随后，又根据足够的证据，借助民族大义名分，沐剑声下令，对在大战期间，二十余家站在清廷立场的商户进行了处罚，又获取了超过五十万两的金银珠宝，以及良田二十万多亩，从而大大的削弱了当地豪强势力，为此后安顿人心，提供了足够的土地。
此后沐剑声重新整顿兵马，派出水陆两路大军，总共近五万军马，由刘国轩统一指挥，北上追击敌军，自己亲自统帅四万人马，坐镇驻扎赣州，一方面扫清附近各地的残余清兵，为刘国轩安稳后路，另一方面全力展开救灾工作，修复城垣和城内的民居，安置那些因为战火而无家可归的百姓，同时重新分配土地，恢复生产。这样虽然耗费了大量的时间和财物，可是却得到了当地百姓的认同，明军爱民如子的作风迅速传开，使得当地本来有些敌视明军的百姓，迅速转变为铁杆支持者，为大军以后的行动获取了足够的支持。
在此战中发挥了巨大作用的戚振南和李威武二人，则暂时被沐剑声调到吕宋的军事学院进行深造学习，一则便于对俘虏的清兵水师进行整编，也能够让二人学习先进的军事理论，改造个人的一些落后观念，为以后统领兵马打基础。
再说两路仓皇北逃的清兵，其中莽依图所部，总共两万多人，在离开赣州之后，经过了近五天的急行军后，总算抢在明军追击到来之前，撤到了万安县城，与留守此地的少部分清兵汇合。此时他也得到了希尔根的军令，下令他在汇合了遂川方面的军马之后，全军迅速继续北上，撤退到泰和县与主力人马汇合，建立新的防线。
原来连番大战之后，希尔根认识到了明军的强大战力，尤其是火炮太过强悍，无法正面力敌。因此他认为必须集中兵力，然后依托野外的有利地形，才能够有效的阻止对方的脚步，这样的话，与其分散防守各处，还不如集中力量，防守险峻要冲之地，而清兵下一个防守的要点，就是赣中的吉安府，而前沿阵地就是泰和县城南面的连绵群山。
明白了希尔根的意图，莽依图虽然有些疑虑和异议，可是军令如山，他也必须执行。于是在两天之后，等遂川方向的六千兵马押送着一些钱粮物资到达之后，莽依图集中这些人马再次北上，于两天之后抵达泰和县，汇合了留守在此的桑格尚之孝等人，然后就地展开，选择险要之地修筑防御工事，准备应对明军的进攻。至于希尔根本人，则自缚前往南昌府，向简亲王喇布请罪的同时，同时也好就后续如何应对明军北进一事，商量下一步的行动计划。
这样在放弃了万安和遂川之后，清兵于泰和附近，再度集结起了五万多军马，又在搜刮了两县的部分精壮后，组建了近两万多劳力，来作为辅兵使用，从而使得防线迅速稳固下来。一个月后，等到希尔根再度率领万余兵马来援之后，驻扎在泰和附近的清兵防守人数，又攀升到近八万人，并且依托基本成型的防御工事，挡住了明军的路线，成为了一个十分难啃的硬骨头。
而此时的刘国轩，则率领近五万人马，分水陆两路追击敌军，他并没有乘胜冒进，一路也是小心翼翼的，采用了十分稳妥的战术，水陆协同，齐头并进，以免被敌军偷袭。
此外赣江在赣州至万安段，也并非是一马平川，其中有大小二十余处险滩，而其中最富盛名的，就是惶恐滩。‘辛苦遭逢起一经，干戈寥落四周星。山河破碎风飘絮，身世沉浮雨打萍。惶恐滩头说惶恐，零丁洋里叹零丁！人生自古谁无死，留取丹心照汗青！’这首传唱千古的诗歌，乃是前朝南宋时的英雄人物文天祥临终时所留下的，也让世人牢记住了这处险滩之名。
不过与诗人当时的心情所不同的是，如今到达这里的明军统兵大将刘国轩，此时则是意气风发，豪气万丈，眼看麾下数万虎贲浩浩荡荡，沿山路缓缓前进，更有百余船只顺流而下，帆影密集，只见大江两岸，到处是明军的金龙战旗，枪刺如林，火炮繁多，有如此大军在手，征讨四方，足慰平生所愿耳！
虽然明军连战连胜，而且士气正旺，不过途中刘国轩依旧比较谨慎，他自然不想因为随便的冒进，而遭遇埋伏吃到败仗，因此一路上小心翼翼，各路侦骑四下派出，打探各处消息，而各路密探也不断的四下出击，获取各方情报，为大军的行动作出有力的臂助。
这样经过了四天时间，明军进抵到了万安城外，随即经过打探，很快就得知了清兵已经弃城离开的消息。这样明军就兵不血刃的占领了该地，随后又在三天之后，西进占领了遂川城，在确认了清兵已经北逃的消息，留下了近万兵马守卫两处县城后，刘国轩率领剩余的近四万人马继续北上，在泰和城南二十余里的梅岗附近，与清兵留守的部队遭遇。随后经过试探性进攻之后，由于清兵已经建立起了防御工事，突击无果之后，刘国轩在附近择险要之地扎下大营，修建工事，与清兵展开对峙。又经过了几天的交战之后，基本摸清了清兵的作战意图，然后向赣州传出消息，请示下一步的行动，随后敌我双方就在此处形成了对峙局面，于是一场轰轰烈烈的大战就此结束。
再说此时在赣州的沐剑声，在派出了刘国轩之后，又派出了手下大将刘一川，率领两万精锐，前去攻打兴国县城，扫清赣州外围的要点。前后经过十多天时间，刘一川顺利完成任务，扫清了兴国县及附近村镇，俘敌近三千人，前锋部队前出到大乌山、白云山和十八排一带，与对山的清兵远远对峙，不但护住了万安城侧翼的安全，还把县城牢牢护卫在身后，稳定了明军的侧翼战线。
此后不久雨季来临，沐剑声也得知清兵计划固守泰和一线的消息，决定暂时休兵整军，趁雨季的机会恢复兵力，调整人马，为下一步作战打基础。于是传令曾养性暂代万安方向前线指挥，陈猛暂代兴国前线指挥，其余各将全部到赣州参加军事大会，对之前的战事进行总结和表彰，并商讨下一步的行动计划。
四月二十日，在赣州府衙，沐剑声的临时官邸里，沐王府召开了军事大会，包括刘国轩、刘进忠、刘一川、钱易、姚启圣等人在内的各军主要将领都前来参加。
此次大会就前段时间的作战进行了总结：经过一年多时间的大战，明军最终成功的夺取了赣州府，攻占了整个赣南地区，占领了十几个县城，拓地近千里，把战线推进到了泰和附近，已经取得了战略主动权，双方攻守已经易势；此外王府治下地盘，共计新增人口八十余万，又获取军械钱粮无数，土地财物多不胜数，实力进一步增强。
当然付出的代价也不小，经过连番血战，明军累计阵亡了五千多名士兵，而受伤残废的也有三千余人。这其中，仅王府最初成军时的第一批士官，就阵亡了三十余人，十余人终生残废，沐剑声对此很是伤感，痛心于代价如此之大，可这也是在所难免的事情，王府也必须承受这个代价才行。遵照王府的抚恤规定，为了安顿这些人的家属亲人，王府随后花费了百万多巨款，以及大批的土地，才完成整个抚恤事宜，这其间还包括了数千没有亲属的孤儿和精壮流民，他们没有亲属领取抚恤，许多人甚至姓名都很简单，什么三娃子，二蛋子之类的名字不在少数，因为已经无法考察，只能够予以安葬。
面对此情形，沐剑声也很伤感，这些人为了复兴大业而战死，却没有丝毫的利益收获，不知道他们在天之灵，会不会有所后悔？也许会，也许不会，看来任何时候，能够改变历史进程的，都是这些无数的普通生命，他们用自己卑微的生命，谱写了一幕幕精彩的故事，可谓死得其所。看来复兴大业成功之后，自己必须要修建一座大型的纪念碑，来祭奠这些普通至极的无名英雄，否则于心何安？
不过相对于付出的代价，王府却取得了累计歼敌八万多人，攻克赣州府城和附近十几个州县的惊人战绩，其中仅俘虏就接近五万人，在经过了筛选之后，一万余人补充进入明军，另外近三万人被押送到后方各处充当劳力，小部分老弱人员则就地解散。而且经过这场激烈的大战之后，赣南的十多万大军都成为了经过了连番血战的老兵，有了这支精锐在手，王府的实力也大幅提升。
同时，为了提升和鼓舞士气，按照惯例，沐剑声难免又下了一场勋章雨，以及超过百万两的财物，来奖励前线大大小小的有功将士，并且提拔了一大批表现出色的人才，充实核心军官队伍。