司马绍即位后，公元323年，以温峤为中书令，掌诏命文翰，参预机密，深得明帝倚重。身在江州，遥控朝政的王敦对温峤颇为忌惮，奏请温峤为大将军府左司马。晋明帝虽不愿，但对王敦之令，也无可奈何，只得放人。
温峤来到王敦处后，假意勤勉恭敬，积极为王敦揽权出谋划策；他又刻意巴结、讨好王敦的心腹钱凤等人，逐渐取得王敦的信任。王敦与钱凤等死党们的很多重大谋划，也允许温峤参与了。
公元324年，丹阳尹一职空缺。温峤以丹阳位近京师，若控制丹阳，可有效监视皇帝、公卿为由，劝王敦亲自选择心腹亲信，充任丹阳尹。王敦深感有理，于是询问温峤，是否有合适人选推荐？温峤认为，最受王敦信任者，莫过于钱凤。因此，他举荐钱凤出任此职。王敦征求钱凤的意见时，钱凤则推荐温峤。经过斟酌，王敦决定由温峤任丹阳尹。
在王敦招聚众亲信，大办酒宴，为温峤饯行时，温峤担心自己离开后，钱凤会趁机在王敦面前进谗言，于是利用酒过数巡，喝的面红耳赤的机会，故意装作酩酊大醉，来向钱凤敬酒。还没等钱凤回话，温峤就揪住钱凤的衣领，做出勃然大怒的样子，咕咕哝哝的嚷道：“你钱凤算个什么东西？温太真给你敬酒，也敢不喝？”奋臂攘袖，吵嚷叫骂，完全摆出一副酗酒闹事的姿态。王敦等人赶紧将二人分开。温峤被送回寝室后，便倒头大睡了。
第二天，王敦等人送温峤上路时，温峤几次启程后，又返回来，表现出对王敦恋恋不舍的样子。王敦对温峤深信不疑，不再有防范之心。果如温峤所料，他离开后，钱凤就极力劝说王敦，说温峤是朝廷的“卧底”。王敦对此不以为然，反倒责怪钱凤肚量狭小，竟与一个醉汉去计较些鸡毛蒜皮的小事。
温峤返回建康后，将王敦的谋划、虚实，尽数禀告给晋明帝。王敦秘密安插在朝廷的耳目得知后，飞速通报王敦。王敦大为恼怒，决定以诛杀温峤等奸臣的名义，再次起兵。实则是想趁自己尚健在，一举铲除晋明帝和不肯依附自己的朝臣，改朝换代。
晋明帝根据温峤的密报，周密准备。王敦病重，已无法亲自领军征战。只好命哥哥王含统帅叛军，加之晋明帝、王导制造、散布王敦已死的假讯，令王敦散处各地的党羽们心存畏惧、观望，叛军战斗力已大打折扣。因此，朝廷军多次击败叛军。不久，王敦病死。王含、钱凤等王敦死党，也陆续被朝廷军斩杀，王敦之乱被平定。温峤因功，封建宁县公，进号前将军。
公元325年，司马绍病逝。太子司马衍即位，即晋成帝。因成帝年幼，太后庾氏临朝称制。王导、庾亮、卞壶、温峤等辅政。当时，朝廷权柄，实则掌握于中书令庾亮之手。
由于庾亮对时任征西将军、荆州刺史陶侃颇为忌惮，因此命挚友温峤任江州刺史，出镇武昌，防范陶侃。
公元327年，庾亮不顾温峤多次劝阻，决意削夺手握精兵、跋扈强横的历阳内史苏峻的兵权。他以晋成帝名义，下诏召苏峻入朝，任大司农。温峤预料苏峻必因此谋反，就请求庾亮允许自己率军入卫建康。结果庾亮回信说道：“吾忧西陲过于历阳，足下无过雷池一步也。”不久，苏峻、祖约果然起兵叛乱，进犯建康。温峤率军由武昌进屯寻阳，以待战机。
咸和三年二月，苏峻叛军攻陷建康，挟持晋成帝和王导等众公卿大臣，控制朝政。庾亮等被迫逃离建康，到寻阳投奔温峤。二人深感力量不足，于是，温峤多次给手握重兵的陶侃写信，终于说服犹豫不决，且与庾亮素有嫌隙的陶侃起兵讨逆。
陶侃率部到达建康后，坊间纷纷传言，说陶侃要诛杀庾亮，以谢天下。庾亮虽然很害怕，但他还是依从温峤的建议，主动拜访陶侃，向他及天下谢罪。两人遂冰释前嫌，勠力平叛。在温峤提议下，庾亮等同意推举陶侃为平叛诸军盟主，统一号令。
朝廷军与叛军多次激战，互有胜负，战况胶着。温峤军储备的粮食吃光了，他只好去向陶侃借粮。陶侃十分恼火，责备温峤准备不足，仓促兴兵。鉴于胜负难明，陶侃声称要退军，返回荆州，等待时机。平叛联盟人心涣散，面临崩溃瓦解的危险。
值此危急关头，温峤挺身而出，向陶侃及众将领分析形势，预言苏峻叛军必败。如果此时退兵，国家、民众必将遭受浩劫。陶侃等遂决意坚持战斗。
为坚定众将士的平叛决心和斗志，公元328年九月，温峤提议修建皇室临时性的宗庙，设坛祭告皇天、后土及皇家历代祖宗之灵。祭拜时，温峤亲自宣读祝文。他语气慷慨激昂，泪流满面。三军将士都备受激励，斗志昂扬，奋勇杀敌。叛军不断溃败。苏峻也在酒醉后，与晋军交战，坠马落地，被晋军斩杀。
苏峻之乱被平定后，温峤因功，封为骠骑将军、开府仪同三司，进爵始安郡公。可惜的是，同年四月，温峤在返回江州途中，中风患病，回到武昌后，没有几天就去世了，终年四十二岁。晋成帝追赠他为侍中、大将军，谥曰忠武。
温峤虽小节有亏，“人见人嫌”，这固然与其秉性相关，更难脱其时名士们所标榜的“风流”玄风影响所致。不过，他假意卑躬屈膝，投效王敦，取得了王敦的信任，掌握了王敦的虚实和部署，及时禀告晋成帝，从而使朝廷在第二次王敦叛乱中，基本掌握了主动，为顺利平叛，立下卓越勋绩。
温峤对东晋初期各阶层利益博弈也有清醒地认识，他深知，挚友庾亮为维护门阀大族利益，维护中央权威，对飞扬跋扈、不肯驯服的地方流民帅势力，深恶痛绝。但为避免激怒流民帅势力，迫使他们铤而走险，兵刃相向。温峤对庾亮剥夺苏峻兵权的意图，多次劝阻。可惜庾亮一意孤行，致使苏峻、祖约等流民势力，只为逞一己私欲，罔顾北方强敌环伺，罔顾国家民族大义，起兵犯阙。繁华京都，顿成废墟；无辜民众，生灵涂炭。
温峤颇有大局观念，他努力周旋于各势力之间，劝说陶侃、庾亮等冰释前嫌，联手平叛。他又积极出谋划策，努力消弭各方之间的矛盾。终使平叛成功，江南富庶之地，免遭更大兵燹祸及。