现在摆在祝彪的面前不仅仅是一个宋江如何处理的问题，而是如何处理跟着宋江一起叛乱的梁山头领。
历朝历代，叛乱一旦发生，就必将会有一场血流成河的杀戮。只是看杀人的多少而已。
而历朝历代的农民起义，大多是先有内讧而后失败，祝彪心里清楚，自己现在已经进入到了这个历史周期的边缘，不能妥善处理好参与了此次叛乱的头领们的前途问题，恐怕自己领导的梁山的结果会比招安以后，征讨方腊的结果还要悲惨。
祝彪只关押了宋江、吴用与李逵，其他人等一概不予追究。就是宋江的父亲与兄弟宋清，都没有乱抓乱杀。那祝彪为什么要关押吴用呢？因为在晁盖留下的头领的眼中，吴用是叛徒。如果不处理吴用，就有失去晁盖系头领们的拥护与支持。
关押李逵就不用说活了，祝彪得先煞一煞李逵的杀气，煞杀气最简单的办法就是关，先关他个一年半载再说，不行再关，等关得没脾气了，再看这个李逵还能不能用。
祝彪没有审问宋江，也没有审问吴用，原因很简单，他不想审出一些他不想让别人知道的事。你说要是宋江畏惧自己被杀，一口咬定射杀晁盖的是花荣，吴用也在一旁作证，那如何处理花荣呢？如理了花荣，宋江又胡乱攀咬，那怎么办？所以最好的办法就是不审不问，直接关起来。
聚义厅上，左右的头领分立两侧。祝彪对梁山上所有的头目道：“宋江吴用叛乱，现已全部擒拿，那么从今开始，我们兄弟应该同心协力，继承晁天王遗志，将我梁山的事业越做越大，推翻大宋，建立新朝。至于宋江叛乱之前的事，无论是什么人，以前无论说过什么，无论做过什么，全部一笔勾销！”
说到这里，众头领还不及议论，又听祝彪问道：“如何不看见我花荣哥哥与戴宗哥哥啊？”
站在众人最后面的花荣与戴宗互看了一眼，略微有些紧张的站了出了，声音低低的道：“末将在。”
祝彪一皱眉头：“咱们站在那后面，兄弟我还以为你们没来呢？来来来，往前站。”接着对戴宗道：“戴院长，兄弟有一件事，想请戴院长帮忙。”
戴宗心里没底，不知道祝彪葫芦里卖的什么药，道：“寨主有事只管吩咐。”
祝彪道：“戴院长，我是这样想的啊，日后我们梁山的事业只会越做越大，可是呢，这专递消息的活，只靠着戴院长一个人，兄弟怕戴院长分身无术，忙不过来。所以兄弟想成立一个传递院，戴院长继续做院长，让戴院长在兵士们中间选一批人出来，戴院长教他们神行法，让他们个个都能似戴院长一般日行千里百里，这样既可以让我梁山军马能如臂使指，还能使得戴院长轻轻松松的坐镇指挥。戴院长觉得如何啊？”
戴宗是戴罪之人，就算他心里一百个不愿意，也不敢拒绝，于是赶紧道：“一切遵从寨主将令！在下明日就去选人。”
祝彪微笑着点头，然后又对花荣道：“花荣哥哥，你那百步穿杨的箭法，小弟是佩服得紧啊。所以，我也想让花荣哥哥挑选一批箭法底子好的人，花荣哥哥亲自教授他们箭法。不仅要步行百发百中，更重要的是，在马上就算马匹在行进中，我也要他们百发百中，花荣哥哥，你看成吗？”
花荣没有想到叛乱刚刚平定，祝彪就授予自己兵权。他这是真的信任自己还是在试探自己呢？
“如何啊，花荣哥哥？”
“在下尽力而为。”
祝彪一上手就首先重用戴宗与花荣的目的很简单，就是为了安抚那些参与了叛乱的将领——看见没有，跟着宋江的死硬分子我不仅没杀没关，还杜重用了，你们还操哪门子心啊？
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处理了叛乱的后续事宜以后，祝彪开始琢磨着重新整顿梁山军马的事情。
他也想来一次“三湾整编”，只能让寨主指挥军队，绝对不能让军队指挥寨主。于是祝彪将梁山的两千骑兵，一万步兵，四千水军重新整编。将骑兵整顿为两个军，他不想用那些唬人的称号，什么飞龙、飞虎、飞豹，一概不用。他将骑兵编为骑一军与骑二军。每个军设立军帅一名，副军帅一名，行军司马一名，行军侍中一名。
军帅副军帅不用说，他们是一军之长，操练厮杀，全仪仗着军帅与副军帅；行军司马就好比政委，军帅副军帅只管打仗，而做思想鼓动，鼓舞全军的士气，那就全靠行军司马，而最关键的是军帅副军帅如果想调动军队，必须得到行军司马的首肯，否则兵士们可以拒绝执行调动的军令。而行军司马全部由祝彪亲自任命；至于行军侍中，其实这也就是祝彪随便想出来的，但是这个行军侍中的权利就是勘定功绩。就是说，军帅、副军帅还有行军司马，都可以在祝彪面前推荐谁有功谁有劳，不过在真正在职务的升降上，祝彪只听行军侍中的，以行军侍中的话为准。
军帅、行军司马、行军侍中不存在谁统帅谁，职位不同，却级别一样。最关键的是行军司马与行军侍中可以随时撤换。
这样就形成了在军中三方牵制的结构，谁也不可能私自调动军队，谁也不可能在军中树立私党。这正是祝彪为了防止第二次有人发动叛乱。
一万步兵分成四个军，每个军两千人，另有两千人，五百人交给李应，继续制盐贩盐。须知练兵打仗，那都是要花钱的。还有一千人，祝彪交给了卞祥，成立一支亲兵，专门负责祝彪的安全。说白了，就是祝彪的御林军。还有五百人交给轰天雷凌振，加上缴获的十架床子弩，再让凌振自己再造一些攻城器械，组建梁山的炮兵部队。水军也一分为二，分成两个军。
祝彪这般整编军队，这不得不让公孙胜与朱武佩服。自从唐末以来，历经五代十国，历来是乱世风云起四方，有枪就是草头王。后来宋太祖建国以后，为了防止武人做大，赵匡胤搞了个兵不识将，将不识兵的局面。这样虽然防止了武人谋反，但是同时也削弱了军队的战斗力，所以北宋在屡次对外战斗中是败多胜少。
而今天祝彪这么一整编，即可以防止武人做大，又可以增强军队的战斗力。这是自从唐末以来各个天下豪杰想做而没有做成的事。这能不让公孙胜与朱武佩服吗？