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经过数年的调理，秀赖的视力逐渐恢复，心态发生了积极变化，和歌山的政务也开始接手处理。对此，不仅片桐且元等近臣，秀保也颇感欣慰。想起石田三成临终前的嘱托，秀保终于向朝廷奏请为秀赖晋升。
永宁五年五月，丰臣秀赖晋升为正二位左大臣，这是他时隔九年再次晋升，心中不免百感交集，好在有千姬陪伴开解，才认定这是秀保释放的善意，并于当日向秀保拜谢。同时也暗示自己心中已无继任关白的打算，秀保顾左右而言他，两人的交谈也就点到为止。
同时，丰臣秀满晋位从二位内大臣、长子丰臣秀贤为正三位大纳言、三子丰臣秀清为正四位中纳言、四子丰臣秀兴、五子丰臣秀虎为从四位参议，六子丰臣秀晴为正五位中务大辅。
此外，秀赖之子丰臣秀忠晋从五位侍从，尾张名古屋藩藩主丰臣秀房晋从五位少纳言。至此，大和、纪伊、尾张三丰臣皆有所得，丰臣氏已成为“公武一体”的重要纽带和最大获利者。
为表对朝廷的尊敬，幕府拨款在京都西郊、大坂、伏见为天皇修建离宫，并为公卿修建别院，增加对朝廷的贡奉，加之菊亭晴季从中联络，幕府与朝廷的关系甚为和睦。
次年年初，六十六岁的藤堂高虎生了一场大病，自感时日无多的他，将家督之位传给藤堂高次。后虽康复，但体力精力已大不如前，便决定前往伏见屋敷修养，山口藩四十万石交由独子高次打理。
在伏见的日子里，高虎常与秀保秉烛夜谈，感慨幕府如今之气势之盛，但又忧心今后是否会重蹈镰仓、室町幕府覆辙。
“开幕乃是武家之巅峰，但对于主公来说，并不适合。您正值壮年，不应安于现状，应当多为后代打算。”藤堂高虎继续说道：“幕府建立二十年，如今经过两次大变故，目前御领石高占全国近四成，加上谱代占五成，若是加上与力大名，则达到八成以上，这般比例，历代幕府都不如，况且有《一城一国令》和《推恩令》加持，今后的比例只会越来也高。是时候想想如何更进一步了。”
“正如我意，‘公武一体’必须进一步推进，好在太阁在世时就与朝廷打好关系，才有了现在的局面，我们确实不该止步于此。”秀保回应道。
“营缮司修建新御所的时候已经有所考虑了，只不过静待时机。”藤堂高虎说道。
说罢，两人相视一笑。
所谓时机很快就来了，四月初五，京都周边发生地震，京都御所因此受损，多名女官及大臣罹难，后花山天皇独子也因惊吓过度不幸夭折，秀保遣人将皇族接往京西御所暂住，并主动负责御所重建，天皇深感其忠。
未曾想两天后的深夜，一声巨响响彻天际，地动屋晃，众人皆以为是余震，天皇也连忙跑到殿外。
远远望见御花园方向闪烁一阵金光，正好奇时，便有侍女火急火燎地前来禀报：“陛下，神迹！神迹！”
“休得无礼！”中宫京极常子下意识地挡在后花山身前，厉声斥责道。
“罢了罢了，”后花山天皇毫不在意：“别慌，细细说来。”
“刚才大震时，奴婢跑出房间，见御花园有金光闪烁便跑去查看，只见草坪上陡然出现一块两人高的大青石，通体闪烁金光，更神奇的是花园水池中冒出汩汩泉水，顺着石径源源不断流入大青石下！”侍女边说边比划着，眉宇间流露的慌张和恐惧让人难以怀疑这件事的真实性。
众人闻之甚感神奇，便随侍女前往查看，现场果如方才所述一般，后花山天皇也感到不可思议，便请阴阳寮之首、阴阳头土御门久修前来卜算。
久修观测天象良久，随后便闭目低声自言自语，期间眉头紧皱，不时还轻轻摇头叹息。
“如何？”后花山天皇略有些焦急地问道。
久修睁开双眼，叹了口气道：“臣日前便觉察天象异常，今又现神迹，更加坐实心中猜想。”
“朕月前便心跳得厉害，不久便遭逢大震，皇子夭折，如今又天降异象，突生神迹，想必不是巧合。”后花山天皇对久修的话表示认同。
“青石、源泉乃是坐实之前观天象所得，想必…正是清和源氏先祖作祟。”久修颇为严肃地说道。
“清和源氏？”后花山天皇一头雾水。
“源氏始于清和天皇‘臣籍降下’，本意如何，想必陛下清楚。可如今经过近千载，已经枝繁叶茂，武家又以源氏为尊，三代幕府先后做大，朝廷威信日渐衰微。臣土御门一族久观天象，不敢欺瞒陛下，自郡山开幕以来，紫微帝星闪烁异常，光芒日趋暗淡，似有不利，今朝又有神迹和谶语相互印证，实在不得不信。”
说罢，久修提醒道：“这御花园水池之水就如同皇室、如同陛下，如今泉水源源不断本为幸事，显示皇室之福延绵不断，可泉水全部流向大青石，则意味着皇室之福正在被其他力量吸收，地震、御所大火、皇子夭折这都是应验……如今幕府势力日渐强大，相国今日之威势近千年无出其右，殿下觉得两者没有关系么？”
“你说这大青石代表清和源氏？”后花山天皇惊惶不已，“幕府如今却是如日中天，但对朝廷还算忠诚……怎会出现这种情况……”
“这就是症结所在了，皇室强则源氏乱，源氏强则皇室弱，近千年来都是遵循这个循环，可现在不同了，短期内臣看不到源氏衰弱的可能，这就意味着……”
“意味着皇室要遭逢大难？！”后花山天皇大惊道：“可有破解之法？”
“有是有，不过陛下不一定准允。”久修回答道。
“说说看，能做到的朕绝不推脱。”后花山天皇回答坚决。
“陛下可知‘皇籍复归’？”说到这，久修眼神似乎变得复杂起来。