孙逸仙食言，让陈炯明对此也非常反感，他认为“我们之所以一直闹革命、试图武力颠覆北洋政|府，无非是因为北洋军阀忘掉了、蹂躏了皿煮宪政，现在既然已经恢复了，我们自然也就不必造反了。”
因为北洋政|府几乎同时宣布实施孙逸仙坚持恢复的约法，孙逸仙的护法运动应该宣布成功了。可是孙逸仙仍然不顾陈炯明的反对，坚持要通过军事北伐，暴力推翻北洋政|府，他这是哪一出？为反对而反对吗？连直奉一齐吃掉吗？真有些不自量力！
直系6师8旅共有15万人集中在军事强人吴佩孚手里，奉系连人民军带奉军有23个师三十多万人，都是野战部队，凭粤军的几个师？蚂蚁吃象吗？
历史上若不是直奉之间打了场大仗、吴佩孚又被冯玉祥等人抄了后院，北伐军怎么也打不过他；奉系也是因为郭松龄叛变打得内部天翻地覆死了几员大将而元气大伤，否则历史怎么写还真得有看头。张汉卿已经初步扭转了奉系在历史上的错误，陈炯明便不想犯这个错误了。
而且眼见得人民军势大，福建督军李厚基开始亲皖系后来改投直系，目前被皖系残余藏致平击败，传闻闽督李厚基已向新上任的赣浙闽边防使孙传芳求救。孙传芳是张汉卿委任的官，若是入闽，势必要与其产生龌龊。而且现在直奉系入主北京，这北伐，伐得究竟是谁？
陈炯明一直主张先在广东搞好皿煮宪政，仿照美国，建立与美国相仿的联邦制度，逐步走向和平统一，即“联省自治”。但孙逸仙主张“中|央集权”，要用武力北伐，以便自己夺取政权。两人脆弱的表面和气在他的参谋长邓铿被刺杀后变得不堪一击。
他之前已经与孙逸仙有了龌龊了，那是去年4月非常国会选举孙逸仙为非常大总统的时候。这里，他是反对孙就任大总统的，他甚至不参加孙的就职典礼。
他认为依照总统选举法，总统由两院联席选出，出席议员至少须全部的三分之二，即580人才可以，而广东只有二百多人，还不够原众议员的一半，而且实行记名投票，这不是自毁法律吗？和北方毁法又有什么本质不同？一旦广东成立正式政|府，结局只有一个，南北将再次陷入战争之中。
孙逸仙还是做了，因为非常时期议员的人数不够，便称之为非常国会，他这个非正常国会选出来的总统，自然就是非常大总统了…
不过陈炯明毕竟是实力派，“北伐”还是要靠他的，尽管心里怎么想的不知道，孙逸仙还是任命陈为陆军部长兼总务部长，并说服他加入国民党----这个国民党已经是第四次改组过的，不需要盖手印并向孙逸仙本人宣誓效忠了。
这种纷争在陈炯明部将叶举擅自率领驻桂粤军东返广州、向大元帅府索要军饷、寻衅滋事时开始激化。孙逸仙大怒之下，撤销其粤军总司令、广东省长、内务总长职，只保留了陆军总长，不愿北伐的陈炯明辞职回老家惠州。
见北伐军在赣南节节胜利，进迫赣州，大有与人民军相会南昌之势，孙逸仙于是让胡汉民留守韶关，自己于夏天自桂返粤，他要亲自安顿大后方的局势。
粤军是陈炯明的部队，他虽然撒手，孙逸仙的人却接不动。没办法，孙逸仙委任陈炯明的部下叶举为粤桂边督办以示信任。但叶举并不领情，竟然打着迎陈复职的旗号带着六十多营粤军来到省城。
不过这时候粤军内部已经分化，一派要求陈炯明马上回省，恢复所有职务，镇摄大局；一派则不满陈炯明对孙逸仙过度软弱，希望由叶举领导，与孙彻底决裂。如果陈炯明不同意，就派他出洋或继续在惠州休养。
叶举宣布广州戒严，大街通衢，遍布岗哨，意图恐吓----毕竟以孙逸仙的威望，叶举也不敢乱动，能把他逼走就是胜利。此时孙逸仙与夫人宋庆龄驻广州总统府观音山的粤秀楼，叶举在广州城中驻兵数万，他就一个警卫团，可见他应该知道叶举的意图，否则就不至于如此托大。
他在总统府设宴接待粤军将领，竟没有一个高级军官应邀前来，只来了几个中下级军官，这让孙逸仙大为难堪。
他警告粤军几个下级官员说：“告诉你们的长官，不要以为据守白云山，便可胡作非为，我立刻上永丰舰，升火驶入东江射击你们，连你们的根据地也一并铲除！现在东江水涨，永丰炮舰可以直行驶入陈炯明的老巢！”
各界请求陈炯明回省的函电铺天盖地，前往劝驾的使者络绎不绝，都认为只有陈炯明能够收拾得了局面。孙逸仙也一连拍了三封电报，要求陈到广州面商一切，又派人到惠州催驾。
然而陈炯明认为此举有兵谏之嫌，他表示在各省军队撤出广州之前，他都不打算去广州。显然他不想被人误解，他说：“一旦粤军叛孙，则天下之恶皆归焉”，这是他不愿看见的。
隔空喊话估计不带劲，几天后，孙逸仙邀请广州报界出席茶会，他决心通过报纸向陈炯明摊牌----这个时候他还以为局势控制在陈炯明手里，可见他仍然没以为陈炯明会害他。
他宣布：“我下令要粤军全数退出广州城30里之外，他们若不服命令，我就用武力镇压他。人家说我孙文是车大炮，但这回大炮更是厉害，不是用实心弹，而是用开花|弹，或用八英寸大炮的毒气弹，不难于三个小时之内把他的六十余营的陈家军变为泥粉！
但残害六十余营的军人，且惊动全城的居民，不免过于暴烈。但我不如此做去，他们终不罢休。我只望报界诸君，主持正义，十天之内，做足功夫，对于陈家军，加以纠正。陈家军若改变态度，即不啻如天之福，万一无效，就不能不执行我陆海军大元帅的职权，制裁他们了！”
这不是恐吓，因为追随孙逸仙的原中华民国海军司令程璧光在反袁的时候基本上把整支舰队都带到广东，让中|央后来的几任海军总长成了空架子。“海圻”、“海琛”、“肇和”等几艘炮舰都是大舰，特别是“海圻”号，是当年清政|府购买的一艘排水量为4300吨的巡洋舰，装备有各种火炮34门，一次齐射，赶得上一个炮兵团的火力。
于是6月15日深夜，粤军高级将领在郑仙祠召开紧急会议，决定武力驱逐孙逸仙下台。在这危急关头，陈炯明在惠州派秘书陈猛荪持亲笔信劝止叶举。但叶举当着陈猛荪的面把书信掷落地上，让他回报说事情已不容不发…
得到消息的陈炯明怒不可遏地把茶盅也打碎了。
矛盾一触即发。
次日凌晨，叶举开始行动。他们提出的要求，与蔡元培等社会名流所提出的相同，就是请孙逸仙兑现他的诺言，并非想致孙于死地，所以在开炮前让人打电话向他透露了消息，让其赶快逃跑。
后来多位历史学家研究，六一六事件发生之时，陈炯明绝对不是主谋。孙逸仙炮轰广州后，陈炯明禁止部下组织大规模的反击，让孙逸仙安全离粤，实际上救了他。
俗话说一人巴掌拍不响，这起事件不能全怪陈炯明，孙逸仙也有很大责任：他先利用陆荣廷赶走龙济光，然后利用陈炯明、杨希闵和刘震寰三方势力赶走陆荣廷，然后又想利用杨、刘赶走陈。
如果得逞，后继会再用苏联人建党军消灭第三方。整个思路借力打力，能在几乎手无寸兵、寄居人下时还想得出这些厉害招数，表明孙老也不是盖的。
可是惯常黑吃黑的孙逸仙也有灯下黑的时候。因为他在陈炯明的地盘上。
粤军干将叶举、洪兆麟、熊略等集结了五十个营二万五千兵力，于6月16日凌晨突然炮轰总统府。宋庆龄以国家为重，再三央求孙逸仙先走，孙逸仙犹豫不决，林直勉等见事急燃眉，于是当机立断，不容分说，用力挽着孙逸仙强行撤离。
经过多方的曲折，孙逸仙他们终于安全抵达黄埔，登上了永丰舰。
凌晨将近六时，李章达等率领警卫团最后撤出总统府，冲出重围，辗转到达长堤海珠岛，乘电船登上白鹅潭的永丰舰，跟随孙逸仙与叛军决战。历尽艰险，他们为保卫孙逸仙、孙夫人等立下了汗马功劳。
不过蒋介石最终没有像正史上那样成其功劳。因为张汉卿比他更快，熟知史实的他在孙逸仙蒙难的次日即在武汉誓师南下。
华中人民军第8、10师沿粤汉线集结到株洲，向衡阳进发，于6月18日抵达郴州。驻江西的第4、9、11师也停止休整，向抚州集结。
赣南镇守使方本仁是与北伐军暗地里“同气连枝”的，见人民军由原先的“敌军”遥身一变为支援孙逸仙的“友军”，命令本部放开大路，听任人民军过境。
原本正史上的蒋介石在得到孙逸仙“事紧急，盼速来”的电召后倒是星夜自上海驰赴广东，在与孙逸仙共患难56天后终于脱险，并在随后将此战经过写成孙大总统广州蒙难记》。他起了贼鸡心思请孙逸仙作了序，从此在党内名声鹊起，也造就了一代枭雄。
不过战局的发展太快，他根本没有崛起的机会，这是时势造成的。