明军战船撤离后，耿仲明派去的兵马，则在岸边建立了简易阵地，阻挡彭友谟的撤退，当彭友谟赶到岸边的时候，战船已经离开岸边，而且岸边还有不少叛军，若想回到站船上，只能先把这一股叛军击败，然后等到战船靠近才行，这个过程需要耗费大量的时间。
然而撤退行动最需要的就是时间，自己手底下只有不到三千人，叛军在莱州城的兵马不知道有多少，但是两万肯定是有的，甚至四五万都有可能，如果时间拖得久了，叛军调集围城的兵马过来，自己的兵马多半会损失惨重，甚至全军覆没。
思虑再三，彭友谟决定放弃回到战船上的计划，而是进入莱州城。
彭友谟没有选择从北门入城，于是就率军绕了一个圈子，绕到了莱州城东门，从东门进入莱州城，中途耿仲明试图上帅军阻拦，但是麾下新兵太多，战斗力不行，根本挡不住，入城的时候，守城的明军还操纵着火炮进行掩护，没法快速追击，最后眼睁睁的看着彭友谟率军进入了莱州城。
战后统计，耿仲明部伤亡一千出头，明军的尸体却只有不到四百具，不过好在彭友谟为了快速突围进入莱州城，所携带的火炮基本都没带走，一共二十五具佛郎机，总的来说，这一战亏得并不多。
尽管明军的守城力量又增加了，但是该攻城的时候还是得攻城，这从半夜打到凌晨的这一战结束后，等将士们休息的差不多了，吃过早饭了，又开始了新一轮的攻城行动。
然而让耿仲明诧异的是，这一次，明军的防守火力明显凶猛了不少，之前攻城虽然都没有成功，但好歹能够接近城墙，甚至有两次都爬上城头了，最终被明军誓死反抗打退了。
但这一次攻击，居然连护城河都没挨到，明军的火炮无论是准头，还是发射速度，都有了显著地提升，甚至有三个身穿双层铠甲，负责带队攻城的把总都阵亡了，而且是阵亡在进攻的途中，距离城墙超过五十丈的位置，这个距离能对他们又遭致命伤害的也只有火炮发射的实心弹了。
事实上，明军炮术提升这么多，都有赖于早上入城的彭友谟，彭友谟是神机营神武左营参将，神机营是大明最早的纯火器部队，他麾下的士兵虽然是四川籍，但是对火器的了解，高于大明朝大部分军队。
其实之前杨御藩麾下的炮兵也很强，但是在正月底跟李九成对阵的时候，尤其是王洪逃跑后的那天炮战，他麾下的炮兵基本上损失殆尽了，剩余的兵马更擅长的是冷兵器作战，所以对于守城明军的炮术基本没啥提升。
彭友谟入城后，请示谢琏和徐从治后，就将各个火器部队的头目召集起来，跟他们讲解火器使用的要点，其实都很简单的一些东西，但是对于这些原本就没怎么用过火器，现在临时被安排成炮兵火铳兵的将领们而言，若是不提点，他们可想不到。
其实也就两点，每一种火器，哪怕只是重量不同，比如三百斤和五百斤的佛郎机，都给出了相应的火炮重量以及配比，然后按照这个定量配比火药，火炮每一次发射的火药直接宝成一包，以免战时慌乱中出错，火炮装入炮弹后，用废纸或者棉絮塞牢。
所以，白天的这一场战斗，明军的火力增加了许多，也给耿仲明部带来了不小的伤亡。
第二天，也就是二月二十三日凌晨，天空中还挂着一丝月光之时，莱州城内外一场寂静，东北墙角下，一个长长的坑道中，近百名士兵正在挥舞着手中的铁铲，卖力的挖掘着。
这场长一里有余的坑道，就是这些士兵们这半个多月来的成果，这半个多月的攻城行动，主要目的还是为了攻进城墙，附带的就是掩护这条隧道的挖掘，如果不能正面攻破莱州城，他们准备直接从地下一直挖到城墙根，然后埋放炸药，炸毁城墙。
现在已经挖掘到距离城墙不到一丈的地方了，这一段的护城河早已被填平，对他们的挖掘构不成阻碍，只需要在挖小半个时辰，他们的任务就算是完成了，到时候直接点燃火药的引线，然后撤回出去，等着大军从北炸开的城墙攻进莱州城就好了。
然而，他们挖着挖着就听见有些不对劲的声音，像是骑兵冲锋的感觉，他们都在纳闷，这个时候耿将军派这么多骑兵出来做什么，但是他们也没有多问，再过半个时辰就完工了，这也就没他们什么事了。
然而，没过多久，突然后坑道出口方向跑过来一名士兵，身上还有不少鲜血，叫喊到“张大人，不好了，明军杀进来了，小的和十几个兄弟们拼命抵挡，但还是挡不住，张大人，咱们怎么办啊？”
被这个小兵成为张大人的百户张发也是一阵心悸，这个时候明军出现在坑道口，这又是明军的一次突袭，而且摆明了是来毁坏坑道的。
明军派兵出城做这种事情，肯定派的是精兵，打的话坑定是打不过，但是投降的话，很难说能不能保下一条命，于是他陷入了纠结之中。
然而，他的纠结并没有持续太久，明军就出现在了他的视线之中，之所以出现的这么快，还是因为他们挖的坑道太宽了，足足够一丈宽，而且高度也在六尺左右，用木板支撑起了是顶部和两侧，为了照明两侧还挂着油灯，足够几人并排在坑道中奔跑。
张发和他麾下的士兵主要工作室挖掘，并没有携带什么兵器，只能拿起挖掘用的铁铲跟明军厮杀起来，然而他们并不是明军的对手，很快就有三十多人被砍杀在地。
一些胆小的士兵看到明军如此犀利，外面的友军也没有消息，巨大的恐惧笼罩在他们心头，再加上他们之中很多都是新兵，在求生的本能驱使下，他们选择了跪地投降。
张发是个老兵，虽然打过不少仗，对耿仲明也算是比较忠诚，但这种情况下，反抗只有死路一条，于是也跟着投降了。