天正三年（1575）2月15日，织田家大军会师石山御坊城下，从北边、东边、南边三个方向包围了石山御坊。织田信长率领50000大军亲自坐镇于石山御坊东门外，佐久间信盛则率领20000大军作为北门的主将，而雨秋平、明智光秀和池田恒兴的25000人则位于石山御坊南面。而九鬼嘉隆率领的志摩水军，也从伊势湾千里迢迢地绕了过来，在石山御坊西边的海域游弋。织田家加在一起，浩浩荡荡将近有10万大军，着实震惊了整个近畿。
织田信长这次兴师动众而来，本愿寺显如自然不敢怠慢。他集结了石山御坊附近所有的一向宗信徒，纪伊国内信奉一向宗的国人众——杂贺众、根来众也纷纷赶来助战，加上本愿寺的僧兵，总兵力也达到了近30000人。
织田信长占据了石山城周围的部分村町后，立刻挨家挨户排查那些响应本愿寺号召而进入石山御坊的人。只要被查出家里有人去了，立刻就满门抄斩。织田信长如此激烈的态度非但没有震慑住一向宗信徒，反而使得他们的抵抗变得更加坚决。那些一向宗的信徒们很多都是贫苦的百姓，和织田家的精锐常备兵完全无法相比。很多人都是穿着平时的布衣，吃着脚，戴着斗笠，拿着一根本愿寺发来的竹枪，就上来和织田军拼命。
“这些人…真的是…疯了。”池田恒兴此刻正负责进攻石山城西南的一座岩砦，岩砦里防守的都是那些衣衫褴褛的一向宗信徒，本愿寺装备精良的僧兵加起来都没有50个，可就是这些人，给池田恒兴所部带来了极大的阻力。
池田恒兴站在战线边的一处高地上，望着那些衣不蔽体、蓬头垢面的百姓，拿着竹枪、锄头、斧子等落后的兵器，发了疯一样冲向织田家的战线。他们嘴里齐声吟诵着“南无阿弥陀佛”之类佛经的号子，扑向织田家的铁甲兵团。在织田家的刀枪剑戟面前，那单薄的衣裳和鲜有的破旧具足如同纸一样脆，他们似乎不惧死亡，忍受伤亡的能力远超池田恒兴的想象。某种意义上说，他们本就不是一支军队，不存在伤亡的概念。对他们而言，死亡非但不是可怕的事情，反而是最美妙的前往净土之路。
在一向宗的教义中，讲究“信心正因，称名报恩”。他们主张阿弥陀如来的救济是无条件的，不需要信徒努力行善、禅法修行、或是洁身自好。只要口中念佛，为了本愿寺法主而战，哪怕你作恶多端、娶妻生子、吃肉喝酒，也可以在来世前往净土，享受无比幸福的生活。
一向宗靠着它简单的信仰方式，得到了饱经战乱之苦的广大疾苦民众的欢迎。如果能有这样简单的前往净土的方式，又有哪个民众会拒绝呢？战国乱世，民众承受了世俗间太多的疾苦和危难，看不到人世的希望，于是转而寻求宗教的慰藉，而一向宗的出现则刚好给了他们灵魂的寄托之所。
在一向宗的鼓动之下，百姓们将注意力从看不到未来的苦难世俗生活转向了美好的净土来世。他们坚信只要照着一向宗的僧侣所说的那样，嘴上念佛、遵从法主的命令，即使自己粗鄙愚昧、不同佛法、恶贯满盈、娶妻生子也可以得到神佛的超度。为此，每当一向宗的僧侣号召大家募捐之时，这些贫苦的可怜人都会拿出不多的积蓄以表达自己对法主的尊崇。而当法主号召他们为包围一向宗而战时，这些信徒则会极为疯狂。因为据法主和僧侣们说，但凡为法主战死，就可以直接升往净土，告别悲惨的俗世。
在雨秋平、池田恒兴他们看来，这样的想法无异是愚昧而可悲的，明显是一向宗编出来的欺骗百姓的借口。可是对于那些在俗世里挣扎苟活的百姓而言，生活已经没有什么色彩，他们唯一的盼头就是那来世的净土，也只有着宗教的寄托支撑着他们苟延残喘。对于他们而言，精于此道的僧侣们的传教足以俘获他们的灵魂，让他们心甘情愿地成为一向宗虔诚的信徒。
池田恒兴看着那些信徒如浪潮一般，前赴后继地冲向他的部队。虽然大多数的人都毫无意义地被杀死，但是还是有少部分人能够冲到织田军身前，用自己所有的攻击手段去击打织田家，武器掉了就拳打脚踢，手脚被砍断了就用牙咬，还有疯狂的人用头去撞战兵坚硬的具足。尸体在战线前越堆越高，织田军正艰难地推进着。
2月20日，织田家终于磨到了石山城的城墙下，开始试图填平石山城下的护城河。然而，石山城内拥有的铁炮数量远远超乎了织田信长的想象，给织田军带来了重大伤亡。赤母衣众的笔头——织田信长的亲信塙直政，在前线指挥部队时被当场射杀。粗略估计下，城内的铁炮就要有五六千吧。这显然不是进城的杂贺众、根来众佣兵所能带来的，本愿寺自己肯定也在这几年里购买了大量铁炮。
塙直政的意外阵亡让织田信长暴跳如雷，他立刻催动全军进行猛攻。雨秋平本想故技重施，用他那简单粗暴的慢吞吞破城法来打下南门，却被织田信长痛骂一顿后给撤下了前线，安排了一大批勇猛善战的武士率军攻城。
然而，一向宗信徒的狂热和顽强远超织田军的想象。他们在城头用血肉之躯抵达织田家的进攻，时常有重伤的一向宗信徒不管不顾地抱着织田家的士兵跳下城去同归于尽，战况十分惨烈。
不过，织田信长这次似乎铁了心要把石山御坊给打下来了，对石山御坊的各个城砦和城墙段发动了孤注一掷的猛攻。在织田军的狂攻下，本愿寺眼看着要陷入颓势，一座座城砦被拔除，城头也被织田家反复攻占。虽然到了夜晚，本愿寺家就会对城墙上的织田家进行猛攻，把织田家给打下城去。可是到了第二天，卷土重来的织田家也会把这一段城墙给抢下来。织田家甚至开始破坏城垛，以便于己方第二天的攻城行为。
然而，就在这关键的时刻，海上却传来了糟糕的消息——本愿寺家的援军到了。不是别人，正是毛利水军和三好水军的联军，浩浩荡荡一千四百多艘船只在淡路附近回合后，就朝着石山御坊开来。九鬼嘉隆的两百余艘小船在三好家庞大的舰队面前，弱小的就仿佛大象面前的蚂蚁一样。然而，这一次九鬼嘉隆可没办法避战了，因为织田信长给他下了死命令——顶住！
织田信长此刻已经杀红了眼，眼看着坚如磐石的石山城终于被他啃下了一块肉，让他现在收兵离开实在是无法接受。他想要九鬼嘉隆顶住三好家和毛利家的水军几天，为他夺下石山城创造机会。只要石山城拿下了，那么三好家和毛利家的水军再强也拿这座坚城无可奈何。
不过，援军的抵达显然鼓舞了本愿寺家的士气，他们抵抗得更为顽强，织田家在数千把铁炮接连不断的射击下死伤惨重。而九鬼嘉隆在三好-毛利联军面前，居然连一天都没撑住，几乎寸板不回。
随着三好-毛利联军在石山城西边的滩涂登陆，本愿寺立刻打开西城门迎接援军入城。三好-毛利援军携带着数目更加客观的铁炮入城，生力军的抵达给了筋疲力尽的织田军当头一击，被直接赶出城去。
织田家连续强攻半个月，士气已经损耗殆尽，众人都劝织田信长趁早退军。可是织田信长此刻已经下不来台，不愿意轻易认输，而是再次发动了一次全线猛攻。然而，此刻石山城内，联军拥有的铁炮数量将近上万。强劲的火力配上石山城的铜墙铁壁，织田家的最后一次进攻付出了无比惨重的伤亡。而与此同时，位于丹波和丹后的波多野家和一色家也再次起兵，意图进攻若狭和京都，织田信长不得不黯然退兵。
这一仗，使得近来势头正旺的织田家不得不重新冷静下来考虑自己的战略。这一次织田信长对本愿寺的进攻，颇有些大意轻敌。似乎觉得自己大军所向，一切抵抗都会化为粉末。他没有多做什么战略上的安排，就草率地进攻石山，招致了大败的结果。
而联军久违的胜利，也鼓舞了第二次织田包围网的士气，不少原本已经臣服织田家的人心思也活络起来。而根据忍者的情报说，东国的武田家似乎想趁着织田家这次大伤元气的机会，再次率军上洛，进攻德川家。织田信长不得不率领主力返回美浓，随时提防武田军的动向。
在这样的状况下，心高气傲的织田信长也不得不认怂，停止了对石山御坊这座硬骨头的进攻，而是授意佐久间信盛继续压制本愿寺即可。不过，位于近畿西端的石山御坊战略位置重要，还有极为重要的政治意义和宗教意味，终归是织田家的心腹大患，非打不可。织田信长为了给再次进攻石山御坊铺路，决定先把本愿寺家这次的帮手一一铲除掉。
于是，雨秋平被授意进攻河内和泉南边的纪伊，铲除杂贺众和根来众等信奉一向宗的纪伊国人众。同时，他还被要求加紧建造水军，和三好-毛利水军一较高下。而明智光秀，则被要求攻略丹波和丹后，铲除织田家在进攻石山御坊时侧翼的威胁。羽柴秀吉和荒木村重被命令去攻略播磨，拿下三好家在本州岛上最后的根据地，把他们彻底赶回四国去。