1598年——1604年万历连发“三大征”获胜，以此为功。因万历怠政，朝廷运作几近瘫痪。立长子朱常洛为太子。
明朝刚结束朝鲜战争，播州（贵州遵义）又爆发战乱。
1598年，播州的苗人叛乱。朝廷派去三千官军平乱，被苗人全歼。万历大怒，命令贵州周边各镇的军队合力围剿播州。八路明军二十万人集结播州，终于把叛乱给平定了。战后朝廷取消了当地苗人自治，把播州自治区归到周边州县管理。
万历连续发动“三大征”：宁夏之役、朝鲜之役以及播州之役，都取得胜利。万历以此为傲。
但是“三大征”使财政不堪重负。“三大征”花了1200万两白银，相当于三年的财政收入。加上万历及宫中的各种花销、赏赐、修宫殿，财政出现严重的赤字。为了搂钱，万历派出矿监税使，向百姓加税，甚至不惜卖官鬻爵。百姓负担越来越重，苦不堪言。
大臣吕坤上书进谏万历励精图治。他说：“自万历十年（万历亲政）以来，无岁不灾，催科如故”。百姓“冻骨无兼衣，饥肠不再食”；“流移日众，弃地猥多；留者输去者之粮，生者承死者之役。”财政支出浩大，赋税劳役繁重，长此以往，百姓将“悉成寇仇”。他的上书被称为《忧危疏》。
《忧危疏》送进宫里如泥牛入海没有任何反响。估计万历连看都没看就扔垃圾桶了。
但是《忧危疏》被吏部官员戴士衡看到。戴士衡上书万历弹劾吕坤，声称吕坤讨好后宫居心叵测。他的理由是，当前要务是立太子，不是财政问题。吕坤拿财政说事是想转移大家的视线。
吕坤写过一本书《闺范图说》，记叙历史上贞妇烈女的事迹。郑贵妃看过很喜欢，增补了一些贤妇事迹，让伯父郑承恩拿去大量印发。作者名字还是写的吕坤。
新版的《闺范图说》里面增加了明德皇后的事迹。明德皇后是东汉时期汉明帝的皇后。她起先是贵人，后来逆袭为皇后。
戴士衡攻击吕坤以明德皇后的事迹讨好郑贵妃。
群臣纷纷跟进弹劾吕坤，同时要求万历赶紧把立储的事办了。
吕坤上书申辩，说新版的《闺范图说》不是我写的。这个很容易查明白。
万历知道新版的《闺范图说》是郑贵妃所为，对群臣的弹劾不予理睬。
不久，京城开始传播一个小字报，题目是《忧危竑议》，内容是通过讲解历史上废长立幼的案例抨击吕坤的《忧危疏》和《闺范图说》。明里攻击吕坤，暗中攻击郑贵妃。
郑贵妃去找万历讨公道。
万历让锦衣卫秘密调查小字报的作者。
锦衣卫怀疑是戴士衡干的，就把戴士衡抓来审，严刑拷打之后，以“结党造书，妄指宫禁，干扰大典，惑世诬人”的罪名结案。
万历不想把事情搞大，把戴士衡贬官外放就算了。
但是没想到，几年后京城又传出一份小字报《续忧危竑议》，把郑贵妃企图争位的事挑明了说。
万历气蒙了，要求东厂、锦衣卫限期破案。
锦衣卫到处抓人，抓了审，审了抓，株连了很多人，搞得朝野鸡飞狗跳。内阁大臣也被拉下水。但审来审去也没审出个结果。最后，锦衣卫在限期到来之前抓到一人，将其认定为主犯，把这个案子草草结案。
万历下令将主犯凌迟处死。
这个案子把吕坤折腾得够呛。他原本只是想警醒皇帝大明江山已经到了最危险的时刻，没想到卷入一场文字狱里面。而这个文字狱不是皇帝掀起的，而是同僚掀起的。文字狱让他饱受攻击心力交瘁。他实在待不下去了，借口生病辞职回家。他在家乡办了一个书院，传授阳明心学，后来成了一个哲学家。
这个案子被称为“妖书案”，在当时影响颇大，但究根诘底不过是一件很无聊的事。但是越是无聊越能反映出当时官场的无聊。大家热衷党争，不干正事，内耗非常严重。百姓生计、经济、边防被认为是无聊的小事。无聊的立长立幼问题被看做大是大非压倒一切的原则性问题。为了所谓的“国本”，这帮家伙喋喋不休地争论了十几年。
万历把全部精力放在敛财上面。他把太监派往全国各地担任税使、矿监。这些税使、矿监在地方横行霸道，无恶不作，滥施淫威，科敛无度，丝毫不顾百姓死活。民变因此多发。
不断有人上书万历要求召回祸乱天下的税使、矿监。万历不理。
1601年，皇长子朱常洛大婚。这事又挑起群臣要求册立太子的请愿高潮。太后也急了，催促万历赶紧立太子。你这都快当爷爷了，太子还没立呢，等什么呢？
万历本想等病怏怏的皇后死了立郑贵妃为皇后，让三儿子顺理成章成为嫡子，进而立为太子。但皇后一直半死不活地挺到现在，似乎还能继续挺下去。万历实在没辙了，同意立朱常洛为太子。
长达16年的“国本之争”最终以万历的妥协而告终。群臣皆大欢喜。
郑贵妃得知万历准备立朱常洛为太子，拿出一个宝盒，里面装着万历当年写的那份保证书。她打开盒子一看，保证书早已被虫子咬烂，放声大哭。万历很迷信，认为这是天意，拿定主意立朱常洛为太子。
万历既然已经准备立朱常洛为太子，开始修补父子关系。他决定把朱常洛的大婚办得风风光光。他让人去户部支银子采办珠宝。户部说宫里这两年买珠宝支走了两百多万两白银，我现在这库里只剩下一千多两。万历让户部自己去想办法，反正得把钱给我送过来。户部能想什么办法？只能加税呗。羊毛出在羊身上。最终倒霉的都是老百姓。
朱常洛大婚，花了二百万两白银。
朱常洛那边打发了，他也不能亏待郑贵妃的儿子。他封郑贵妃的儿子朱常洵为福王，赐庄田4万顷，并且在洛阳那边花了几十万两白银给他盖王府。这些赏赐超过祖制的十倍。
群臣又开始抗议了。一个大府（相当于市）才有三四万顷土地，一个小府才一两万顷。你给福王四万顷，如果这成为亲王分封的标准，用不了多长时间就把地分光了。到那时，百姓没地可种不说，国家也没赋税可收。
闹得万历没了脾气，将所赐庄田减去一半。
立完太子，群臣了却一桩心事，开始干点正事。他们把矛头集中到矿监税使身上，不断上书批评万历贪财扰民。万历理也不理。
1602年，万历突然得了重病。他以为自己不行了，把内阁叫来托付后事。人之将死，其言也善。他让内阁首辅沈一贯拟旨撤回矿监税使。但是第二天，万历缓过来了，马上叫人撤回圣旨。
群臣对万历言而无信非常不满，却也无可奈何。
当年，广东、广西、云南、景德镇先后爆发反对税监横征暴敛的民变。
那一年还有一件事值得一提，思想家李贽被迫害致死。李贽之死可以说是另一种性质的“妖书案”。
李贽曾做过姚安（在云南楚雄）知府，后来辞官不做回家办学，传播自由主义思想。
他对孔孟的儒学有褒有贬，对朱熹理学持基本反对态度，以“童心”反驳理学的“天理”。他所说的“童心”是指人的真心、本性，也就是人在最初未受社会污染、世俗干扰时一颗毫无造作、绝对真诚的本心。回归童心就能找到人的最原始、最纯粹的思想根源。
他认为从童心出发，世上根本没有什么高低贵贱之分。帝王百姓、圣人凡人、男人女人、农民商人、佛道儒等各种学说都是平等的。
他反对男尊女卑，主张恋爱自由、婚姻自由、改嫁自由。他认为人的私欲是天性使然，“存天理灭人欲”根本就是“被服儒雅，行若狗彘”的伪道学。他提倡思想解放，独立思考，不“以孔子之是非为是非”。
李贽的思想跟当时的主流思想朱熹理学格格不入。儒生士大夫对李贽恨之入骨，视李贽的学说为妖言，视李贽的著作为妖书。
礼部官员张问达上书万历，指控李贽“敢倡乱道，惑世诬民”。
万历怠政，很少批奏折。但张问达的奏折，万历不但看了还很快批复，下令逮捕李贽，焚毁李贽的所有著作。天才一秒钟就记住：(
李贽被捕后不愿受辱，在狱中自杀身亡。
明末皇帝多怠政。怠政不仅带来朝政混乱也带来思想混乱。皇权对思想领域的控制力降低。儒学、理学在思想领域一统天下的地位也发生动摇。各种思潮开始兴起，出现百花齐放的势头。在李贽之后，王夫之、顾炎武、黄宗羲等思想家陆续登场。