人族经过青莲挑选千万少年之后，已是五年过去，神农根据天时之宜，分地之利，创作了来招等农具，教民耕作，同时，他还发明了陶器，解决了人类的生活用具――器皿和陶盆、陶罐等。使人族生活更加方便，但由于人们经常使用五谷等，渐渐的越来越多的人开始生病，神农见到此情每天都忙着寻找解救的办法，但是并未又多大效果，整日里眉心深锁，愁眉苦脸，短短几天以他天仙境界也双鬓半白，手下众人和长老们看到神农为的此时如此苦恼也都替神农担心，这是有个长老对神农建议既然圣父忙着筹备人族守卫军团之事，却可以去找神农老师云霄，于是神农便上东海三仙岛找云霄。
神农心急如焚，全力飞行之下，仅仅一天的时间就赶到了三仙岛，通报后见到三霄。碧霄确实受神农身上皇者之气影响，也老老实实的站在云霄后面打量这位人族圣皇。云霄见到神农前来有些惊讶，正要询问神农却上前对云霄一拜道：“弟子神农见过老师。”云霄忙还一礼问道：“你来此又何事。”神农将人族情况说明后道：“换请老师教弟子解救之法。”云霄道：“我可与你几粒仙丹，你用水稀释，让生病之人服下便可。”说完取出一瓶仙丹递与神农，神农结果丹药后道：“还请老师教弟子炼丹之法。”却是神农想到以后人族生病自己也好解救。云霄听得神农要学丹药之道，心中对青莲甚是佩服，便取出一玉简交给神农道：“这是我参悟青莲四卷中造化卷所领悟的丹药之道和灵药介绍，不过其中却没有普通人族可用药草炼制之法，尚需你亲自创造，这也是对你的考验。”神农接过玉简向云霄道谢后，斩钉截铁的道：“哪怕踏遍千山万水，我定会为创出属于人族的丹药之道。”说完抬头望天，双眼放出神光，浑身帝王之气暴涨，身边的碧霄差点被突如其来的皇者之气压得向神农下拜，忙运起发力抵抗这才不再难受。
神农自三仙岛回来之后，将云霄所给的丹药交给手下着他们去解救生病的人们，自己却是闭关参悟丹药之道。神农不愧是天定之人，一年后便已经将云霄经过三年才领悟的丹药之道完全领悟，神农参悟以后才知道云霄所给的丹药之道，只能作为借鉴只用，上面所记载的全是仙丹的炼制方法，不说灵药难寻，就是练成之后以人族的身体吃了也只有爆体的后果。神农想到要是用普通药草炼制的话，人族就可以服用，于是神农开始在洪荒大地寻找普通药草，并挨个亲口尝试，记录药性。
蓬莱岛大殿，青莲睁开双眼，自言道：“神农尝百草，葫芦藤易主时机已到。”便吩咐紫剑着孔宣来见。孔宣同紫剑一道来到大殿见过青莲之后，青莲对孔宣道：“你且将葫芦藤拿来，待我炼制一番你且将他交予神农。”孔宣也不问为何，只管取出葫芦藤呈给青莲，青莲结过后，取出乾坤鼎将葫芦藤放于其中炼制，待到即将完成之际，青莲又取出大道录，开口道：“大道之下，善恶皆明，箴言所至，除恶扬善。”说完之后，葫芦藤在大道箴言的作用下放出耀眼的绿光，良久才渐渐消失，孔宣定眼一看，那葫芦藤经过青莲一番炼制，已经仅剩不到四尺，一段带有四寸的手柄，上面写着神农鞭，青莲将神农鞭交给孔宣道：“你去将此神农鞭交予神农。”孔宣结果神农鞭向青莲告退后，起身离开蓬莱岛。
神农自出关后便带着一批臣民，出发向西北方向走去。他们走哇，走哇，腿走肿了，脚起茧了，还是不停地走，整整走了七七四十九天，来到一个地方。只见高山一峰接一峰，峡谷一条连一条，山上长满奇花异草，大老远就闻到了香气。神农他们正往前走，突然从峡谷窜出来一群狼虫虎豹，把他们团团围住。神农带领臣民们向野兽们打去。打走一批，又拥上来一批，一直打了七天七夜，才把野兽都赶跑了。
这时，臣民们说这里太险恶，劝神农回去。神农摇摇头说：“不能回！黎民百姓病了没医的，我们怎么能回去呢！”他说着领头进了峡谷，来到一座茫茫大山脚下。
这山半截插在云彩里，四面是刀切崖，崖上挂着瀑布，长着青苔，溜光水滑，看来没有登天的梯子是上不走的。臣民们又劝他算了吧，还是趁早回去。神农摇摇头：“不能回！黎民百姓病了没医的，我们怎么能回去呢！”神农带着臣民，上了山顶了，嘿呀！山上真是花草的世界，红的、绿的、白的、黄的，各色各样，密密丛丛。神农喜欢极了，他叫臣民们防着狼虫虎豹，他亲自采摘花草，放到嘴里尝。为了在这里尝百草，找医药，神农就叫臣民在山上栽了几排冷杉，当做城墙防野兽，在墙内盖茅屋居住。后来，人们就把神农住的地方叫“木城”。
白天，他领着臣民到山上尝百草，晚上，他把它详细记载下来：哪些草是苦的，哪些热，哪些凉，哪些能充饥，哪些能医病，都写得清清楚楚。
一天，他把一棵草放到嘴里一尝，霎时天旋地转，一头栽倒。臣民们慌忙扶他坐起，他明白自己中了毒，可是已经不会说话了，臣民们正束手无策之际，孔宣却从天而降，众人正在焦急，眼前突然出现一人，一看正是人族护法孔宣，正要向前求救，孔宣见到神农面上发青，双唇乌黑，知道神农中毒。也顾不上和众人客气，取出神农鞭向着神农一指，神农鞭上射出一道浓厚的绿色生气进入神农体内，神农被生气入体之后，面色渐渐好转，一炷香的功夫就回复正常人也清醒过来，见到孔宣再次，方知道乃是护法所救，忙上前见礼谢过孔宣。孔宣对神农道：“不必谢我，我是奉师尊之命将此物交予你。”说完将神农鞭递与神农，神农接过之后，见到上面所写神农鞭疑惑的看着孔宣问道：“此物有何用途。”孔宣道：“此乃师尊用女娲娘娘造人所用葫芦藤经乾坤鼎炼制，为先天灵宝，能辨万物善恶，除恶扬善。你尝百草正需此物分辨药草。”神农得知此鞭竟有此神效，感激的向着东海蓬莱岛方向拜了三拜，感谢圣父大恩。
自有了神农鞭之后，能够分辨那些是对人体有害的毒药，那些是能治病的良药，神农记录药草的速度却是加快了不少，三年后神农将常见的药草全部记录之后，便带领臣民回到华胥城，开始整理自己三年间记录的各种药草将其分类，并开始参照丹药之道将数种药草一起炼制试图炼制出人族能用的丹药。
经过十多年的时间，神农经过上百万次的炼制，终于将各种药材搭配能治疗何种病症都搞清楚了。神农将各种药草的样子，生长环境，药性，和他十多年创造出的上数百种药方编写成册，传给人族各个部落，就是后世所传的《神农本草经》。
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