跟随白贵冲阵的二百余人，只逃回了十几个，但是，他们的牺牲也标志着明军的追击到此为止了。这些复仇之神近乎疯狂的自杀式袭击，让明军为之丧胆。
李自成等人没有让这个机会浪费，虽然已经疲惫不堪，他们却反而不顾一切地向明军发起了冲锋。
跟随洪承畴渡江的明军将领中，白广恩资望最深，所部战斗力也最强。然而他却被这种凶悍至极的方式当阵击杀，明军的气一下子就泄了。面对闯军的反击，他们不再硬碰硬地对攻，而是仅做抵抗，甚至还在后退。
洪承畴也没有办法。如果是李自成碰上这种情况，多半会带着自己的卫队上阵引导进攻，可洪承畴并非能冲锋陷阵的战将。他能够指挥一场战役，却不可能引领一次冲锋。
从嘉陵江边一直追到这里，明军虽然重创反王联军，可自身也付出了惨重的代价，前后损折上万人，尤其是贺人龙部的三千人近乎死绝。此时虽然追上流寇的后队，却遭到了不顾一切的顽强抵抗，不能破敌，心中早就没有多少信心了，白贵的冲锋也只是压垮他们的最后一根稻草。
就算是洪承畴，也没法再催动他们进攻。洪承畴只能继续派出游骑，保持对闯军的追击袭扰。主力部队忙着抢救伤员，清点战损，不再向前追击了。
这场两军总数多达三十余万的大型会战，终于宣告结束。很难说谁胜谁败，反王联军遭到了极惨重的损失，洪承畴、秦良玉两部官军阵亡、逃散也近两万。
投降官军的反王一共十人，他们的部下有不少因为不愿投降而趁机逃走。再经过裁汰老弱家眷，最终官军得到了大约三万人的补充，四川的防务又恢复了起来。
闯军在达州境内渡过了通川江，这才停下整队。
跟着李自成留下的两万闯军，减员竟然达半数。争营只剩下三千多人，党家由于后队溃散损失惨重，只剩下五千多人了。只有最先过江的混营损失较轻，还有八千余人。
刘宗敏和田见秀指挥的闯军前队，经过了刘文兴的叛逃，以及一路上的战损、逃散，减员也达到了万人以上。再加上刘体纯、杨秉胤、马朝兴三队人马的补充，以及收拢了一些其他各营的溃兵，从成都出发时的二十余万大军，已经不足十万人。
少的那十几万人自然不是都死了，有投降官军的，有逃散了的，但伤亡数量依然十分惊人。几天之后，嘉陵江下游的回水湾堆满了泡得发白的尸体，景象可怖之极。从阵亡人数来说，说这是米脂起兵以来最惨重的失败也不为过。
牺牲并不可怕，关键在于牺牲得有没有意义。而这一次，数以万计的联军士兵的牺牲显然意义非凡。
暴雨冲垮了多处道路，官军的给养送不上来，大量的尸体更是一场卫生的灾难。淋了雨又缺少保暖设施的官军成批病倒，四川巡按陈廷谟腹泻不止，死于军中，一旬之间，患病士兵竟有上万。
洪承畴就算有天大的胆子也不敢再作战了，再这样下去，要么被瘟疫消灭全军，要么就会爆发兵变，他下令军队选择人口稀少又环境干燥、有清洁水源的地方分散扎营，躲避瘟疫。虽然洪承畴不懂太多医学知识，但是单靠经验总结下达的命令也比较合理，焚烧尸体，隔离病患，遏制了瘟疫大规模蔓延的趋势。
明军眼睁睁地看着闯军从达州东进，攻下了夔州府城。秦翼明部撤回了忠州，防止闯军向石柱土司报复，湖广的大门就此打开了。湖广明军的主力要么跟着杨嗣昌去了衡州，要么跟着方孔炤在湖北东部一带对抗张献忠、罗汝才等人，湖北西部只有少量卫戍部队，防务几乎是一片空白。
沿江东下的闯军攻下了归州，在这里，他们完成了重新集结。川东、荆襄一带的流民，又有一些归附闯军，闯军迅速重振声势。
没有联军了，只有闯军。该跑的都跑了，现在是农民军该统一的时候了。
自李自成、刘宗敏、田见秀以下，夔东闯军主力共有郭汝磐、刘芳亮、袁宗第、李过、党守素、辛思忠、李友、吴汝义、马世耀、白鸠鹤、刘汝魁、刘体纯、谢君友、马重僖、高一功十五位老管队，每一队的兵力约为五千人。再加上辅助部队和随军家眷，主力闯军达十万之众。
王友进、杨秉胤、马朝兴、刘体统、袁宗道、王可兴、郝九松、王汝贵、马云翔、李复荣、郝登云、裘岳等人留守西山各寨，继续招募流民、屯耕山林，照顾伤兵、家眷，积蓄力量。
“承蒙兄弟们信得过，我李自成便担当此任了。”李自成站在临时搭起的高台上，向下一拱手，身旁一面杏黄旗迎风招展，上书四个大字：“奉天倡义”。
“总掌盘”之称已经不能适应眼下闯军的状态了，在宋献策的建议下，李自成开始使用“奉天倡义大元帅”这一新的称号。原本宋献策定的是“奉天倡义文武大元帅”，但郭汝磐表示“那么啰唆谁记得住”，最后就把“文武”两个字删掉了。
老管队、管队、小管队三级模式也已经不能有效地管理如此之多的军队。闯军重新划分了内部层级，统兵三十人以下的军官为哨总，百人以下的为部总，三百人以下的为掌旅，千人以下的为都尉。原本的十五个老管队都改称果毅将军，其副手称威武将军，刘宗敏、田见秀二人则称制将军。
闯军的内部分工本来就很明确，虽然大家都挂着各种管队的名头，但其实早就各有所司，进行这样的改革并不困难。
“什么叫奉天倡义？老天爷我们谁也没见过，过去我觉得，既然皇帝叫天子，那老天爷应该是向着他儿子的。但是仔细想来，这个儿子多半是自封的，就和我们姓李的说自己祖宗是老子差不多，其实我哪认识什么老子，我老子就是个养马的。”
“我们挨饿时骂老天爷又聋又瞎，那也是有道理的。古时的圣人说过，‘天视自我民视，天听自我民听’，可见老天爷的确是耳聋眼花。老天爷看不见，老百姓才看得见，老天爷听不见，老百姓才听得见。所以老百姓就是天，天就是老百姓，奉天倡义，就是为了老百姓能活命打仗。”
“我也知道，大家造反的时候没想当什么救国救民的大英雄，都是活不下去了，要讨条生路。现在暂时活下来了，想的是娶妻生子，传宗接代，攒点钱弄个窝。这都是应该的，而且我保证，这些都会有。既然带你们出来造反，就要让你们将来当兵的有饷拿，回家的有地种。……”
李自成的道理并不全对，他把很多问题都简单化了，有的是他确实没理解得那么深，有的是没必要对士兵讲。
他这场对全军部总以上军官的讲话主要有三点内容。第一，说明整编后的组织架构；第二，重申纪律；第三，讲明下一步闯军的出路。
出路很简单，只有四个字：杀朱宰杨。