话说数千年前，蚩尤复活动乱，挑拨仙魔大战，人类为求自保，或投身于两方之一，或自成一伍，一场人、仙、魔三界混战就此拉开帷幕，三界间战火屠天，秩序不复存在。战争终以蚩尤阴谋被揭发为终，人仙魔三族英雄携手将蚩尤打回战神山武神坛下，封印千年。
时至大唐贞观年间。三界大战已平息五百余载，世间重又恢复了安宁与繁荣。当世分为四大部洲，众生善恶不一。东胜神洲居生奇兽灵仙，汲日月精华，敬天地礼法，心爽气平；北俱芦洲为蛮族所踞，多生凶禽猛兽，异常凶险；西牛贺洲多隐仙庭道馆，习阴阳之术，养气潜灵人人固寿；而南瞻部洲独为人世红尘之所，亦为人、魔、仙三族混居之地。
天地间芸芸众生分为人、仙、魔三大种族，各族天赋不同，自有所长。超脱而飘逸的仙族能够掌握天地之灵气，并能将他们转化成为百变神通；从阴暗中走出的魔族崇武好杀，他们也往往拥有超强的战斗力和抵抗力；看似平凡的人类在战火中习得阴阳五行之理，演化为玄妙的法术和武学。并尝试挖掘自己强大的心灵力量，立身于三界之间。三族均各自创立四大门派，以广纳门徒，传授技艺，壮大声威。
观音大士观众生相，三界大战之后，心魔肆虐，尘世中人性的莲花已经枯萎。邪恶与**逐渐滋长，吞噬了心灵间的良善，将巨大的潜力引入无边的黑暗，而佛主如来处有三藏真经，可以劝人为善，待要送上东土，只怕众生愚昧，毁谤真言，故决定广募与佛有缘之人，遍大义于天下，寻找五个天命取经人。《梦幻西游》的故事由此展开，玩家将在经历一段际遇后得到金莲花，成为有佛缘之人，接受寻找天命取经人，帮助他们拂开尘眼，见性归真的使命。
这五个天命取经人中，有佛祖座下被贬下凡尘的金蝉法师；有调戏嫦娥犯了天条，被打入人间投了猪胎的天蓬元帅；有失手打碎琉璃盏惹怒王母，被罚下人间受苦的卷帘大将；有受冤背屈的神龙之子小白龙；更有五百年前大闹天宫，令各路神仙闻风丧胆的妖猴孙悟空转世。这五人或有凄凉身世，或有无限心结，更或全忘前世因果，变得愚钝不可教化。四海之大，该向何方寻找，该如何劝服他们甘愿苦历千山，远经万水，到佛祖处求取真经，劝化众生，化解千年冤戾。一切都是未知，都等待着玩家的探寻。
《梦幻西游》的世界中仙、人、魔三族各有传承。为了让自己的门派弟子横行天下，各派师傅都不吝一己之私，纷纷将压箱底的功夫拿出来教育门徒。同时《梦幻西游》中首次鲜明地引入了门派克制系统，三族十二个角色可拜师十二门派，十二门派相互克制，每个门派都有一招必杀技来克制另外一个门派，环环相扣，成为了一个结构严谨的“门派克制链”，从根本上杜绝了一派过于壮大的可能性。
十二个角色分别是:
人族：剑侠客（男）、逍遥生（男）、英女侠（女）、飞燕女（女）
仙族：神天兵（男）、龙太子（男）、舞天姬（女）、玄彩娥（女）
魔族：巨魔王（男）、虎头怪（男）、骨精灵（女）、狐美人（女）
十二个门派分别是：
人族：大唐官府、方寸山、化生寺（只招收男弟子）、女儿村（只招收女弟子）
仙族：天宫、龙宫、五庄观（只招收男弟子）、普陀山（只招收女弟子）
魔族：地府、魔王寨、狮驼岭（只招收男弟子）、盘丝洞（只招收女弟子）