刘庄即位后，一切遵奉光武制度。刘庄提倡儒学，注重刑名文法，为政苛察，总揽权柄，权不借下。他严令后妃之家不得封侯与政，对贵戚功臣也多方防范。他在位时，他的舅舅们都位不过九卿。馆陶公主想替他儿子求个郎官做，刘庄宁可送给外甥一千万钱，也不答应。大臣阎章才学出众，工作突出，但因妹妹是后宫嫔妃，刘庄为不破坏外戚不封侯参政的规矩，硬是不提拔阎章。
但同时，刘庄又委任开国元勋邓禹为太傅，同母弟东平王刘苍为骠骑将军，光武朝太尉赵憙保留原职，使宗室、功臣、官僚集团都有了自己的政治代表。同时对生母阴太后、异母郭圣通都非常尊重，平等对待，赢得了外戚和臣下的好评。
刘庄对下面的官员非常严厉，因为父亲光武帝施政时对大臣比较宽松，是由于他的威望高，而明帝是没有他父亲那样的威信的，靠他的威望驾驭自己父亲那些老臣，显然是不够的。所以他对于官员是很苛刻的，这在两汉诸帝中是不多见的。
内朝小吏误记了西域属国贡献的供品，亲自查帐发现失误的刘庄派人把犯错的尚书郎招来，并亲自手持木杖责打惩罚。直到尚书台长官闻讯来说情，请求皇帝惩罚自己管教失职之罪，刘庄才平息愤怒。虽然刘庄对臣下的态度过于严厉、督责过度苛刻，却有效地保证了纲纪整肃、吏治谨严，行政效率提高、中央地方政绩明显。
光武帝时，对同姓宗室王限制比较严格。自己的十个儿子虽然都封王，但封地都比较小，较之西汉的同姓王差得很多。而且在郡国内，没有任何实际的权力。明帝的同母弟刘荆是光武诸位皇子中比较有才能的一个，他给废太子刘疆写信，说他无罪被废，应该从自己的封地东海起兵，像汉高祖那样取天下、即皇位。刘疆接到书信后吓坏了，马上把信交给刘庄。刘庄没有追究此事。后来羌人和东汉作战，刘荆又四处活动。刘庄又让他去封地。去了封地，他问相士，我长得像先帝，先帝三十岁当皇帝，我如今也已三十，可以起兵吗？吓得相士赶快告诉郡国的官员，刘荆害怕，自投监狱。刘庄又没有追究。后来刘荆又使巫祭祀祝诅，被郡国的官吏报告，惶恐之下自杀。
光武帝与许美人所生的楚王刘英，在明帝当太子时就和明帝关系不错。刘英结交宾客，又在封国作金龟玉鹤，刻文字为符瑞，积极准备造反。被一个叫燕广的人告发，有司奏情要求诛杀他，刘庄不忍，只是把他罢免流放。后来刘英自杀。刘庄发现刘英结交士人官吏的名录，为此兴了大狱，株连了很多人。
郭皇后生的两个儿子刘康和刘延也在封国结交宾客，图谋不轨，但因为不像刘荆、刘英那么严重，所以只是被削减封地。
光武中兴后鉴于王莽篡位，所以对外戚还是有所限制，但同时他又利用外戚来防范宗室。在大司马吴汉死后，光武想让自己的小舅子阴兴接任大司马，因为大臣的反对才做罢，但死后仍然让自己的女婿梁松辅政。
刘庄即位后，一改光武为政时的柔道，而大刀阔斧地代之以刚猛。刘庄根据光武帝生前的意思，画28将于云台，但对自己的岳父马援却不予收入，这就给大臣们一个信号，就是自己要限制和约束外戚。而且，他在位时，他的三个大舅子、小舅子马廖，马光，马防都位不过九卿。
随后他就开始处理外戚和豪强们，功臣、大司空窦融不善于约束自己的家人和子弟，结果子孙多不法。窦融从兄子窦林坐欺罔及臧罪，下狱死。窦融的长子也是光武的附马窦穆因为封地离六安国比较近，就想占据六安，于是假传阴太后的旨意，让六安侯刘盱休妻而娶自己的女儿。后来此事被明帝知道，窦穆被免官，窦氏人中，除了窦融留京，全被迁回故郡。窦融也被刘庄斥责，吓得窦融也辞职回家养病。窦穆等后来被赦免，允许回京城居住，但明帝派人严格监视他们。窦穆心怀不满，口出怨言又贿赂官吏，结果他和两个儿子窦宣、窦勋都死在狱中。
太后阴丽华的弟弟阴就的儿子附马阴丰，杀了公主，虽然阴太后还在，但刘庄也不徇私情，将阴丰杀死，阴就夫妇也自杀。
刘庄又杀了河西功臣梁统的儿子，同时也是自己姐夫的梁松，原因后汉书上说的是，松坐怨望、县飞书诽谤。
刘庄尚儒学，他命令皇太子、诸侯王及大臣子弟功臣子弟，都要读经。又在南宫设太学，聘任高明的经师传道授业。刘庄在五经之中，又独重孝经。倡导“以孝治天下”。甚至命令期门羽林的守卫士兵都要背诵孝经。对礼仪制度刘庄也非常重视。他亲自与东平王刘苍讨论，制定了祭祀天地和祖先的仪式，按等级建立了一套天子王侯百官的车服制度。
随着对外交往的正常发展，佛教已在西汉末年开始传入中国。有一次，刘庄做了一个奇怪的梦，梦见一高大的金人，头顶上放射白光，降临在宫殿的中央。刘庄正要开口问，那金人又呼的一声腾起凌空，一直向西方飞去。梦醒后，百思不得其解。第二天朝会时，他向群臣详述梦中所见，大多数人都不知其由。后来他有个博学的大臣说那可能是西域的佛陀，明帝听说西域有神，其名曰佛陀，于是派使者赴天竺求得其书及沙门，并于洛阳建立中国第一座佛教庙宇——白马寺。
光武帝刘秀重建汉朝后，因为国力的不足，对匈奴的策略由攻势转为防御。后来匈奴分为南北两部分。南匈奴主动要求内附，光武帝册封南匈奴，而且还和他们和亲。北匈奴看到东汉和南匈奴和亲，也要求和亲。光武帝于是和公卿们商量，一时难以决定。这时已是太子的刘庄说，北匈奴因为南匈奴内附、和亲所以害怕我们，如果我们不攻击北匈奴，又和他们和亲。北匈奴不怕我们，南匈奴也会对我们有二心的。光武帝于是决定不和北匈奴和亲。（本章完，。）