所有课程的教材都是王瑾编撰的，共分语文、数学、自然、社会、体育五科。
语文大体上没什么奇怪的，还是《三字经》《百家姓》《千字文》开蒙，然后学《论语》《孟子》《大学》《中庸》。《诗》还是要学的，《书》《易》《礼》《春秋》就都不学了，取而代之的是乐府诗、唐诗宋词元曲，还有《岳阳楼记》《醉翁亭记》《陋室铭》《桃花源记》《出师表》《劝学》《师说》一类的知名文章。这些都是传统知识分子都会接受的正常教育，在大家看来都是不稀奇的。
比较有争议的内容有两点，第一点是字形的问题。王瑾编的新教材将许多比较常见的异体字定为了标准字形，比如说“從”改为“从”，“眾”改为“众”，“塵”改为“尘”。又将许多偏旁部首的草书楷化，比如说“釒”改为“钅”，“訁”改为“讠”，“糹”改为“纟”。
王瑾的方案比另一时空的简化字保守得多，尤其反对两种简化方式。其一是将不同含义的字合并成一个，比如说“里”和“裡”合并，“後”和“后”合并，“曆”和“歷”合并，在现代白话文里，这种合并可能并不影响形成正常的规范，但是在文言里是行不通的，会产生严重的歧义。还有就是那种不管是什么字都打个叉代替的方式，“漢”变成“汉”，“趙”变成“赵”，“義”变成“义”这种简化方式王瑾坚决不采用。
另一时空的简化字能够推行，是因为有配套的教育体系，以及白话文的普及推广，而王瑾根本没有这样的条件。在以后漫长的历史时期，会有大量的读书人是靠自学或传统的私塾、书院培养出来的，军学出来的人使用的文字不能和他们差异太大，必须采用常见的异体字或草书字形，只要是读书人就能一眼就能看出本来是什么字才行，否则会导致混乱。所以，王瑾只做渐进式的调整。文字是会不断变化的，但要尊重客观现实，绝不能在条件不成熟的时候靠行政命令一通胡改乱改。
因为变动不大，所以也没有太大的阻力，从秦到明，官方文字一直是在不断演化的，王瑾只是将已经出现的异体字正规化，是很正常的事。但第二点就非常惊世骇俗了，王瑾“发明”了汉语拼音。
另一时空创制汉语拼音的时候，“要走世界文字共同的拼音方向”，王瑾可不会有这种荒唐的想法。他绝不打算用汉语拼音作为文字，而是仅作为注音的工具。所以他也不用考虑“v”在欧洲语言中一般作为辅音的问题，他说是元音就是元音，代替了“ü”。像把“uei”写成“ui”，把“au”写成“ao”，把“iou”写成“iu”，把“uen”写成“un”这些写法他也都不采用。
尽管陕北人是闯军的主力，但王瑾并不打算拿陕北话当官方口言，得考虑往全国推广的可行性。王瑾设计的汉语拼音标准实际上是以另一时空的京剧道白作为标准的，和明朝的口音当然是有区别的，但还是比较容易被接受的，保留了尖团音区别和入声。闯军老兄弟中有大量的河南人，现在又把根据地设在湖南，虽然本地方言与官话区别很大，但当地人学说官话口音类似江汉一带，倒是正合京剧的“湖广音，中州韵”。
最重要的是，王瑾的本领就这么一点，如果没有京剧做依托，他哪里有本事自己设计一套拼音方案来。
拼音注音比反切、读若、直音自然是简单得多了，王瑾也考虑过北洋时期发布的汉语注音符号，但终究觉得不如拉丁字母简便。如果将来要向其他国家推广，拉丁字母的优势更大。
在数学和各种自然科学上，王瑾也采用了另一时空通行的阿拉伯数字和符号体系，甚至采用了大约翰制定的公制度量衡。王瑾对于自己的水平还是清楚的，如果另创一套以汉字为基础的体系，难免不错漏百出。未来中国的科学要发展，必须要和其他国家交流，非要自搞一套符号系统，对交流会有妨碍。
虽然不知道其他穿越者是什么水平，但至少大约翰和阿贾伊的数学肯定都比王瑾强，一个会造炮，一个会造船，数学不好是不可能的。
好在现在招收的学生不是军人子弟就是商贾子弟，因为洪承畴和杨嗣昌的大军仍悬于头顶，所以官绅们仍在观望，甚至暗中和明统区的旧关系联络。闯军的学堂到底教什么，他们也不大关心。等到他们开始关心了，学堂也该成型了。真正最离经叛道的，是自然、社会两门课中体现的世界观和历史观，这两门课分别是所有自然科学和人文科学的基础，不过因为大部分学生家长都不懂，反而不引人注意。
按照王瑾的想法，将来还要在四个省城各设一个五年制的中学堂。开设语文、数学、历史、地理、法政、经济、哲学、物理、化学、生物、体育、军事十二门课程。未来有了爵位制度之后，凡有爵位者之子，皆免试免费入中学，其他人入中学需要考试，军官子弟免费，余者自费。不过这个眼下还不用多考虑，先把小学堂办好再说。
今天王瑾要去拜访郭瑶。郭瑶投降闯军之后，现在也有四品官身，转成了文官，不过并没有那么多四品的职务给他们，他实际担任的职务只是六品的广州府兵官，但待遇还是四品的。
广州的军官们经历了破城之后，基本上都选择了投降。虽然这些人世代担任明朝官员，对于明朝还是很有感情的，但在他们看来，闯军也是他们的同类，只要能维护广州的和平安定，也没什么不能合作的。大明对他们是有恩情的，他们得为大明卖力，但为大明卖命，甚至牺牲家乡广州的和平，他们是不肯干的，除非面对的对手比大明更混账。
羽凤麒、冯耀等一批高级军官虽然都投降了，但都不肯出仕，闯军还是按相应的品级给他们待遇，发半薪，他们的子孙也都在免费入学的范围内。这些人显然是商量好了，领了俸禄之后全都一块钱也不留，捐到各种善堂和宗教场所去。对于自家子弟上学的事情，他们只作不知。
就像另一时空的黄宗羲那样，他自己不肯仕清，但儿子还是当了清朝的官。既然参与过抗清的人对于剃发易服的清朝都是这个态度，那么在另一时空抗清殉国的人对于曾经和他们是同袍兄弟的闯军采取这种态度也就不足为奇了。他们对大明朝很忠心，但总不能为了大明朝死全家。真到了不得已的时候，死全家也不是不可以，但那不是为了朱明王朝，而是为了某些更要紧的事物。