闯军对官僚体系的设计，与明朝具有极大的不同。
目前闯军不组建中央政府，只组建省政府，计划设立湖南、江西、广东、广西四个省，目前只组建湖南一省的省政府。
明朝的省一级机构主要是承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司三部分。湖南在明朝未设省，所以也没有三司衙门，不过也有一些三司的派出机构。
主管军事的都指挥使司的工作完全由闯军内部的管理部门承担，原本的卫所全部裁撤，卫所管辖的土地改由县里管辖，卫所的兵丁除了招入闯军野战部队和卫戍部队的之外，都直接转为农户。
这种变革如果由明朝的官府来办，是根本不可能实现的，因为他们对抗不了卫所军官的强大阻力。让清朝来办，也很难，另一时空一直到雍正年间才把卫所裁干净，因为绿营将领中有很大一部分来自卫所军官，贸然裁撤卫所会把卫所兵逼到南明一边。
让闯军来做，事情就简单得多了。九边的卫所不好动，那里的将门世家根深蒂固，可湖南就不同了，卫所兵的战斗力等同于甚至还不如民兵，卫所军官的实力非常有限，与一般的豪绅地主无异。而且也只有农民军，可以组织卫所的士兵去攻击军官，而不威胁自身的统治。
虽然裁撤卫所的过程中还是发生了不少兵变，但闯军有绝对优势的武力做依托，对于卫所兵还有格外的优待条件。理论上来说，卫所的土地都是国家的，但实际上，卫所兵都是这些土地上的佃户。藩王、豪绅土地上的佃户，闯军都是把他们变成自己的佃户，卫所兵丁则不同，他们毕竟还有兵的身份，加入闯军是起义投诚。因此在闯军的裁撤方案是将卫所的土地分给他们，让他们变成自耕农。
卫所军官中那些平素无甚劣迹、未被杀死的，如果他们是私占官田之后用长工种地，那就承认现状，使其变成富农。如果是用佃户耕种，不参与生产的，则将土地分给佃户，这些佃户一般也都是卫所中的同袍。这些军官分调到江西和两广，读过书的转为文职，没读过书的编入卫戍部队。因此，普通士兵对裁撤卫所的抵触情绪不太强，大体来说还比较顺利。
原本卫所还需要地方协饷，李自成和王瑾都担心改农户之后没有协饷，会不会导致卫所兵生活水平下降。但是实际执行的时候发现，影响并不大，这些协饷本来士兵也吃不到，反而是士兵还要上缴他们的剩余产品。
布政使司和按察使司的职能全部并入新成立的巡抚衙门。省、府、县三级都是主官之下分设吏、户、礼、兵、刑、工六科。原本明朝的所有机构，全部简化到这六科之内。
这种安排不见得合理，但是闯军的政权刚刚建立，人才匮乏，只能一切从简。而且还有非常吃人力的田兵制度，那是个无底洞，有再多的干部也不可能全面完善，只能边走边看。
省级主官称巡抚，府级称知府，县级称知县。主管六科的官员则分别叫作吏官、户官、礼官、兵官、刑官、工官，省、府、县三级都是一样，简单粗暴，一目了然，只有六科之下具体的盐课、僧道等部门的主管官员才有专门的称呼。
闯军也有品级制度，但是取消了正从之分。军队中，制将军为三品，果毅将军为四品，威武将军为五品，都尉为六品，掌旅为七品，部总为八品，哨总为九品。各县的掌旅、各府的威武将军都与当地的知县、知府平级。
文官中，巡抚为三品，省级六科官为四品，知府为五品，府级六科官为六品，知县为七品，县级六科官为八品，六科下各部门的主官为九品。九品官直接领导普通的吏员。
此时闯军的收入还是以实物税为主，因此官员的月俸也按明朝旧例用米计算。三品官四十石，四品官三十五石，五品官三十石，六品官二十五石，七品官二十石，八品官十五石，九品官十石，未入流吏员五石。从账面数据来看，比明朝略多一些。
对于一个三品的巡抚来说，月俸从明朝的三十五石涨到现在的四十石没什么差别。但是对于普通的吏员来说，这就是天翻地覆的差别了。一个月五石米，是明朝一个从九品巡检的俸禄，足够他们一家老小过上中等人家的生活。
闯军不可能接收明朝的所有胥吏，破城的时候清算罪行杀了一批，自己吓得不敢来上班的又有一批，清理空额注销了一批，清查手脚不干净的开除了一批。这样折腾下来，很多地方的胥吏十去其八。剩下的那些加上每县驻扎的一二百闯军士兵，堪堪够维持县政的勉强运转。
好在有三年免征的政策作为缓冲，把征粮这一最重要的工作缓了三年，各县有足够的时间恢复县衙的正常工作。至于重新丈量土地、厘定赋税的工作，由巡抚衙门派出的测量队负责，不用县里管。县衙门只要维持现状、保证社会治安就好。
至于官员的人选，主要有五个来源。
第一，闯军文书队的成员、识字的退伍军人。这些人是最可靠的力量，那些要津位置都由他们担任。郭汝磐出任湖南巡抚，各府县的几乎兵官全部是转业的闯军。
闯军的教育水平也只能说一般，靠王瑾和一群他搜罗来的师爷胥吏，就想教育出合格的官员来，那是不可能的。但是，明朝那些靠科举考上来的官，根本没学过钱粮、刑名，还不是一样能当官。科举考试选拔出来的都是学习能力强的人，但是他们在实用技能和基层经验方面赶不上闯军中的读书人。闯军自己培养出的这些人，做起官来并不会比明朝的读书人差。
第二，投降的明朝官员。在湖南之役中，明朝的官员死的死逃的逃，不过还是有相当一部分人选择了投降，这些人中除了罪大恶极必须处决的之外，一律官升一级。现在是急需用人的时候，只要是没有血债的人，不用要求那么多，投降就升官，投降的明朝官员越多，闯军兄弟就死得越少，这笔账大家都算得明白。