川东明军集结起来，在夔州阻击刘芳亮，但刘芳亮先他们一步占领了夔州府城，他们只好在万县集结。刘芳亮随后杀到，毫无技巧地硬碰硬地撞了上去。
川东明军以新募士兵和乡勇为主，前大学士王应熊率领重庆的乡勇前来，还有秦翼明、王祥两部人马从贵州来援。
王应熊四年前在闯军攻破凤阳时袒护自己的座师漕运总督杨一鹏，还有与温体仁有亲戚关系的凤阳巡按吴振缨，向外泄露情报，被崇祯罢官。但即便如此，他的能量依然很大，镇守遵义的参将王祥曾经是他的仆人。在王应熊的号召之下，不少川东乡绅都动员起来参与阻击闯军。
不过还是有不少人选择不来了，或者来了之后又悄悄走了。他们中的一些参与过崇祯十年阻击闯军的战斗，甚至有的人的亲人就战死在和闯军的战斗中。固然有一部分人斗志昂扬，誓要报仇雪恨，但也有许多人却打定主意不参与这样危险的事情，以保全家族为上。
洪承畴东征湖广之后，川东地区向洪部供给粮饷，怨声载道。而洪承畴又没有什么像样的战绩传回来，他所说的诸如“华容大捷”之类的战绩，有些头脑的人都能分辨出只是些无关紧要的小仗而已，而四川副总兵孔全斌战死的事情却是货真价实的。
还有刘芳亮之前在贵州连占四府，然后又大肆宣扬闯军将贵州归还明朝，虽然贵州巡抚吴兆元竭力称闯军是被他们打退的，不过也只能骗骗乡下土财主，那些在高层有关系的真正豪绅都明白这是怎么回事。顶多是闯军在土司地区站不稳脚跟，筹粮也困难，所以才撤回去。如果明军在主力会战中能打赢，何至于发生副总兵尹先民投敌这样的事情。
面对这样的局面，很多士绅都存了明哲保身的打算。最近一年来，从湖广来的商旅时常会带来闯军的情报，其中还有不少是闯军故意传播的。虽然四川士绅们纷纷抨击闯军的科举改革是“折辱衿绅”，“以商贾司户部，以走卒司兵部，以胥吏司刑部，以匠户司工部，斯文扫地，凡士大夫稍有廉耻者，岂肯与此辈同列”，但是他们会有这样的反对，已经是一个改变的信号了。俗话说，“褒贬是买主”，如果他们真的连闯军吏科和礼科的科举也不能接受，那么他们只要说一句“流贼沐猴而冠”就足够了，又何必抨击具体的制度呢？
尽管闯军有诸如“奴隶士绅，形同编氓”，“贵贱颠倒，上下失序”之类的“暴政”，但不管怎么说，奉天倡义营也是个承认地主对土地的所有权，以科举制选官的政权。闯军还没来的时候，士绅们当然是个个反对，在闯军打过来的时候，他们还会参与抵抗，但如果闯军取得了军事优势，只要允许他们收地租，还让他们有做官的渠道，他们还是可以凑合接受的。
在战局未明的时候，很多人不想贸然投注了。就算帮着朝廷竭尽全力拼死和闯军打仗，又能得到什么呢？大明不可能给他们镇压黄巾的东汉豪族那样的待遇，剿闯是能升官还是能发财？正相反，乡绅势力太大，还会引起皇帝的猜忌，当年四川巡抚刘汉儒、巡按党崇雅因为举荐乡绅涂原而被罢，不就是前车之鉴吗。
再加上王应熊和王祥也不是能为大明豁出命去拼的人，他们指挥的川东团练武装根本不堪一击。只有秦良玉、秦翼明所率的土司兵和贵州营兵，才能算得上刘芳亮的对手。
白杆兵士气高昂，士卒强悍，与一般的土司兵不同的是，他们纪律性也很好，因此在西南的山地战中，他们是所向披靡的。然而面对闯军这样的敌手，他们还是有严重的缺陷。
另一时空的秦良玉败给了张献忠和罗汝才。在士卒勇悍方面，百战余生的老流寇们自然不会输给土司兵，而能够生存到后期的反王部队，也都有了不输于明军正规部队的纪律性。而在战术战法上，陕西反王们既经验丰富，又灵活多变，再加上有很强的骑兵和重步兵力量，已不是白杆兵能对付的对手。
用骑兵硬冲白杆兵的枪阵是不行的，那样会导致很大的伤亡，就像浑河血战中的金军那样。在浑河血战中，努尔哈赤能够打败白杆兵，是因为倒戈汉军提供了有力的炮火，再加上金军有世界一流的近战步兵，可以在炮火轰击之后迅速进行突击，打开缺口。有女真人用命换来的经验教训，刘芳亮再对付白杆兵就简单得多了。
闯军现在缺乏马匹，因此需要用更多的炮火来补足。按照闯军的编制，一个炮标装备九门十二磅炮和十八门六磅炮。而在步兵中，每个队都有一门三磅炮作为支援。有些部队的火炮尚未列装齐全，但左营因为要远征，是配齐了全部火炮的。带着火炮穿过三峡是非常麻烦的事情，刘芳亮将全部的十二磅炮和六磅炮的半数留在了夷陵，由阎可义指挥，参与对荆州的攻击。现在刘芳亮军中有九门六磅炮和九门三磅炮，打大型会战不足，但是对付缺乏火炮的白杆兵已经足够了。
闯军还有相当数量的火绳枪作为补充，既有新制造的“捷克式”，也有从明军手中缴获的旧式鸟铳，至于火门枪，闯军的野战部队已经将其完全淘汰了，只在卫戍部队中才有装备。
在前哨战中，闯军在骑兵方面有压倒性的优势，明军的夜不收一败涂地。而当正式战斗开始，明军虽然在战略上是防守，然而在战术上却不得不进攻。如果他们不进攻，闯军就会用大炮慢慢轰击，在这个射程上，他们没有能够反制闯军的武器，可一旦他们进攻了，又会闯入三磅炮乃至火绳枪的射程，承受更大的伤亡。闯军的近战步卒也是以长矛作为主战武器，由经验丰富的老兵充当刀牌手掩护。再加上骑兵从两翼配合，明军根本冲不破闯军的阵势。
明军如果排成厚实的密集阵，则会遭到对方炮兵的屠杀，可一旦拉大间距，在抵挡骑兵和重步兵的突击时又会很无力。闯军虽然囿于各种条件，还存在诸多不足，但是并无明显的短板，而白杆兵却是一支严重偏科的军队。他们的步兵很强，可是骑兵和炮兵都差得太远。
一番激战下来，川东明军拼凑的三万大军被八千闯军击溃了。闯军战死近千，明军被杀者则多达五千余人。因为这三万人大部分是本地团练和卫所兵，一旦发生混乱就会成为任由骑兵践踏的移动路障，所以才会发生兵力优势如此之大伤亡却如此悬殊的情况。
王应熊在王祥、曾英、董琼英的保护下拼死逃脱，而有功名的乡绅死于此役的多达数十人，这些人不像卫所军官那样军事经验丰富，也比一般的乡勇更有斗志，所以逃跑时总是慢半拍。失去了这些抵抗意志最坚决的骨干，虽然王应熊还活着，但川东乡勇再也组织不起来了。