针对西班牙人的战事很快便在南亚地区爆发，这次却并非由海汉牵头发起，而是葡萄牙和荷兰两国。他们的目的很明确，便是要趁着西班牙国力下降的时候，对其海外殖民地实施全方位的打击，亚洲自然也是这个战场的一部分。
尽管此时西班牙在亚洲地区的贸易份额已经大为萎缩，与大明日本等地的贸易几乎陷于停滞状态，但葡萄牙和荷兰可不想错过这个痛打落水狗的机会，他们想要的不仅是断绝西班牙在东方的商路，更是要将其彻底逐出亚洲地区。这样他们便能实现对东西方贸易渠道的垄断经营，从而获得更丰厚的利益。
此时的西班牙在海汉连年打击之下已经彻底放弃了菲律宾群岛，将地盘收缩至更南边的苏拉威西岛马鲁古群岛新几内亚岛一线，以确保在这些地区经营的殖民地还能继续产出各种香料。丁香肉豆蔻胡椒等香料贩运到欧洲的利润依然相当可观，因此尽管承受着巨大的外部压力，西班牙人却依然不肯放弃在东方的经营。
葡荷两国为了确保万无一失，自然也是向海汉发出了邀请，希望海汉也能以盟友身份一起出兵，打击西班牙在南亚地区的殖民地。
但海汉对清剿这些地区的西班牙殖民地已经没有太大的兴趣，这一是因为路途遥远，即便是从离其最近的军事基地马尼拉湾出兵，前往目标地区也有超过三千里的航程，如果作战期较长，那么后勤补给就会成为很大的问题。而西班牙在当地的殖民地比较分散，想要速战速决显然不太现实。
二来海汉在这个时期陆续吞并了原属大明的大片土地，这些地区要全面纳入到海汉治下，还需要很多时间来进行消化。为了保证这些地区能够实现平稳过渡，海汉将大量武装部队都部署到了这些新占领的地区，甚至为此还抽调了一部分原驻地在海外的部队回到大陆上驻扎。
相较于遥远的的南亚，那自然还是东亚大陆对海外更为重要。这样一来，海汉就已经没法抽调出多少兵马去南亚参加葡荷两国主导的军事行动了。所以对于葡荷两国主导的这次军事行动，海汉只是由马尼拉地区象征性地派出了两艘战船，一艘运兵船和四艘综合补给船组成的小型舰队，前往该地区配合葡荷两国的行动。
在东亚大陆进入1648年冬季的时候，多国联军开始向南亚的西班牙殖民地发动了攻势。由于西班牙殖民地所在的地区属于热带，因此倒也没有冬季的概念，每年只分雨旱两季，而十一月至次年年中便是旱季，葡荷两国选定这个时候动手，也是考虑到旱季更便于实施大规模的军事行动。
战斗首先在苏拉威西岛北端的美娜多港打响。这里只是一个人口不到两千的小型殖民港，生活在此的西班牙人其实还不到总人口的一半，另一半常驻人口是由来自欧洲大陆的探险者流放罪犯待业水手和本地土人共同组成。
港口小镇沿着在此入海的一条河流两岸修筑而成，由于缺乏天然港湾，这里的码头只能建在河岸边，因此往来此地的贸易商船其实并不多。过去这里只是一个在地图上都找不到的小地方，直到近些年西班牙在东南亚的地盘萎缩至南亚一隅，美娜多港才开始变得热闹起来。
不过由于这里的开发规模有限，又没有便于防御的天险地形，西班牙人并未在这里部署成建制的武装部队，只有维持地方秩序的少量武装人员而已。先期抵达这里的葡萄牙船队几乎没有遭遇像样的抵抗，便顺利完成了登陆。
参与行动的海汉舰队在三天后才抵达美娜多港，不过这个时候葡萄牙人已经攻占了这个地区，该杀该抢的都已完事，倒是无需海汉军帮忙了。
而荷兰人此时则是从苏拉威西岛以西的爪哇海方向赶来，不过他们的目标并非已经被葡萄牙人染指的苏拉威西岛，而是从其南端穿过弗洛伦斯海，直扑马鲁古群岛。
马鲁古群岛又被称作香料群岛，荷兰葡萄牙西班牙三国这这一地区的缠斗由来已久，1511年葡萄牙人抵达这里之后，马鲁古群岛便没有再太平过了。不过早前西班牙实力占优，葡荷两国往往是败多胜少，但如今西班牙已经显出颓势，荷兰东印度公司自然是要趁着这个难得的时机痛打落水狗，将西班牙控制下的地盘抢到自己手里。
由于地质结构的原因，马鲁古群岛地震频繁，而且还有活火山分布，其实并非宜居之地。西方殖民国家看重这里，主要还是为了当地出产的香料作物。
西班牙被迫放弃菲律宾群岛之后，便在马鲁古群岛新建扩建了数十处殖民地，虽然规模都不算太大，不过这一地区的面积跟南海相差无几，荷兰人想要一处一处地清剿过去也颇费工夫。
西班牙在这一地区仍然保有几十艘武装帆船，但问题就在于他们的殖民地过于分散，在无法预知对手进攻目标的前提下，就很难将武装力量集中起来保卫某个岛屿或者某处港口。因此前期的数次交战中，西班牙几乎都未能阻止起像样的抵抗，接连吃了多次败仗。
直到1649年春，西班牙舰队在马鲁古群岛以南的班达海撞到了在此游弋的荷兰舰队，双方才当面鼓对面锣地正式交战了一场。
西班牙舰队在船只数目和武器装备方面都明显占优，拥有数艘退役战船，而荷兰这边则是亲一色的武装商船，双方交战之下，西班牙一方很快就占据了上风。在进行了两天的海战后，荷兰人付出了三艘帆船的代价，不得不主动撤离了战场。而西班牙人得胜之后士气大振，又一口气追了好几天，一直追到苏拉威西岛南端，才最终放走了一路败退的荷兰船队。
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