泗水事件得到解决之后，在以马博阳为专案组长的调查下，陶成璋被刺一案也终于查到了蒋志清和王竹青这两个人身上，蒋志清事先得到消息放弃了沪军第五师五团团长职务而躲了起来，随后在陈琪美的安排下秘密离开上海前往日本，但王竹青却没有这么好的运气了，他原本也得到了消息，只不过因为一些事耽误了时间就被专案组抓捕。
王竹青原本是光复会会员，且在陶成璋身边做事，但王竹青这个人本身就是江洋大盗出身，生性贪婪，无赖成习，因此时常受到陶成璋的批评和训斥，从而怀恨在心，恰巧蒋志清受到陈琪美的指使前来刺杀陶成璋，蒋志清寻找刺杀机会很长时间而无果，却在一次无意中得知了王竹青的江洋大盗出身的身份，因此收买王竹青并传言说陶成章伺机严惩王竹卿，王竹卿信以为真，便与蒋志清预谋刺杀陶成璋，就在1月14日凌晨两点时分，两人潜入广慈医院将陶刺杀。
在杀死陶成璋之前，两人撞见了为陶成璋换药的护士，为了不弄出动静因此将护士制住并威胁其不许出身，将其打晕之后再潜入病房向陶成璋开了一枪，子弹正中头部，陶当场死亡，枪声传出之后，医院顿时沸腾，两人仓惶逃离，却忘记了被打晕的护士曾经与他们照过面。
刺杀案发生之后，护士担心凶手会灭口，于是辞掉医院的工作躲了起来。蒋志清和王竹青两人事后也想起来遗忘了护士这个目击者，也曾经派人寻找过，但是没有结果，当马博阳接手案件之后立即展开了调查，查到曾经为陶成璋服务的护士在陶遇刺的第二天就辞职，怀疑护士与陶遇刺有关，于是立即派人调查其踪迹。皇天不负有心人，护士终于被找到。再她的交代下供出了蒋志清和王竹青两人。
蒋志清逃走了，王竹青被抓，他是蒋志清找来的，只供出了蒋志清，蒋志清却已逃走，因此此案最终也没有查到幕后主使。南京临时政府在经过大人物的商议之后，决定隐瞒此案为蒋志清收买王竹青的事实，毕竟蒋志清已经逃到国外，人没抓住。就说明此案最终也没有破案，临时政府丢不起这个人，只能把所有的罪名推到王竹青身上。
当临时政府得知整个案件的情况后，孙文公开向报界宣布，这是一起“挟私复怨”、“擅行仇杀”的血案，他下令：“严速究缉，务令凶徒就获。明正其罪，以泄天下之愤。”
随后，被浙江军政府和上海军政府分别悬赏三千元和一千元的凶手王竹青被抓之后很快便被处死。萧震雷原本想将此案侦破到底，查处幕后主使，但由于蒋志清的逃脱而不得不放弃这个想法，蒋志清已经逃亡日本。临时政府这边马上要面临撤销，根本没有多余的精力在追查此案，即便派人去日本追缉，日本方面也不一定会协助或允许引渡，说不定被派去追凶的人都会有麻烦，此事也就只能不了了之。
3月6日，经过长时间的扯皮。临时参议院那些家伙们终于还是熬不过袁世凯的坚持，终于妥协，允许袁世凯在京城就任临时大总统一职。其实在2月27日时，蔡元培等人就北上京城要迎接袁世凯南下就职，可袁世凯一直以各种理由推脱搪塞，拖到现在临时参议院那帮人也被拖得没有耐性，只能勉强同意袁世凯在京城就职，并且答应将都城定在京城。此事尘埃落定，许多人终于放心下来，
3月10日，袁世凯在京城正式就任中华民国临时大总统一职，南北方面长达几个月的对峙终于结束。
11日，孙伟在正式辞去南京临时政府一职之前颁布了，革命党人多数认为有了临时约法就可以根据此法约束袁世凯，可这将注定以失败而告终。
3月13日，袁世凯以临时大总统的之名任命唐绍仪为国务总理，按照协议，他任命萧震雷为华东总督，总领江苏、浙江、江西和福建四省军政。15日，张广建被袁世凯任命为山东都督前往山东任职，前朝文武各官照旧供职，并令各督抚改称都督。
萧震雷上任华东总督之后，刚开始并未对四省官员人事进行大的调整，他先将重点工作放在遣返各省军队的事宜上，这件事情因为前段时间的泗水事件和接管上海公共租界的事情略有耽搁。
不久，袁世凯决定整编全国军队，为了缩减军费开支，必须要裁撤相当一部分地方军队，按照事先的约定，袁世凯不得不给了萧震雷十二个师的番号和编制，这十二个师的番号为陆军第二十一师至陆军第三十二师。
在孙文正式卸任临时政府大总统、南京临时参议院决定临时政府迁入北京之后并且该院也迁入北京之后，孙文在南京成立留守府，任命黄兴负责，帮助萧震雷处理遣返各省军队事宜。
此时在南京城外的各省军队共有三万人左右，这些人多数都没有枪支，根本没有多少战斗力，萧震雷将这些人当中的精壮士兵筛选出来，共得一万两千人，编成一师，番号为陆军第三十二师，任命张孝准为师长。
将各省军队中的精壮筛选出来之后，其他被遣散的人都陆续领到了遣返路费陆续离开了南京，此事直到四月下旬才完全结束。
萧震雷将华东都督府定在南京，将江苏首府也从苏州迁到了南京，首先便是进行军队你整编，他手下原本就有江苏八个师、上海五个师、浙江五个师又一个旅、江西四个师，一共有二十二个师和一个旅。
在明面上，他必须要将这二十二个师和一个旅裁撤掉一部分，编练成十二个整编师，原来二十二个师又一个旅的人数除了少数几个师之外都不满编，总人数在十八万左右。如果整编成十二个师则要裁撤掉四万多人。
可萧震雷却不裁撤兵员。他将有正式番号的十二个师整编完成之后，又将剩下的四万多人整编成四个预备师，这四个预备师分别为江苏预备师、浙江预备师、江西预备师和福建预备师，分别驻扎在这四个省，作为地方驻军分散在各省的各县市。
整编完成并且拥有正式番号的十二个师将分散部署在四个省内，其中陆军第21师部署在苏北，22师部署在苏南。23师部署在南京，24师部署在上海。25、26师部署在浙江，27、28、29师部署在福建，30、31、32部署在江西。这十二个师加上四个预备师，总人数在十九万两千人。
军队在最快的时间内完成了整编，这些军队原本就有了完成的编制，缩编只需要将人员补充完毕，对军官将领进行重新任命就行，这拥有正式番号的十二师和四个预备师完成整编之后立即进入重新整训状态，毕竟在整编之后兵员战斗素养出现良莠不齐的状况。只有迅速进入整训才能在最短的时间内恢复最强战斗力，在整编完成之后进入整训阶段，萧震雷对华东都督府下辖所有军队进行统一换装，统一制式武器和装备。
华东都督府下辖的军队所有军官一律配备振华1910式手枪为制式手枪，装备到排长一级，这款手枪是根据前世勃朗宁1911手枪改进而成，杀伤力大、小巧、耐用、方便、故障率较小。
这款手枪采用枪管短后座式自动发射方式。铰链式钱罐偏移闭锁，全长216毫米，枪管长127毫米，缠距406毫米，弹容量七发，初速258米每秒。每分钟35发战斗射速，口径11.43毫米，有效射程50米。
排长以下士官和士兵一律装备振华1909式步枪，这款步枪是根据前世毛瑟98K改进而成，比现如今世界上任何国家的步枪都要先进二十年以上，在改进之后，该枪的弹仓弹容量依然为五发。但是如果采用弹夹供弹，容量则增加到十发。
这款步枪为单发步枪，但无需手动拉枪机，重量3.9千克，口径为7.92毫米，长度为1100毫米，枪管长度600毫米，由于无需手动拉枪机，射速可达每分钟60发，有效射程达到八百米距离，弧形表尺，V形缺口式照门，倒V型准心。
士官和士兵除了配备一支振华1909式步枪之外，还装备刺刀、钢盔、五枚手雷、一个战术背包、水壶、铝制饭盒，弹药方面在战时配发一个基数200发步枪弹。每个步兵班还配一名医务兵。
除了这些基本的武器和装备之外，在每个步兵班配备一挺振华1911式轻机枪，这挺轻机枪是根据前世的捷克式轻机枪改进而来，全枪长：1161毫米，全枪重9.60千克。枪管长：672毫米。导气式自动方式，膛线有4条，右旋，缠距240mm。初速为830米/秒，表尺射为1500米，射速为500发/分，气冷式枪管冷却方式，30发弹匣供弹方式，使用枪弹为7.92×57毫米步枪弹，可以与振华1909式步枪弹通用。
在一个步兵排中，除了每个班装备一挺轻机枪之外，每个排还配备一个重机枪班和一个掷弹筒班，装备一挺重机枪和四具掷弹筒，这样的步兵排的火力堪称强大。
萧震雷下辖的军队使用的重机枪是从马克沁重机枪改进而来，采用风冷式散热方式，在作战频繁时也可以采用人工水冷式散热，在原来的马克沁重机枪的基础上加装了全钢防弹挡板保护射手的安全。
在连级作战单位，除以上作战装备之外，还配备一个迫击炮排，共六门迫击炮，另外还有一个医务班，七名医生和护士。
营级作战单位增加辎重连、侦查排、警卫排、由于排级和连级作战单位的火力已经足够强大了，所以营级作战单位就没有必要再添加重武器战斗单位编制。
团级作战单位给团长配备参谋长和政治处长，协助团长管理、训练和指挥军队，直属部队增加警卫连、侦查连、工兵营、辎重营、山炮营、卫生工作站。
团级以上作战单位就是师级作战单位，师一级作战单位除了三个步兵团之外增加了情报科、参谋处、警卫营、骑兵团、榴弹炮团、军需部、作训处、政治保卫部、野战医院等部门。
在萧震雷和蒋百里的计划中，平时师一级作战单位为最高军事编制的基本战术单位，一旦发生战争，为了需要可以成立军一级的战役战术作战单位，由两个师或者三个师组成一个军，如果有必要还可以组成集团军，由两个军或者三个军团编成一个集团军。
四月底到五月初的时候，南京临时政府和临时参议院已经全数北迁往北平，南京留守府的责任也已经尽了，不得不解散。
能够约束萧震雷单位已经不存在，那些立宪人士、旧官僚和一心往上爬的同盟会员们也都基本上去了北平，包括原本在萧震雷军中的柏文蔚、林述庆等人也找门路加入了北平临时政府下面的军队当中，其中柏文蔚被调往安徽、林述庆被调往山东，全都脱离了萧震雷下辖军队的行列。
原来沪军中的第三师和第五师由于都是由帮会人员组成，军纪相对较差，战术素质比经过训练的军队要差很多，在这次整编当中全部被裁撤，光复会的李燮和自己辞职走人了，第五师刘福彪在整编过程中被解除了军职，什么都没有捞着，只能跟着陈琪美混口饭吃，而陈琪美的上海军政府都督的职衔也眼看着不保。第四师李英石加入了铁血救国党，在这次整编过程中，他的第四师被保留下来，他本人的职务也没有丢掉。
经过这次整编，军队中凡是帮会、会党出身的军官和将领全部被剔除出军队当中，有的人得到了其他的地方政府中的职务，有的人什么都没有捞到。