众人不意如此，不由一阵错愕，但听袁崇焕已厉声喝问道：“毛文龙到底该不该杀？”
见袁崇焕威风凛凛地手举尚方宝剑，毛文龙的部将先自怯了，再念及毛文龙的种种不堪，尽皆唯唯诺诺，没人敢出声。
袁崇焕心里有了底儿，愈发威严，再三问过，终有多受毛文龙恩惠者嗫嚅道：“毛文龙虽其罪当诛，但他开创东江，奋力杀敌，还是有些辛苦的……”
“咱不过暂时压制住了毛文龙的部将，只要有人肯出头，场面指不定立时就会陷入混乱，后果不堪设想哪。哼，咱绝不能任由那种情况的发生。”
快如闪电地想着，袁崇焕哪敢让他说下去，打断了他，故作愤慨地道：“毛文龙原不过一布衣，侥幸建功，朝廷许以高官厚禄，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他又怎么敢如此悖乱违逆呢？”
说着，冲向京城的方向跪了下来，磕头道：“皇上哪，臣袁崇焕奉旨诛杀罪将毛文龙以整顿军纪，臣请求只杀其一人，恕其他人无罪，若有跟毛文龙一样忤逆犯上的，臣发誓一并诛杀。”
听了他这一通说辞，众人一齐看着他，哪里还有人敢再说？
见目的已经达到，袁崇焕暗想：“毛文龙死了，岛上的将士可不能就此散了，咋办呢？对了，就这么办。”
拿定了主意，缓缓起了身，道：“皇上虽有抛尸的严旨，但念及文龙生前曾立过战功，矢志抗敌，也算是崇焕志同道合的好友，崇焕决定冒死抗旨，来人哪，把文龙的尸体用棺木装了下葬。”
“看来，他果是在奉旨行事，也怪不得他。公事之余，居然不忘私谊，他也算是有情有义之人了。”众人纷纷暗自想着，对他已经由恐惧转向理解，虽仍没有人应声，却还是默默地依他所言把毛文龙下了葬。
“嗯，这招果然有效。”袁崇焕暗道了一声，命人准备了酒肉等祭品亲往祭奠，流泪道：“你走好，莫怪袁某杀你又祭奠你，袁某杀你，是因为朝廷的律令，祭奠你，是出于同僚、友人的感情。
你知道的，袁某一向公私分明，为了皇上的复辽重托，袁某更是战战兢兢，不敢有丝毫的因私废公……”
他原本不过假意为之，诉说着，不觉联想到了自己，情动衷肠，竟是涕泪俱下。
众人不知其意，深为感动，唯恐他伤及身体，一齐过来扶起了他。
他没想到自己的失态居然收到了自己尽力要获得的效果，心中大喜，佯作用衣袖抹了抹泪，清了清嗓子道：“文龙之过，乃文龙一人之过，不该殃及众人。本督师决定，收回毛文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。
所属士兵二万八千人为四协，分别由毛承祚（毛文龙的儿子）、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。
犒劳军士，传檄安抚各岛人民，全部废除毛文龙的苛政。”
说完，他冷冷地扫了众人一眼，问道：“诸将还有异议否？”连问三遍，见众皆无语，知岛上的大局已定，又道：“好，既然诸将再无异议，即行交割整编，废旧立新，三日内完成。”
应该说，他这安排正是岛上诸将所期盼已久的。待他说完，径直进了总兵府，诸将立即按要求行动起来。三日后，各部均已按要求完成交割整编。他亲自视察过，才放心回宁远。
回到宁远，进了督师府，何可刚见他仍闷闷不乐，不由纳闷道：“事情虽有惊却无险，还算顺利，您怎么还这样？”
袁崇焕指了指京城方向，叹了口气道：“岛上的事儿虽然了了，这里的事儿还未了呢，咱们总得给皇上一个交代吧。”
何可刚“哦”了一声，脸上的兴奋不由冷了下来，不无担心地道：“是啊，总得有个交代，咋交代呢？”
袁崇焕道：“唯有如此了，捷报跟情况报告一并上报，而且绝不能晚于小道儿消息进京。”
“捷报？”何可刚苦思无计，闻言，不解地看着他。
袁崇焕道：“咱俩去双岛之前，我密令祖大寿、赵率教择几处后金据点攻取之，应该快有消息了。”
“原来他早有打算啊。”何可刚暗自感叹着，待要说话，却见中军匆匆进来，道：“启禀督师，大寿、率教两位将军快马来报，幸不辱使命，端了后金六处据点，说若是不够，还可继续，请督师示下。”
袁崇焕喜道：“好，够了，命令二位将军注意观敌，严防后金军反扑。”
中军领命而去。
袁崇焕转向何可刚，却又似是自言自语地道：“上报吧，大不了咱自称谨席橐待罪就是。”
再说崇祯，再次召对过袁崇焕后，竟不似第一次那样信心十足，接连几日都心神不宁。
这日，总算好了些，又去文华殿跟朝臣们议事。这些朝臣们也奇了怪了，遇事总喜欢争吵。争来吵去，啥事也没法定下来。崇祯没法，只好散了朝，一个人坐着生闷气。
也不知过了多久，王承恩进来，轻声道：“启禀皇上，袁督师那边有消息。”说着，把奏疏放到了他面前的御案上，退到了一边。
“袁崇焕那边的消息？”崇祯一愣，自语着，忙拿过来看，居然是袁崇焕连克后金六处据点的捷报，不由大喊了一声：“好，袁崇焕终于开始行动了，复辽有望矣。”
大喊着，人已兴奋起来，忙不迭地往下看，却是袁崇焕诛杀毛文龙的报告：“这个袁崇焕，说什么谨席橐待罪，实在太过大胆，哼，尔竟敢坏了朕在辽东的布局，朕岂能饶得了尔？”
暗想着，待要说话，却忍不住又想：“毛文龙既已死去，再也无法依靠，现在的辽东可是袁崇焕一人独大，且不说朕能不能除了他，单说除了他朕还能依靠谁？罢了，朕还是先拢住他吧。”
拿定了主意，转向王承恩，极不情愿地道：“传旨，太子太保、蓟辽督师袁崇焕，连克后金六处据点，又诛杀罪将毛文龙，安顿东江，其功甚伟，通令嘉奖。
同时，命令法司对毛文龙埋伏在京城的爪牙加以搜捕，以绝后患。
另外，袁崇焕建议东江不再设总帅，由陈继盛代行其事，也一并准了。”
时为崇祯二年（1629年）的五月。