然而想要就此拿下赣州，却绝非易事。细看赣州城附近地势，不但三面被江水环绕，而且另外一面则有高山为凭依，十分利于就地坚守，这一带的山川地形，与天下有名的合川钓鱼城极为类似，也许他们唯一所缺的，就是受地形限制，赣州城建在低处，没有一座地势险要而且面积足够的临江山城来据守。
不过即便如此，面对数万名敌军和数千敌军水师，要想跨江攻克这等大城，没有绝对优势的水上兵力，再配合优势陆军，也难言必胜，所以沐剑声才会挖空心思的苦心积蓄己方的水上力量，以求一战建功。
另外一点，此时清兵一方也有一支实力颇为不弱的水师，想要压制对方，就需要建设水师。如果按部就班的发展，没有一年的时间，很难从规模上超过对手，可是沐剑声怎肯在此再坐等一年？因此惟有扬长避短，设法集中力量先对敌军水师下手，尽快掌控江面，在这个主要的战略目的下，明军的参谋部经过仔细周密的策划，一场针对清兵水师的作战计划被详细的制定出来。
如今的满清赣江水师，拥有中型福船战舰两艘，小型福船战舰十余艘，普通楼船近二十艘，平底快船五十余艘，小型走舸沙船二百余艘，水师官兵六千余人，加上杂兵纤夫等超过万人，规模不小。
统兵大将为从广东一路败逃而回的尚之孝，副将为佟养钜和罗国春，这三人从粤中粤西败退到赣南，辗转千余里，也算是屡败屡战的‘名将’了。在三人之中，尚之孝乃是满清死忠分子，深得康熙信任，加之尚之信被调到南昌享福，因此他就得以单独统领一军；而佟养钜则是败军之将，勉强留用已是照顾；罗国春在傅宏烈死后更是饱受同僚之间闲言碎语的议论，许多人都认为他是间接害死傅宏烈的凶手之一，所以两人都被调离了主要军职，然后来给后辈充当副手，也算是戴罪立功了。
相比而言，明军水师在经过近多半年的苦心积累后，在不计使用寿命的原则下，就使用了大量未彻底风干的湿木来造船。这种速成的船只寿命很短，随着木材变形，虫蛀鼠咬等，估计年余时间就会报废，但是为了能够尽快的有一支对抗敌方水军的力量，沐剑声也顾不了太多了，目前的情况下，时间才是最值钱的存在。
经过一番努力之后，目前在赣江上，明军已经拥有中型楼船四艘，普通楼船十余艘，快船二十余艘，沙船走舸百余艘，兵员近三千人，勉强达到了清兵水师船只的一半，而统兵大将为临时调派而来的戚振北，副将为陈涛和南洋李家子弟李铭。不过由于船只上加装了新式的舰炮，火炮的射程威力和数量要超出清兵不少，因此各船的单兵作战能力却要高出清兵一筹，就实际战力而言，双方的差距其实十分有限，如果再考虑士气和技战术水平，双方战力其实很接近。
茅店镇，乃是赣州东面的最后屏障，也是赣州东面一线清军的大营驻地，是一处重要的防守要点。为了达到引出敌军水师的目的，从二月初二龙抬头这一天起，明军从水陆两线，对东线的清兵大营防线展开了猛烈的进攻，上百门各式火炮放声怒吼，对清兵展开了覆盖式的打击。随着明军的攻击，清兵防线立刻陷入危局，而且用于防守的火炮也被明军重点清除，陷入到了单方面的屠杀之中。
得到前线战报，眼看情势危急，希尔根连忙下令东线清军设法稳守阵地，同时迅速派出了水陆两个方面的援军前来接应，以便及时扭转危局，挫败当面明军。
从赣州到茅店不过四十余里路程，陆上强行军的话，也就两个多时辰路程，而水师也不慢，此时依旧是西北风盛行之时，风助帆势下，因此清兵两路援军很快就抵达战场。
而就在清兵援军赶到时，明军一方虽然已经清理了清军的外部两道防线，眼看即将展开对大营的最后总攻，可是得知援兵将至的消息，为了不被敌方围攻，也只能撤围而去，无功而返。
再说明军的赣江水师，负责从江面侧翼对清兵大营进行炮击，牵制清兵的防守兵力，为了不提前暴露出战舰的真实火力，所有船只都只有三成火炮开火，这时眼见敌军队伍庞大的水师前来，连忙调整队形和帆向，向东面回撤。
明军此举明显有诱敌的意思，按理清兵应该谨慎行事，可是清军的水师已经困守赣州很久了，这好不容易出来一趟，看见猎物又岂会轻易放弃，一见对手不过大小三十多艘船只，己方则有上百艘船只，占据了绝对优势，立刻衔尾追来。
作为赣江的上游，一过茅店之后，江面也就三四百米跨度，水势基本平稳，可是逆水而上十里，过了桃江口之后，江面迅速收拢至不到二百米宽度，水势变的急湍，大型船只已经难以平安迅速的航行。如果清兵水师统领是一名稳重的老将，必然会放弃对明军的追击，掉头返回，毕竟此行的主要目的乃是解围，既然目标已经达到，就无须再行冒险深入了。可是尚之孝屡屡在沐家军手中吃败仗，一心想要复仇，怎肯放弃即将到手的战绩，于是命令继续追击。看看再追击了四五里路程，江水再度收紧，在身边人的连续劝诫下，尚之孝这才猛然惊醒，连忙下令落帆出桨，迅速返航。
不过此时已经有些晚了，因为上游的明军水师已经借助水势，摆好了进攻阵型，稳步压来。由于明军水师的火炮明显占优，几十门火炮齐齐发出怒吼，在清兵水师里炸开，顿时取得了不小的成绩，清军水师的十余艘船只被击中，死伤甚众。尚之孝连忙下令一边进行还击，一边继续后退，妄图脱离险境。
不过既然有心对付他们，沐剑声岂能没有准备？此时只见在贡水的两岸上，早就埋伏在此的几十门小型火炮也发出怒吼，对江中的清军水师展开了夹击，这样清兵水师就陷入了三面包围之中，形势立刻危急起来，此外在桃江上，十几艘小型的明军快船，已经顺水而下，朝清兵水师后路抄来。由于江面上视野开阔，因此清兵很快就发现了他们的帆影和旗号，得到这一系列的消息，尚之孝不由魂飞天外，连忙下令全军全力撤退，避免被对手合围。
在尚之孝的命令下，清兵水师仓皇西逃，顾不上与对手作战，而明军则四下出击，气势如虹，在这种局面之下，结果自然注定，最终清兵仅有少一半的主力船只平安突围逃走，另外的有十余艘船只被击沉，上千兵勇和大小近二十艘船只被明军俘虏，大败而归。
此战过后，双方水师的船只数量基本持平，不过再考虑到火力配置，明军一方就取得了优势，清兵从此几乎成了惊弓之鸟，再也不敢轻易出击。于是明军就顺利掌控了赣州东面的水上优势，不久之后攻克茅店，兵锋直指赣州。为了抵御明军，清兵随后在赣州东面的水东村附近，借助地势扎下防御大营，在水军的策应下进行固守。
此后不久，西线明军经过一番准备，发挥出火力优势，强攻清军凤岗大寨，力战三日之后，清兵死伤惨重，防线告破，兵马溃不成军，最终狼狈逃窜，勉强退到蟠龙村附近设防，不久之后再度落败，于是只能退守赣州城西外湖边村，在水师的策应下驻守；而南线明军也攻克了大峰山防线，将战线推进到赣州南郊的沙河村附近。至此，明军再度将战线三面推进，把清军压缩到了东西不到三十里的狭窄地带，赣州城墙几乎遥遥在望。
经过连续作战，明军虽然略有损伤，不过因为连战连胜，故而俘虏甚多，可以补充的预备兵源不少，挑出其中精锐人员，稍加训练改造，尤其是思想方面的改造教育，就可以补充进入各部，所以兵力几乎没有损失，依旧维持在十万人左右，外加八千水师，占据优势，而且三路人马现在已经几乎联通一体，获得了战场的主动。
而清兵一方，则在连续落败之后，死伤被俘者甚众，兵力已经锐减到不足六万人，其中还包括七千多水师，完全处于劣势。不过为了保证赣州这个要点不丢失，清军只好一面搜捡丁壮，又设法再度抽调吉安和南昌附近的兵马，来驰援赣州，最终勉强组织了一支一万五千多人的陆军，在两千多水师的护送下抵达赣州，准备死守赣州，用这个坚城来阻挡明军前进的脚步。