由于王允一直又没有向张让赔罪认错，张让又进一步渲染他的所谓的罪行情节。
不久，王允的案件被提审，王允的手下官员和朋友以及朝中许多官员都十分着急，想制止张让对王允的陷害。大将军何进、太尉袁隗，司徒杨赐联名向皇帝上书，替王允求情，希望汉灵帝能够赦免王允。
他们在奏章中写道：“王允严于律己，宽以待人，为官尽忠尽诚，宽宏贤能，具有君子的风范和气节。过去晋悼公和先朝孝文皇帝能明辨是非，赦免大臣的罪行，陛下就不能仿效吗？如此王允受命于朝廷，诛讨逆贼，安抚良民，本应论功行赏，加官进爵；难道就因如此微不足道的小事情，就定他死罪吗？陛下如此不公平地给予他处罚，恐怕有负众望，百官有所不服吧。”
灵帝刘宏看完奏章后，便赦免了王允的死罪，但仍下狱重新定罪。这年冬天，又逢朝廷大赦。由于张让始终从中作梗，王允仍不在赦免之列。何进、袁隗、杨赐等三公要员继续上书皇上，要求赦免王允。
等到第二年，王允才被免罪释放。当时，朝中宦官当权，张让阉党凭借权势横行霸道，为所欲为。刚刚出狱的王允虽对张让等人的行径深恶痛绝，但因力量有限，只得改名换姓，离开都城洛阳，辗转于河内、陈留之间。
不久刘宏驾崩，王允急忙赶赴洛阳吊丧。此时，朝廷局势极度混乱，以何进为首的外戚势力大增，阉党张让失去了对中央政权的控制权，面临覆灭的危险。大将军何进利用各地方官吏奔丧的机会，大肆结交和拉拢亲己势力，以谋张让。王允一到洛阳，就被何进紧急召见，并说明意图。
王允很感激何进对他的救命之恩，便满口答应，并担任从事从郎一职。后来情况发生急变，张让集结党羽，用何太后召见何进的名义把何进骗入宫中，趁机伏杀。王允不得不迁任河南尹，暂时逃避张让的嚣张气焰。
张让伏杀何进后，曾奉密召的董卓、袁术等人立即领兵进京，讨杀张让。张让、段挂等人挟持少帝刘辩和陈留王刘协半夜出逃。当时，朝中公卿大夫被急变的局势吓得不知所措，他们都不敢护卫少帝。王允立即派遣一部分士兵跟随尚书卢植一起保护少帝，事后，又奉迎少帝回宫。
公元189年（公元永汉元年），董卓废掉刘辨，拥立刘协继位，王允被拜为太仆，不久迁任尚书令。公元190年（公元初平元年），王允替代杨彪担任司徒职务，同时兼任尚书令。
王允担任司徒，可谓是受命于危难之秋。刘协登基后，外戚、宦官斗争仍在继续，黄巾军起义风起云涌，如火如荼，各地割据豪强也趁机发难，借讨宦官为名，纷纷问鼎中央政权，整个东汉政权危机四伏，动荡不安。面对如此国将不国的尴尬局势，王允毅然承担起恢复和革新东汉政权和社会的重任，没有丝毫退缩和畏惧。为了稳定政局，消除混乱，王允和朝中其他忠臣良将一道出谋划策，重新树立皇帝的绝对权威。
董卓在进驻洛阳过程中，迎立刘辩，挟天子以令诸侯。进驻洛阳后，董卓又多次赤裸裸地表现出对权力的贪婪欲望。他废旧立新，毒杀太后，广植党羽，培养亲信，统收兵权，控制朝廷。从董卓的种种倒行逆施中，王允已经敏锐地意识到他将成为威胁东汉政权的最大隐患，必须采取必要措施遏制和除掉董卓。
可是，董卓手中掌握有强大的军事力量，党羽众多，而且董卓本人凶残毒辣，如果主动出击，只能是以卵击石。于是，王允表面上一味听任，甚至顺从董卓，让他放松对自己的戒备，实际上却在细心计划，周密布置。
董卓进入洛阳后，为了站稳脚跟和扩大势力，曾极力拉拢朝中有影响的官员。王允不动声色，顺势归顺，尽量迎合。有时，王允不惜矫情曲意，偏违原则，来换取董卓的信任。董卓见王允不但具有才识，而且对自己忠心耿耿，毫无二心，于是便把王允当作自己的心腹亲信，对王允不生丝毫疑心，无论朝政大小，都托付给王允处理。王允借此时机，亲自主持一些恢复王室和发展社会经济的具体事务。
王允虽然表面上多有曲迎董卓之意，但在有些涉及原则、正义问题上，他仍坚持自己的意见。杨勋是当时朝廷的正义之土，自从董卓乱政以来，杨勋不畏强暴，一直与他进行尖锐的斗争。
他曾与左将军皇甫嵩一起密谋诛杀董卓，后因皇甫嵩升迁，杨勋势力弱小，只得作罢。一次，董卓问王允：“某不知谁最适合担任司隶校尉？”
王允不假思索地回答说：“相国明鉴，只有杨勋最合条件。”虽然明知董卓与杨勋之间矛盾很深，但是，出于正义，王允毅然推举了杨勋。
在与董卓表面敷衍的同时，王允暗中积极组织和筹备反董卓的斗争。王允首先与司隶校尉黄琬、尚书郑公业等人共同商议诛杀董卓的计策。为了控制一定武装力量，王允等人极力向皇上推荐、保举羌校尉杨瓒行使左将军的权力；同时还举荐执金吾士孙瑞担任南阳太守，掌握一定的地方势力，并且命令他借讨伐袁术为名，带领兵马出道武关，实则为多路夹击董卓作准备。
士孙瑞的行动引起了董卓的怀疑，他决定把士孙瑞留在都城。王允听说后，便顺从董卓的意思，擢升士孙瑞为仆射。另外又擢升杨瓒为尚书，为最后反击董卓作准备。
公元191年（初平二年），董卓封王允为温侯，食邑五千户。王允想拒绝，士孙瑞对他说道：“司徒大人，在大事没成功之前，不能有丝毫破绽，您与董卓加官进爵，朝廷百官都瞻仰您的崇高品节，何乐而不为呢？不要因意气而误了大事啁！”王允一听有道理，便受命听封。
公元192年（初平三年）春天，天下遭受严重的自然灾害，连续下了两个多月的雨。王允和士孙瑞、杨瓒等人借登台祭祀乞神降雨之机，紧急商议谋杀董卓的行动方案。
士孙瑞严肃地对他们说道：“自从去年岁末以来，太阳阴晦不照，淫雨连绵不断，这种暗无天日的日子应该有个尽头。现在我们时机已基本成熟，如果不把握天机，先发制人，恐怕以后后患无穷啊！请你们认真考虑考虑。”
王允很赞同士孙瑞的意见，决定伺机尽早行动，以图董卓。可是，董卓爪牙密布，戒备森严，而且他本人力大无比，凶残毒辣，如果不采取万全之策，一旦失手，恐怕后果难以设想。王允提议，可以安插内应，里应外合，杀他个措手不及。
王允获悉董卓与他的心腹吕布之间存在很深的矛盾，便秘密召见吕布。正好吕布也有反董卓之意。于是，王允便把诛杀董卓的计划全部告诉吕布，并委他作内应。起初，吕布碍于自己是董卓的义子，不便在内部亲自下手。
王允随后对吕布说：“温候，汝姓吕，奸贼姓董，父子只是名义上的，并非骨肉亲情，况且董卓现在已是众叛亲离，你难道还认贼作父吗？你当他为父亲，平时他待你是儿子吗？”吕布与董卓婢女私通，怕董卓发现报复，于是便答应下来。
这年四月，正当王允等人准备采取行动的时候，正逢天子大病初愈。朝廷百官在未央宫集合，恭祝天子龙体安康。
事前，吕布派同郡骑都尉李肃等人带领十多名心腹亲兵，穿上宫廷侍卫的服装，潜伏在宫殿侧门两边。当董卓大摇大摆地出现在侧门外时，立即遭到潜伏在门后的李肃等人的突然袭击。董卓急呼吕布，吕布手捧圣旨，大呼：“奉旨杀贼！”董卓在绝望中被吕布所杀，并且株连三族。
董卓被杀，朝廷上下一片欢腾。董卓祸国殃民的行径，激起了天下人们的极度痛恨，铲除董卓，不仅顺应时代潮流，而且合乎天下民心。它的意义不仅仅只在于谋杀董卓一名国奸臣，而且还深刻影响着东汉末年的历史进程。司徒王允，用自己对朝廷的赤诚和一身正气赢得了铲除董卓斗争的胜利和世人的称赞。
董卓被杀后，王允“录尚书事，总朝政，遣使张种抚慰山东”。（本章完，。）