清洗勋贵只是开始，很快的，对北直隶卫所和蓟辽总督辖区内的营兵的整肃，也会随之开始。
随着对五军都督府动手，朱皇帝也和一众重臣，把整顿军卫的计划拿了出来。
卫所的弊政，几位大臣当然清楚，以往没人敢动，现在皇帝主动提出要废除军卫制度，态度也足够坚决，就是出现叛乱，也不会后悔，他们当然也没敢反对。
“辽东之失，首罪便在卫所武官，不杀难以平民愤，朕方才大开杀戒。整肃关内卫所，朕自是不会再像辽东一般不留情面。军卫武官，罪行大者，则论罪遣戍辽东罪行不大者，剥夺世职，分给军田无罪者，或可从军，或可分给土地予以补偿。”
没有罪行的，自然好说，考核合格的，继续留在军中。没有通过军队考核的，朱皇帝也有行政岗位可以安置，待北部边疆安全问题解决，进军吉林和黑龙江之后，还有世职换土地的政策解决他们的问题。
在听完了皇帝的详细计划之后，几位大臣也没什么好多说的，皇帝已经摆明了，要动用武力解决卫所问题，他们也拿不出不用武力就可以解决的办法。
李起元听完后，小心翼翼地问道：“陛下，只是如今正好要整肃京卫，怕是拿不出那般多的土地？”
朱皇帝闻言后冷笑道：“京卫之中，有多少武官不曾触犯刑律？实在不行，以此番抄没的勋臣庄田补偿不一部分即可。”
真正没犯事的，都是些没有背景，官职卑微的，这部分人，给他一份田地，已经是格外的宽厚。
皇帝说这话时完全是杀气腾腾的，几位大臣当然都没敢有反对意见。
对内地军卫的处理，有着高度的复杂性。朱皇帝很快就和一众大臣在士绅侵占卫所田地的处理上，发生了一些小分歧。
文官们认为，让士绅把侵占的田地吐出来，不大可能。他们的言外之意很明显，不然你就要杀人。
朱皇帝想了想，他这会首要的敌人是卫所农奴主，暂时不打算和士绅彻底翻脸，便开口说道：“士绅与百姓侵占军卫田地，田骨田皮转卖难以清查，那便算了。不过，若是此辈再有广受投献之事，便休要怪朕翻脸不认人。”
李起元闻言，不由有些为难地说道：“投献之弊，全系官吏横行不法，小民不堪盘剥，方才投献于势家。若是不能管住下面的官吏，却也是难以革除。”
“朕杀得人，如何还管不住下面的官吏。再则，也非单单只是官吏横行不法。势家兼并土地，且不按制完粮纳税，一地赋税全由小民负担，势家不纳一粒粮，这如何中？要将北直州县中的奸吏都惩治一番，这北直隶方能大治。”
一众大臣听了后，都是有些头皮发麻，皇帝你又准备杀多少人？
很快，朱皇帝就对北直隶各州县的胥吏展开清洗，预计在夏税征收前差不多可以完成。
这个事，皇帝态度坚决，大臣们也不再劝说，反正在他们眼里胥吏也确实不是什么好东西。杀一批，也应该能管得住一时。
把这个问题揭过之后，兵部尚书熊廷弼很快又提出了一个问题，他说道：“启奏陛下，通州除却上直亲卫通州卫，其余四卫，与津门三卫，都要负担漕运，甚至部分卫所还有造船的任务，怕是不好轻撤。”
“通州与津门七卫一律裁撤，漕船建造先由内廷接手，至于漕运，朕会成立一只运军，专职负责。”
直沽各船厂，朱皇帝不大愿意保留，为了供应庞大的京师各种需要，经过两百多年的建造和烧炭，河北山林都被砍秃了，生态环境破坏极为严重，此时河北森林覆盖率差不多是有史以来的最低点，造成了很多严重的衍生问题，不能再砍伐山林了，他很快要封山育林，会把造船全部转移到辽东。
一众大臣闻言也不多说什么，直沽船厂，只是个小东西，至于漕运，由募兵接手也没有什么不可以的。
经过数次的商谈，对内地军卫的整肃工作，基调才大致上定了下来。之后，朱皇帝还会和他们反复讨论，在实施中逐步完善各种细节。
要彻底释放北直隶的农业潜能，当然还有很多事要做。
鉴于马上就会有大规模的军事行动，朱皇帝也不得不暂时放弃了在北直隶大修水利的想法。
清理京卫的工作，很快和对勋贵所占庄田的一并展开。勋贵的庄田，本来就有很多就是占据的卫所军田，甚至于皇庄都有一部分是侵占的军田。
羽林军四出之下，首先倒霉的就是所有亲卫的实权官员，不到两天，这帮人就尽数落马。
京营糜烂，亲军卫所当然也好不到哪里去，尤其是亲军诸卫都是个冗官问题极为严重的地方。京师周围的卫所，也是军田被侵占最为严重的地方，亲卫的实权官员，也管不到多少田地，各卫武官又尤其多，土地根本不够分，自然也没有人有多少家丁。
这次的抓捕，都没有遇到抵抗。
在抓捕完成之后，各卫军官，也都得到了来自京城的最新命令。
得到消息的各卫最底层的低级武官们，很快聚在了一起。
“这上头的旨意，给了俺们三条路，俺们都不识字，陛下给的差事，都没指望。”
“反正俺平时领俸，也领不到实数，分一百亩田，也中。”
“没有官身，这百亩田，哪里守得住？要俺说，俺们燕山左卫就这么没了，这心里也是堵得慌。”
“要不，俺们去闹一闹？俺祖上是立过功的，凭啥这官身说没就没了。”
“你傻，圣天子可是连那般多的公爷都说办就办了，闹将起来，怕是连田都没得补，要吃枪子！”
此话一出，刚才几个都露出意动表情的，都不说话了。
而数量比较少的中高级武官，也自然大多都是家境马马虎虎的，这帮人也大部分都犯了事，除开一堆要被枪毙的，就是发配辽东的多。少数没犯过事的，大部分也没得到过实缺，自在朱皇帝那获得一个新的职位。
这帮人，早前就有安排了，这一次自然是不会再和底层的百户镇抚一类的官聚在一起。
同时，为了让军户们了解到最新的政策，朱皇帝在每个卫所都派去了大量的宣旨人员。
“废除京中卫所”
得到消息的军户们，闻言都有些不敢相信。
“俺们千户所，没了？”
“没了俺们给谁种地？”
“各位不要慌，陛下不会忘了你等，若不想给从前的官老爷做佃户。可以去开垦荒地，陛下不日要整肃地方官府，苛捐杂税，苦役都不会再有了。”
朱皇帝清楚，宣传的作用有限，对以田地直接买断官身的，还有底层的军户的安置，还是得拿出实际行动来说话。