可以说刘玄被尊为天子后开始不思进取，他的性格缺陷决定了他的命运，可以说一切都是注定的。
刘玄纳赵萌的女儿赵氏为夫人，很是宠爱，便把政事委托赵萌处理，自己日夜与妇人在后庭饮酒取乐。群臣有事想上奏于他，刘玄常常因喝醉了酒而不能接见，有时不得已，就命令侍中坐在帷帐内答话。诸将听出来答话的不是刘玄的声音，出来后都抱怨说：“现在成败还不可知，为何放纵成这个样子！”
韩夫人尤其嗜好喝酒，每侍奉更始帝饮酒，见到常侍奏事，时常发怒说：“皇上正和我饮酒，你为什么偏偏拣此时来奏事呢？”起身，把书案都捶破了。
赵萌专权，作威作福。郎吏有的直言赵萌放纵的，更始帝发怒，拔剑相击。自此以后没有人敢再讲话。赵萌仇恨侍中，带出来将他杀害，更始帝出面救他，赵萌不从。这时李轶、朱鲔专制于山东，王匡、张卬在三辅横蛮暴虐。所封授的官爵，都是一些小人商人，还有伙夫厨师之流，许多人穿着绣面衣、锦缎裤子、短衣，或者穿着妇女的大襟上衣，在路上嬉笑怒骂。长安城有歌讽刺说：“灶下养，中郎将。烂羊胃，骑都尉。烂羊头，关内侯。”
军帅将军豫章李淑上书规劝说：“陛下，现在贼寇刚刚抹掉，王化还远没有实行，百官和执掌职事的官吏都应当小心谨慎行使自己的职责。三公的官是上应天上的台宿，九卿的官是下法地上的河海，这都是用人来代替天的职守。陛下定帝业，虽是由于下江、平林的盛势，但那只是临时起作用的因素，天下既定就不可再用了。现在亟宜整理和改革制度，广泛延揽天下的英雄豪杰，按才授爵封官，以匡救王国。现在公卿大位无一不被官军霸占，尚书显官都出身庸伍，把那些只能当个亭长、贼捕之用的庸才，重用为辅佐帝王以治国兴邦的大任。要知道名与器，是圣人最重视的，今以圣人所重视的加在庸人身上，指望他们能裨益于万分，兴王化致理义，就等于是缘着木头去求鱼，上到深山去采珠一样完全办不到的。海内看到这种情况，就有人窥度汉朝的江山了。臣并不是嫉妒憎恶自己想升官，实在为陛下的这种举措感到惋惜。败坏良材，损坏锦绣，这是应当仔细考虑的。只有抛弃以前的荒谬错误，以兴隆周文王人才济济的美德。”
刘玄大怒，下令将李淑逮捕入狱。自此以后关中离心，四方纷纷怨恨叛变。诸将出征，各自安置自己的亲信来担任州牧郡守，这样州郡交错，不知所从。十二月，赤眉军西进入关。
公元25年正月，平陵人方望立前西汉末帝孺子婴（刘婴）为天子。起先，方望看到刘玄政治混乱，揣度他必败，对安陵人弓林等说：“前定安公刘婴，是汉平帝之嗣，虽王莽篡夺帝位，但刘婴曾经为汉主。现在人们都说刘氏的嫡传应当受命为帝，我想和你们共同来建立大功，你们看如何？”
弓林等表示同意。于是在长安找到刘婴，将他带到临泾正式立为天子。聚合党羽数千人，方望为丞相，弓林为大司马。更始帝派遣李松与讨难将军苏茂将方望等击破，把几个人都杀了。又使苏茂拒赤眉军于弘农，苏茂军败，死者一千多人。
三月，遣李松会合朱鲔与赤眉军战于蓩乡，李松等大败，弃军逃走，死者三万余人。这时王匡、张卬驻守河东，被邓禹打败，奔回长安。张卬与诸将商议说：“赤眉军近在郑、华阴间，旦夕就将到此。现在只有长安，眼看就会被消灭，倒不如统帅军队掠取城中财物发财，从这里转而进攻沿途经过的地方，东归南郡，把宛王等人的兵收集过来。如果事情不成，就再入湖池中做强盗去算了。”
申屠建、廖湛等都赞成，就一起去说服刘玄。刘玄听后大怒，不答应，张卬等不敢再说。等到赤眉军立刘盆子为帝，更始帝派遣王匡、陈牧、成丹、赵萌屯兵新丰，李松屯兵掫城，以抵抗他们。
张卬、廖湛、胡殷、申屠建等与御史大夫隗嚣合谋，准备在立秋那天乘刘玄祭祀时用武力劫持刘玄，以完成前面提出的计划。侍中刘能卿得知他们的阴谋，禀报刘玄。刘玄假托有病不出宫，召见张卬等。张卬等进来，更始帝准备把他们全都杀掉，只有隗嚣不到。刘玄怀疑，令张卬等四人暂到外边房子里等候。张卬、廖湛、胡殷怀疑有变故，急忙冲出去，只有申屠建在，更始帝将他杀了。张卬、廖湛、胡殷于是率军掠夺东西二市。天黑时，烧门而入，在宫中混战，更始帝大败。次日一早，就率妻子车骑百余辆，东奔到新丰赵萌那里。
刘玄又怀疑王匡、陈牧、成丹与张卬同谋，就同时召见他们。陈牧、成丹先到，即被斩首。王匡害怕，率军到长安，与张卬等会合。李松回到更始帝身边，与赵萌共同攻王匡、张卬于城内。连战一个多月，王匡等败走，刘玄迁居到长信宫。赤眉军到高陵，王匡等向赤眉军投降，于是与赤眉军连兵而进。更始帝守城，派遣李松出战，李松战败，阵亡两千多人，赤眉军活捉了李松。这时李松弟弟李泛为城门校尉，赤眉军派使者对李泛说：“打开城门，饶你哥哥的性命。”李泛便打开城门。九月，赤眉军入城。更始帝单骑逃走，从厨城门出。许多妇女从后面连连呼喊说：“陛下应当下马谢城！”更始帝即下马拜谢，然后再上马逃走了。
当初，侍中刘恭因赤眉军拥立其弟刘盆子为帝，就自缚到监狱请罪；听说刘玄失败，于是出狱。步行追随刘玄到高陵，在驿站住下。右辅都尉严本怕放跑更始帝后赤眉军不会放过他，就率军驻扎在外面，名为屯兵保卫更始帝而实际是囚禁他。赤眉军传下书信说：“如圣公肯降，就封他为长沙王。但二十天后，就不接受了。”刘玄派遣刘恭去向赤眉军请降，赤眉军派遣其将领谢禄前往受降。（本章完，。）