赵构此时早已满足于偷安一隅，把临安看成了乐国，不再巡幸长江了。秦桧又撺掇洪皓，流放了胡铨，贬去了郑刚中，还想害死赵鼎，令吉阳军随时检察，每月上报赵鼎的死活。赵鼎派人回家，写信书嘱咐道：“秦桧必然想杀死我，我死了，你们还可保无虞，否则恐怕祸及全家了。”他写完信后，又自己书写了墓石铭。
赵鼎回忆了乡里及除拜岁月，写联语十四字，作为铭旌。上联是：“身骑箕尾归天上”，下联是：“气作山河壮本朝”。他又上遗表请求归葬故土，于是绝食而死。赵鼎死后，远近同悲。参政段拂听到讣告之后，叹息了一声。此事被秦桧得知，竟然把段拂降为资政殿大学士，接着又被职。
到了绍兴十八年，赵构诏令秦熺知枢密院事。秦桧问部属胡宁道：“我儿子近任枢密，外面的议论是怎样的？”胡宁答道：“外面的人说公相谦冲，必然不会效法蔡京的所为。”秦桧听了此话，心中虽然很是怀怨，口中却不能不说一个“是”字。他回家和儿子熺商议，只好由秦熺上疏乞求辞职，以掩饰耳目。
秦熺因此被罢为观文殿学士，仅次于右仆射，接着却又被加授少保。秦桧依然心有不甘，想把生平反对他的人物，一网打尽，教他们子子孙孙，永远不能翻身，然后他可以尽情发泄私忿，为所欲为。就使他将南宋半壁篡夺了过来，也是唾手可得的事情。
秦桧计划好之后，便逐步实施。他先是在绍兴八年，撺掇赵构第一次与金议和。群臣中有人反对，秦桧就引来吏部尚书李光，让他当参政，一起署名推动和议。李光刚开始被秦桧欺骗，因而和秦桧一起鼓吹和议，后来他见秦桧撤除守备，废黜诸将，才知道秦桧纯是歹意。于是他入朝的时候，当面与秦桧争执。
秦桧大为恼怒，李光于是离职。秦桧余怒未息，贬谪李光到了藤、琼诸州。绍兴二十年，由两浙转运副使曹泳谎称李光的次子李孟坚，收录了父亲李光所作的私史，其中语涉讥讽，请立即查办。秦桧当即进宫，禀告了赵构，请求严惩李光父子之罪，李光遇赦而不能赦。李孟坚于是被流戍峡州，又有胡寅、程瑀、潘良贵、宗颍、张焘、许忻、贺允中、吴元许八人，都被打成李光一伙，全被黜逐。此时的赵构，被桧欺诈胁迫，毫无主意，完全成了一个木偶，只能唯唯听命。秦桧却大踏步，出了朝堂，乘车而归。
秦桧走到中途，忽然有一个壮士冲了出来，拦住了秦桧的乘车，从腰间拔出利刃，向秦桧刺去。奸贼秦桧把身一闪，这刀锋只刺到了车中的坐板，并没有刺中秦桧的身体。那壮士正要拔刀，旁边走过来秦氏家将，七手八脚，把壮士打倒，上前捉住了壮士。秦桧虽幸免一死，这一惊也是不小，当命左右带着刺客，随车回家。
秦桧惊魂一定，叫左右将壮士牵到阶前，厉声问道：“你是何人？竟敢大胆行
刺！想是有人主唆，快说出来，我便饶你一命！”那壮士面不改色，也大声怒骂道：“像你这般奸贼，欺君误国，哪个不想食你肉？寝你皮？我姓施名全，现在是殿前小校，想为天下除一个奸贼。生前不能诛你，死后必为厉鬼，勾你奸魂，看你逃到哪里去！”
秦桧被他痛骂，气得混身发抖，急命人把施全拿交大理狱中，次日施全被杀死。秦桧经此一吓，于是派家将五十名，各持长矛，作为护卫，居家则在阁外伺候，外出必随行保护。但是自此后，秦桧坐卧不安，时常觉得冤魂缠绕，于是酿成了一种怔忡病症。整日里请医调治，参茸等物，服了无数，才觉有点起色。赵构居然特地赐给他假期，还诏令执政到秦桧府第议事。秦桧病稍好，乘桥入朝，又想大兴冤狱，诛杀好人。
不久，太傅韩世忠病死，秦桧心中更加欢喜。韩世忠自致仕以后，闭门谢客，口不言兵，时常骑驴携酒，带一两名仆人，纵情游览西湖，即使昔日的部下，也很难见他一面。赵构多次召韩世忠及其家人进宫饮宴，“眷礼深笃”，屡赐其名马、宝剑等。绍兴二十一年，韩世忠病重，上表辞官。八月四日，被策拜为太师。同日，韩世忠病故于临安，享年六十三岁。获赠太师、通义郡王。
韩世忠死后，秦桧更加横行无忌。秦桧以诽谤朝政罪，兴起了王庶二子、叶三省、杨炜、袁敏求四大狱案。秦桧奏请赵构从台州谢伋家，收回綦崈礼所受的圣旨，想消灭对自己不利的证据；进士黄友龙指责秦桧，被处以黥刑，发配岭南；内侍裴咏因指斥秦桧，被编管琼州。
绍兴二十四年三月，秦桧的孙子秦埙以锁厅试和省试第一的身份参加殿试，秦桧上奏请求由亲信汤思退、魏师逊担任主考。赵构读到秦埙的文章，发现其行文语气与秦桧毫无二致，就擢升张孝祥为第一，降秦埙为第三。秦埙被任为实录院修撰，宰相子孙同领史职，前所未有。
绍兴二十五年二月，沈长卿和芮烨共赋一首《牡丹诗》，被邻人告发，于是都被贬职。知府吕愿中赋诗向秦桧献媚，立被召用。有人奏请秦桧乘金根车、设益国府官署、加九锡，秦桧泰然受之。
赵令衿看秦桧所作的《家庙记》，顺口说出“君子之泽，五世而斩”，被人告发；御史徐喜揭发赵鼎之子赵汾与赵令衿关系密切，于是他们都被送入大理寺。秦桧深恨赵鼎、张浚和胡寅，此时赵鼎已死，于是让赵汾自诬与张浚、胡寅谋划叛乱，想将他们一网打尽，受牵连者达五十三人。案成后，秦桧因病重不能写字。
赵构去秦桧家探视病情，秦桧无一句话，只流泪而已。赵构命沈虚中草拟秦桧父子的致仕诏书。当夜，秦熺派秦埙同林一飞、郑木冉见台谏官徐喜、张扶，策划自己的拜相事宜。赵构又加封秦桧为建康郡王，进封秦熺为少师。当晚，秦桧就死了。赵构追赠他为申王，谥号“忠献”。
开禧二年，宋宁宗下诏追夺秦桧王爵，改谥谬丑。
岳飞被秦桧夫妇施计害死风波亭，军民对此无不义愤填膺。临安一个饮食摊贩得知消息后，深感不忿，就捏了形如秦桧和王氏的两个面人，绞在一起放入油锅里炸，并称之为“油炸桧”。百姓们为了发泄愤怒，争相购买。随着顾客越来越多，店铺就简化制作工序，直接把两条面缠绕起来油炸，成为了炸油条。
秦桧贪得无厌，喜用贪宫污吏，排挤廉洁之士；群臣为了媚事秦桧，便以刻剥百姓为急务，有因此贪赃枉法而被检举的，秦桧也都尽力保护。在拜相专权的十八年间，秦桧卖官鬻爵、开门纳贿，向各级府衙索要珍宝，每年腊月生日时，各州县送的寿礼达数十万，秦桧家的府库财富，超过了朝廷的“左藏数倍”。当时凡是宫廷所稀缺的物品，秦桧的相府都应有尽有，一人就富可敌国。秦桧为了媚事敌国和一己私欲，大肆收刮民脂民膏，不断增加名目繁多的苛捐杂税，导致人民生活重困、饿殍遍野，朝廷财政陷入全面窘困，“府库无旬刀之储”。
绍兴二十二年，衢州有强盗作乱，秦桧派殿前司将官辛立率一千人去抓捕，没有禀报赵构。晋安郡王得到消息，就进宫禀报。赵构大惊，急忙诏问秦桧。秦桧说道：“小事不值得陛下操劳，没敢惊动圣听，拘捕盗寇后，会即刻上奏。”秦桧出宫后，追查内情，得知是晋安郡王通报消息，就上奏说晋安郡王正在为秀王服丧，不应当领取俸禄。因此晋安郡王的俸禄每月减少了二百缗，赵构只好从国库出钱给他接济。
秦桧对舆论控制更加严密，不断兴起文字狱，因一句话或一句诗词而被治罪的屡见不鲜。太学生张伯麟曾题壁说道：“夫差，你忘记了越王杀你的父亲吗？”于是他被杖脊刺配到吉阳军。有一次，秦桧举行家宴，命戏子演戏，扮小官的戏子头上大环掉在了地上。一戏子问道：“这是什么环？”小官道：“二胜环”，戏子说道：“你坐太师椅，为什么会把‘二胜环’丢在脑后！”暗喻秦桧掌权后，就把迎接二圣南还的事置之度外了。秦桧大怒，将戏子全部打进了大牢。
秦桧再次拜相，妻子王氏应吴皇后之邀，进宫赴宴，席间有一道菜是清蒸鲻鱼。鲻鱼美味可口，盛产于沿海。但是赵构南逃后，边事吃紧，很少能吃到。吴皇后就问王氏有没吃过这种鱼，秦桧家中有各地的贡品，王氏就如实回答说吃过，而且个头比宴席上的还要大，并承诺回去后，给吴皇后送上一些。
王氏回家后，将这件事告诉了秦桧，秦桧大惊失色。相府有皇室贡品，这会引起赵构的怀疑，对自己极为不利。秦桧马上想到了应对之计，就让王氏带了几十条青鱼进宫进奉，以免这潜在的风波。吴皇后看了，果然打消了疑虑，笑着说：“我说秦桧怎么会有鲻鱼，原来是把青鱼和鲻鱼搞混了啊。”