整个大明的制度改革也随着淮南郡的改制成功取得蓝本，在乾贞元年的那届选举中，内阁、国会的调整幅度超出一般人的想象！
首先是吕祖俭、刘二祖、陈亮这些年龄都超过六十岁，纷纷正式宣布致仕、退休。巩丰自觉年龄不小，却又没到退休年龄，干脆半隐退，接任岚山太学的山长。然后吕祖泰正式回归岚山政坛。叶邽、朱熟因为身体健康因素，一起乞了病退。
接着吕祖安宣布要对内阁连续十年的财政赤字负责，请辞内阁首相一职。国会山一通大乱，特么原来六十岁退休是真的啊？内阁任期不得超过两届也是真的？执政问责更是认真的？
那么自己的年龄问题，派系整合问题，还有手脚、衣冠问题也该重新定策、调整了。
最终是吕祖安以左使身份当选国会议长，吕祖泰出任光明右使，兼宗正寺卿。乔行简被提名当选首相，倪千里任左相，王翰任右相，巩嵘接任枢密使。
葛洪则自觉退出相位，改出刑部尚书。其他李诚之、辅广、李大有都退出武职，李诚之任兵部尚书，辅广任工部尚书，李大有任琅琊郡守。
宋濂从麻逸殖民地回归，此次出领吏部尚书。时澜任户部尚书，徐侨任礼部尚书，他的鸿胪寺卿位子交给了号称“劳碌命”的汪大度掌管。老汪的弟弟小汪，也就是汪大章任期未满两届，一如既往负责虞部。
王介继续他主持《岚山邸报》、《半月谈》等文艺事，所谓“无冕之王”，如今更加威德并重。
苏明渊任翰林学士，这件事让人啧啧称奇。苏明渊可是岚山流民营的少年，启蒙很晚。和他一起的那些少年，大多都在军中打熬资历。只有他却数十年如一日的求学，走上文职岗位。
如今若单论学问，或还不如姜无涯那等博学焉坏，但论起治政能力，却被许为乔从简后第二人。
军中则是吕轻侯进镇国将军，朱棣进辅国将军，方远山进奉国将军。吕安年怀化将军，依旧位在“三国将军”下。韩启明、纪晓天、“梁谷六仙”等人也纷纷升迁，担起军中骨干责任。
其他九卿、郡府、都监、县乡的官员也是各有调整，动作极大。
最主要的是，时少章、郑清之、陈韡、耶律辩才、吕少安、吕深年等新生代的青年才俊开始大规模走向郡守、卫刺史、知府、统制使的中高层职务。当然，朝廷的执政思路主要还是着眼稳定，以便于开启全国性的政改措施。所以用于储备的人选更多些，并没有一下子全撒出去的意思。
到了乾贞三年春，经过两年从上到下的梳理、整顿，岚山新的政府也正式启动朝堂制度改革，权力架构采纳“明王、教廷、内阁、枢密院、皇家科学院”五大系统交叉运作。
明王是大明朝国体象征、明教教皇、禁军、厢军、乡兵三军总帅。
明王代表大明王朝，拥有“宣战、接纳领地、殖民、割地、赔款、迁都、修宪”等议案否决权；发布经议会通过的国家律令、诏书，批准议会选举打的内阁人员任命、述职奏折；主持文武大臣授勋、国宴；监誓国会议长、首相、枢密使等人就职宣誓。
明王传位以嫡长子顺序继承，一同被继承的，还有明王府邸以及用于供养明王仪仗的部分股权，大约占明王府总股本的三成。这部分股权永远不会拆分，而且绝对是个大数目。
其他明王子孙所能享受到的王室待遇止于明王离世。然后，除了新明王及其子孙等直系血亲继续继承明王爵位外，自他的兄弟姐妹等原王室成员，可以和他一起得到老明王名下其余七成的财富继承。一般来说，儿子会比女儿继承更多份额的遗产，大约三比一的分配原则。
他们只需到宗正寺领取相关股权、财产、虚爵之后，就开始自立门户。其他一应待遇都与普通勋爵、民众无异。其后的家产分配原则依然是子女三比一的分配原则，如此几代人之后，那就真正是平民化的家族。再也不会出现宗族靡费压垮朝廷财政那种不靠谱的传世思想。
若是明王传位有争议时，国会山拥有明王承嗣的决议权。根据明王即位的续位排定法，甚至后世出一位女王都不算稀奇，自有大理寺、宗正寺去审定继承人资格，交给国会山审议后发布生效。
与很多人担心王室会坐大不同，吕祖安从不认为国会山的那帮子议员，在享受了无与伦比的荣耀、权力、和骂名后，还会心甘情愿的拱手让出这一切！
他们将成为世代防范王室独裁的主力军。明王世家将会尊贵无比，衍圣公都要甘拜下风，但也就这样了。这个国家的真正主人，将会是那些草根出身的议员团队。
三代之后，不乏关于明王继承人资质的阴谋、诉讼频频发生，每届宗正寺卿和大理寺卿几乎都要处理几起关于王室谋逆的案件，然后呢，肇事者远远发配了事。
教廷设教主、左右光明使、锦衣卫，管理管家宗教机构，监督国家运作不脱离明教教义要求。
国会议长定职侍中，国会议员定职散骑常侍。主导国家立法权、国政决策权。
内阁设三相、枢密院、七部、九寺，一学、一院、十七司，七十九监。及六郡、十三卫、三十一府、一百七十六县。户二百八十万，丁口五百六十万，人口已然超过一千三百万。
由首相总领国事，左相掌为国家政务总理事，右相掌天下执法事，枢密使管理国家军事力量，翰林学士掌诏书政令发布。其他吏、礼、兵、户、刑、工、虞七部，并太常、太府、大理、鸿胪、光禄、太仆、司农寺、宗正、卫尉九寺卿都各司其职。
张从正继续任皇家科学院大学士，负责科学院的管理，及一切大明技术研发成果鉴定。此外掌岚山太学、钦天司、将作监、军械监、医药监、国子监、宗教监。
自从皇家科学院的学子们逐渐成长进入大明科技系统后，岚山的科研力量开始自我良性运行起来。比如吕乔年的桥梁建设，姜无涯的化学工业，赵君玉的材料学研究，都相继取得可观的成就。
在五大权力体系的具体运作过程中，就处处体现出“制约”特色。比如，
国会、地方议会、乡贤院皆有权弹劾其辖区内所有官员、胥吏。
教主、光明左右使管辖的教廷，及明王府派驻各地的锦衣卫机构有权弹劾侍中（国会）、侍郎（郡府）、员外郎（县）等三级议长及各级议员们。
大理寺卿有权弹劾光明左右使、教廷、锦衣卫及明王府主官黄门侍郎。
御史丞有权弹劾首相、左右相、枢密使、六部诸尚书、卿、司、监等官员。
凡被相关权力部门弹劾成功的官员，一经弹劾案被通过，被弹劾人自动去职，并当乞退为民。其缺职由各级部门选员递补代理，直至重新选官，选官需先报相关议会通过后宣誓就职。
但勋爵剥夺需经国会审议通过，明王签核才行。但凡爵位在身者，皆不得刑伤下狱。
此外，给事中有权封驳明王诏书、内阁政令。凡同一诏书、政令被三次封驳者，相关诏书、政令交付国会表决，并由国会对过失方启动弹劾程序。
地方治理上，各郡府的地方议院拥有地方民事公约的立法权力，及相关地方民事公约立法的解释权、审判权。
议院拥有对地方行政机构及组成人员的资质审查权、行政监督权、政绩审议权、和对行政机构或行政人员的弹劾权及罢免权对郡守、知府等官员考绩。
乡贤院拥有对本县官吏的资质审查权、行政监督权，对县、乡、保、甲等官员、胥吏考绩，对地方官吏的弹劾权及罢免权。