！
直到南城来的清兵越聚越多，比绿营团结的八旗兵，逐渐汇集了上百人，一员牛录才领着八旗试探着过桥，但没有绿营配合，很快丢下几具尸体又退了回来。
城池一破，无论绿营八旗，都已经丧胆，士气一泄千里，只想保命，已经没有继续作战的勇气。
这时溃兵后面又一阵骚乱，却是攻打南城的明军掩杀而至，清军便纷纷往桥头拥挤。
“走去下淳桥！”
前有阻击，后有追兵，不知谁一声大喊，拥堵的清兵顿时往下游奔逃。
南城的清兵，想要撤往满城，但很快发现桥梁大多被明军占据。
此时，进入城中的明军越来越多，忠武镇进三万人，蜂拥而入，披着素衣的队列沿着宽阔的三山街冲入南京。
大部分明军，奉命奔往上淳桥、下淳桥等处，与金声桓部合围南城清军，少部分以百户为单位，扫荡各街市中的清兵溃兵。
南京对于明朝，不仅在政治上具有重大意义，对于恢复江南的经济，也拥有重大的意义。
清军溃散下城后，无数散兵，纷纷躲入路旁的巷道，明军沿着街道扫荡，没个坊间门口，或是街道交叉处，都放一个小旗的兵力把守，严防清兵祸害百姓，并压缩清兵活动范围，控制街区。
胡恒元领这一个千户的人马，入城后负责沿着评事街扫荡，攻占藩库和知府衙门。
他大声招呼着属下迅速奔跑，几方人马虽然都是姓汉，但有些关键之处，还是要掌握在五忠军手中。
大队的士卒沿街奔跑，密集的脚步声和铁甲甲片的叮当声响成一片。
他们接近知府衙门，城中其它街市、房间铳声连续不断，白色的硝烟在空中飘散，想必是其他明军同清兵正进行激烈的巷战。
胡恒元正要提醒属下注意，前方忽然几声铳响，呼痛声传来，前排几名明军被猝不及防间，被几名藏在街边的清兵放翻。
不用胡恒元下令，一队火铳手，立刻上前，单膝跪地，抬枪击发，顿时硝烟弥漫。
铳声刚停，一个使近战兵器的战锋小队，乘着烟雾为散，极速冲到几名清军铳手面前，片刻间便尽数砍杀。
队伍一路推行，来到知府衙门，在这里又遇见一小队八旗，他们靠着衙门，躲着石狮子后，用弓箭、火铳射击明军。
明军躲在街道两侧还击，但不敢硬冲，都到了这个时候，便没必要蛮打，丢了性命。
胡恒元当即命一名百户，领着人马从纵横交错的巷子间，绕到八旗兵背后。
百户领命，忙领着十多号人，冲入巷子，转了个弯，然后几人配合，一个个的翻入院墙，可一落地，便见院子里，横七竖八的躺着几具尸体，有老有少，有男有女。
而正在这时，院子正堂忽然急匆匆的走出几人，他们身上衣物都十分散乱，有的还不合身，每个人都背了个包袱，手里的刀还在滴血。
这群人只有五人，显然是清军乱兵，他们趁乱杀人抢劫，完事还想换上百姓衣服，蒙混过关。
清兵看见忽然出现在院子里的一堆明军，顿时呆住了，双方都没有反应过来，一起对望着愣神片刻，明军百户首先缓过神，顿时大骂一声，“直娘贼！”手中战刀直接投出，将一名清兵腹部射穿。
“杀！”数十名明军反应过来，一拥而上，剩下四名清兵瞬间就被砍杀。
等结果了院子里的清兵，百户吐了口唾沫，对着尸体骂了几句，然后一招手，“走，不要逗留，包抄清狗要紧！”
明军辰时三刻开始攻城，巳时二刻，公破水门，三刻打开三山门，迎接主力入城。
此后城中陷入激烈的巷战，城中四处铳声不绝，硝烟在城池上空弥漫，直到未时三刻，南京城内逐渐安静下来，已经只剩下零星的铳炮声响，入城的明军，基本控制住了城池，只剩满城未下。
入城的刘顺、高一功等人，遂即安排人手，稍作清扫，以迎王彦入城。
城外，王彦正听取各部人马传回来的战报，金声桓、刘体纯都没追上洪承畴，这厮终究在刘体纯赶到武定桥前，先一步过了桥，遁入了满城之中，不过清军主力确系被困在了南城，光俘虏就抓了两万多人。
王彦听完回禀，城中便有将领出来，满面喜色向王彦报道：“启禀殿下！我军已经控制南京，请殿下入城安民！”
王彦听了摇摇头，挥手说道：“你去通知唐王，本藩稍后来请大行皇帝灵柩，大行皇帝，理当率先入城！”
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