平定吴、蜀后，为了长治久安之计，担心的不该是民间的暗中捣乱（造反），而是应该担心州郡长官的擅自独断专行。
此时应该招良吏安抚四方，让经历了百多年动荡的民众，得以安心生计，再遣可信任的大臣率精良军队，防守要害之处，便可将潜在的不安定抑制，经久则可消除。
司马炎在平吴后，虽然表面上，为防止为避免东汉末期，诸州割据再度发生，裁撤州郡兵，但是实际上，被取消的州郡兵甚少。
这就导致了凡是州郡皆有兵，铺这么大一个摊子，肯定不能保证所有的兵都是精兵，更不能保证其将领是可信任的，因此，不但不能平息战乱，反倒会招致乱祸。
平吴后，吴民当然会反叛晋朝，其中有孙氏子孙的叛乱，络绎不绝。
江南有童谣曰“局所肉，数横木，中国当败吴当复”，还有曰“宫门柱，且当朽，吴当复，在三十年后”等等，可以看出当时吴地对晋室的抵触。
也许正是因为有了这些前景，以及吴姓毕竟是败者，导致司马氏跑到南方，建立了东晋，带朝廷稳定后，大量引用侨姓世族（原北方世族），压抑吴姓世族。
这使周玘等吴姓世族不满，有意叛变，但事洩未果，周玘忧郁而死。其子周勰继之，意图叛变，其叔周札洩密而未果。
后晋室分化周、沈二氏，使其先后崩溃，并将亲晋的朱、张、顾、陆四氏递升。
然而，由于侨姓世族持续侵犯江南经济并打压南方世族入仕朝廷，使得侨吴世族在政治及经济上的冲突仍在。加上世族对寒族歧视、与朝廷分庭抗礼；中央与方镇对立及野心家的崛起，使得东晋一朝始终动荡不安。
因为北方外患威胁仍在，东晋朝廷赖世族及方镇的支持以稳定局势，这使得不少实力派世族意图叛变，夺取政权。当时晋元帝倚重王氏，任王导丞相、王敦专政军事，时称“王与马，共天下”。
王导、王敦是从哪里冒出来的呢？
王氏有太原王氏和琅琊王氏。
太原王氏在别的朝代如何不知，在两晋南北朝时，并不出彩，狗熊了解到的，只有前面讲桓温时，与谢安等人一起抗衡桓温的王坦之，而琅琊王氏在两晋南北朝时期，就比较光彩照人了。
比如：“东床快婿”的王羲之，他的儿子王献之，前面提过的，与谢安、王坦之一起辅政的王彪之，还有，下面要讲到的王衍、王敦、王澄、王导，都属于琅琊王氏。
王衍，西晋末年三公之一的司徒，“八王之乱”时，便对东海王司马越说“中国已乱，应当依赖地方官员”，后又让族弟王澄任荆州刺史，王敦任青州刺史，并给两人说“荆州有长江、汉江的坚固，青州则有靠海的险峻，你们二人在此镇守，我留在京师，足以称为三窟了”。
在陈敏等人的反叛、起乱中，王敦、王澄两兄弟可谓是大展身手，但两人也真的是不择手段。
《王澄传》云：
“巴、蜀的流人，散居在荆、湘两地，与当地人愤怒相争，杀县令，屯聚乐乡，王澄派成都内史王机前往讨伐，贼投降，王澄假意同意，随之攻袭，将贼人的妻子儿女作为赏赐，并将八千余人，沉入江中，这一举动反倒激怒流人，益、梁的流人有四、五万家，全部起反，推杜弢为主。”
王澄之后因被王敦忌惮，王敦命力士将王澄掐死了。
王敦在这些反叛、起乱中，活动频繁，甚至使计，陷害了华轶、刘琨等这样的忠臣、贤士。
中国历史中，不乏可歌可泣的英雄，也不缺恨不得挫骨扬灰的佞臣，可偏偏佞臣陷害成功，忠贤之士往往是被害的角色……
又激动了，国骂要破口而出了，请容狗熊去墙角扎扎小人，冷静冷静……
王敦得益于这些混乱，为自己攒了不少功绩，有意控制朝廷。
晋元帝司马睿为了抑制王氏权势，以刘隗、刁协、戴渊等人牵制，并防御京师。王敦很是怨恨，于322年发兵，攻陷建康，刁协等人被杀，史称王敦之乱。
后晋明帝司马绍继位，下令讨伐王敦，并谎称王敦已逝，借此消除将士们对王敦的畏惧之心。
王敦得信后大怒，起兵攻健康，却于当年病逝，被晋明帝平乱成功，王敦亦被剖棺戮尸。
历史中对王敦的评价是妄人，残忍暴虐且倨傲狠戾。残忍暴虐则敢行不义，倨傲狠戾则不肯居人下。
吕思勉说王敦并非怀有反叛的意愿，只是因为倨傲狠戾的习性，让他不能被皇帝所容忍，于是君臣之间，渐生嫌隙，即生嫌隙，王敦即不愿委曲求全，又不能急流勇退，于是渐行渐远，便发展成了之后的局面。
或许王敦真的没有反叛的意思吧，但他想废除晋明帝司马绍的做法，已显示出他有操纵朝廷之意，如果废除成功，下一步会不会就是篡位呢？或许会如桓温那样，咄咄逼人。
这个还真不好说，没发生的事，只能瞎想一下。
不过，王敦与之后的桓温比起来，确实要温和很多，没有咄咄逼人之势，亦或是晋明帝霸气，压的他不敢太跳腾。
平定完“王敦之乱”，又发生了西阳王司马羕的弟弟南顿王司马宗之乱，不过这个规模小，影响也小，很快便被平定了。司马羕被免官。
于327年——328年发生了“苏峻之乱”。
当时纪纲很是颓废，苏峻起兵可谓是一呼百应，被免官的司马羕，以及章武王司马休都投奔于他，还有李晃、张建、祖约、郭默等，或直接投奔于苏峻，或借苏峻起兵之势亦趁机起反。
可见朝廷已经衰微到，镇不住这些手握兵权的人了。
还有一些将领，尽管没有反，但也多为自己利益考虑，让他们配合，也是思前想后，犹犹豫豫的。
就像战国时期，动一下还要考虑考虑周边国家会不会来袭击，会不会背后捅刀子，我能获得什么利益等等，已经没有了“朝廷”的概念。
司马氏混到这地步，会不会也生出宗主周室的悲凉？我一堂堂宗主，都快没命了，你们这帮丫的，却只顾着勾心斗角、争权夺利！
吕思勉认为，东晋国势不振，是因为当时风气怠惰、涣散，而造成这种风气的原因，当时的权臣王导是罪魁祸首。
不过，狗熊倒是认为，司马睿也逃不脱干系。
在洛阳时，司马睿与王导便是亲交，来往甚密，南渡还是王导的提议，这样两个人，肯定有相同之处才会密切往来，所以，风气怠惰、涣散，也不能全怪王导一个人。
之后，琅玡大族孙泰组织群众发动起义，但在398年，孙泰被诛，其侄孙恩逃到海上。
孙恩又是谁，史籍中有两种说法，一种说他是孙秀之后，一种说他是孙秀之族。那么孙秀又是哪位呢？他的履历就不说了，忒麻烦，讲个耳熟能详的“绿珠坠楼”。在西晋时，孙秀与石崇抢石崇的宠姬绿珠，绿珠跳楼自杀，“孙秀”就是这个孙秀。
孙恩这家伙往海上这一跑，成为“中原海寇之始”，为后世海盗活动提供了经验，成为海盗的代名词！
孙恩的叔叔孙泰，拜钱塘杜子恭为师，或者是以师礼相待杜子恭。
杜子恭何许人也？是钱塘的一个道士，信奉道教派别之一的“五斗米道”，貌似还是个挺有声望的人，曾为不少名人看过病。