可以说刘彻晚年是悲催的，和太子刘据的政见之争愈演愈烈。因为太子政治倾向于息兵止战，反对刘彻的穷兵黩武。意在争储的昌邑王刘髆一党，和刘彻一直信用的法吏集团，多方构陷太子。
在刘彻默许下，水衡中尉江充、宦官苏文等人，以“行巫蛊”罪名杀戮了太子的姨夫、丞相公孙贺一族，又赐死太子的姊妹阳石、诸邑两公主，太子的表兄弟、卫青之子长平侯卫伉，被牵连受害的官民多达数万。
同时，反太子联盟成功”隔绝中外“，封闭了内外沟通，令刘彻和皇后卫子夫、太子刘据的沟通渠道彻底堵塞。刘据甚至根本不知道在甘泉宫的刘彻究竟是生是死，还是弥留状态奄奄一息，为了不重蹈秦朝长公子扶苏的覆辙，在少傅石德的唆使下，内外交逼的困境中，刘据愤然起兵。
但因变起仓促，得不到朝臣支持，同时刘彻数十年君临天下的积威尚存，刘据一党苦战多日，终被刘彻镇压。太子的生母，皇后卫子夫自杀，包括刘据三个儿子一个女儿在内的太子一门老幼尽数被处死，只有出生数月、人在襁褓的小孙子刘病已逃过一劫，进了天牢。
刘据一党成员，其宾客尽诛、随同起兵者灭族，胁从的大量官吏士兵流放敦煌。这就是西汉历史上血淋淋的“巫蛊之祸”。
随着卫氏朝堂势力“尽灭”，而昌邑王一党有刘髆舅父李广利为大将领兵，李广利的亲家刘屈氂为丞相，看似成了最大得益者。两人合谋立刘髆为太子
而刘屈氂是刘彻兄中山靖王刘胜之子，可以说他是名义上三国书汉昭烈帝刘备的祖宗，公元前91年春，刘彻下诏给御史说：“朕闻，前丞相公孙贺依仗和我的故旧关系，利用位高势重而做出邪恶的事情，增加肥沃的良田来为子弟、门客谋利，不顾广大百姓的疾苦；戍边士兵的粮食缺乏，不能想办法增加；贪图财货，致使百姓贿赂位居上流的官吏，朕对他所做的这些事情已经忍耐很久了。但是他竟不自己悔改，还擅作主张施恩惠给边郡，想为自己寻求声援，令内地的郡县省减费用给边郡屯戍的军队制作车子，还让农民自己转运粮食送到边郡，而造成农民贫穷，牲畜疲困，又损耗马匹，使武备衰减；下面官吏随意增加赋税，导致百姓破产流亡；又假传诏令，以奸邪罪名逮捕朱安世。公孙贺父子的案件已由法官做出正确处理。任命涿郡太守刘屈氂为左丞相，把丞相长史分为两府，等待得到贤人再任命右丞相。亲近亲人任用贤才。是唐尧、周朝的常法。将澎地的二千二百户封给左丞相刘屈氂为澎侯！”
公元前91年秋，江充进谗言，诬陷戾太子刘据与巫蛊案有关，刘据杀死江充，率兵攻进丞相府，刘屈氂引身逃跑，丢失左丞相官印。这时刘彻正在甘泉宫避暑，丞相长史乘驿舍的快马直奔甘泉宫，将此事奏闻刘彻，刘彻问道：丞相何故？”
丞相长史回答道：“陛下，丞相正在封锁消息，没有敢发兵！”
刘彻听完气愤地说道：“事情纷纷扬扬到这种地步，还说什么封锁消息呢？丞相没有周公的风范。周公不是诛杀了管叔、蔡叔吗？”
于是赐给丞相刘屈氂诏书道：“捕杀反叛者，朕自然有赏赐。远远围住叛军，以牛车为盾牌，不要和叛军短兵相接，以致多杀伤士兵．坚闭城门，不要让反叛者逃出城去。”
刘据既已杀死江充率兵反叛，于是宣称刘彻在甘泉宫病重，刘据发兵是怀疑京城有变，奸臣想作乱。刘彻在这时从甘泉宫回长安，驾临长安城西建章宫，下诏征发京兆尹、左冯翊、右扶风三辅靠近长安各县的军队，部署中二千石以下官吏带领，左丞相刘屈氂兼任将军。刘据也派遣使者假传诏令赦免长安城中京师诸官府中的囚徒，征发看守武库的军队，命少傅石德和门客张光等人分别率领，派长安城里的囚犯如侯持节征发长水校尉和宣曲宫的胡骑，全部携带武器装备到长安城中集合。
侍郎莽通奉令出使长安城，因此追捕如侯，并告诉胡骑说：调兵的节有诈，不要听如侯的。于是斩杀如侯，带领胡骑进入长安，又征发用驶船士兵，交给大鸿胪商丘成率领．当初，汉朝调兵的符节全是红色，因为刘据持有红色的符节，所以后来皇帝的调兵符节上又安有染成黄色的牦牛尾的装饰，以相区别。刘据征召监北军使者任安调动北军兵，任安接受调兵符节以后，关闭北军军门不肯响应刘据。刘据只好领兵离开北军，驱使长安四市的百姓共有几万人，来到长乐宫西阙下面时，碰上了刘屈氂的军队，混战了五天，死了几万人，鲜血流进街道两旁的下水道中，归附刘屈氂的军队逐渐增多，刘据的军队失败，向南逃奔覆盎城门，逃出城去。
这天夜晚正巧丞相司直田仁带领的军队关闭看守城门，田仁因为让刘据逃出城而获罪，刘屈氂要杀田仁。御史大夫暴胜之对刘屈氂说：司直是二千石官，应该先请示皇上如何处置，怎么能擅自杀他呢？刘屈氂就释放了田仁。刘彻听到报告后非常愤怒，派官吏责问御史大夫暴胜之说：“朕听说直田仁放跑了反叛者，丞相杀他，是依法处置，你凭什么擅自制止丞相？”暴胜之十分惶恐，就自杀了。至于北军使者任安，接受刘据调兵的符节，因怀有二心而获罪，田仁放跑刘据，二人都判处腰斩。
汉武帝说道：“侍郎莽通捕获叛将如侯，长安男子景建跟随莽通捕获少傅石德，可以说是立下大功啦。大鸿胪商丘成奋力拼杀，捉住叛将张光。封莽通为重合侯，景建为德侯，商丘成为秺侯。刘据的门客，凡是曾经进出过皇宫宫门的，一律斩首。那些追随刘据发兵反叛的，按照制裁反叛者的法律规定，族灭全家。官吏和士兵有乘乱抢劫的，全部流放到敦煌郡。”因为刘据逃亡在外，从这时开始在长安城各城门屯驻军队。过了二十多天，刘据在湖县被抓住。（本章完，。）