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得到继续行动的指示后，那些佣兵自然也就只能开始探路，好在之前的停顿，让他们有了一些休息的时间恢复一下精力，这才没有耽误多少功夫。
当然GDI方面也不是完全的让这些战斗力不足的佣兵就那么白白去送死，除了给他们更换了装备外，还向他们提供了几台战狗式无人哨兵机来担当支援——虽然那些战狗式无人哨兵机的战斗力并不会比一个人类士兵高，但也算是一种补充，所以那些佣兵也就欣然接受了这些小家伙的帮助。
地下一层的结构同样也不怎么复杂，内部房间大多都是库房一类占地面积较大的空间，只是令下来的人不解的是，这些仓库基本上都是空着的。为何会出现这样的情况，在找到这座工厂的内部人员或者资料数据库之前，都只能是个谜团。
尽管地下一层结构简单，仓库式的房间也基本空着，可GDI的士兵们还是不辞辛劳的用荧光球恢复了整层的照明，并在一些诸如路口一类的关键位置上，设置了自动机枪，也不管有没有人会经过，反正以铁鹰的制造能力，只要有矿产资源，那么成本什么的，都不叫事儿，他们缺乏的只是使用这些装备的人而已。
连续两层的探索都平安无事，这再一次令负责开路的佣兵神经放松了起来，就算是他们这样经验丰富的老手，也不可能保持长时间的精神集中，也会有松懈的时候，他们可不是生化克隆人那样从基因层面就强化了这些方面能力的非自然生命，他们也是由普通人经过训练和长期作战而练出来的，天生就比以战斗为生的生化克隆人在这些方面有差距。
所以在进入地下二层通道时，佣兵们出了问题。
或许是因为有那些战狗式无人哨兵机在提供掩护和视野扩展支持，让他们有了一丝依赖性，再加上一路平安导致精神上出现了一丝松懈，在进入地下二层的出入通道时，开路的一名佣兵并没有很仔细的检查周围的环境，就在两台战狗式无人哨兵机的掩护下进入了通道。
惨剧就在这一刻发生：一蓬墨绿色的液体从天花板上直接喷到了那名佣兵头上——虽然已经更换了附带有装甲防御模块的动力外骨骼装备，但这些外骨骼装备的密封程度别说区域装甲兵的动力盔甲了，就连GDI普通士兵标配的T-1型单兵防御盔甲的密封性都比这些外骨骼装备高，所以这蓬墨绿色的液体自然就轻易的顺着那些缝隙，接触到了佣兵的身体。
惨叫声瞬间响起，那名被墨绿色液体喷注一头的佣兵抱住自己的头，疯狂的在地上打起滚来，大量的烟雾从他身上升腾起来，将他半个身子笼罩，裸|露在装甲与作战服外的肌肤以肉眼可见的速度迅速融化，就像是人体被强酸物质接触了一样！
不到五秒，这名佣兵就在翻滚中逐渐没有了声息，没有了动静。
而就在其他佣兵惊恐的看着同伴以这样的方式失去性命时，更多的墨绿色液体从天花板上，从角落中，继续向其余那些佣兵喷注过来！
好在这一次，两台先行进入的战狗式无人哨兵机比人类更先反应过来，这些加装有低端智能系统，具备有一定判断能力的小机器人抬高了自己56毫米轻型机枪的枪口，向着那些液体喷出的位置进行了射击。
枪声的响起也唤醒了那些还在震惊中的佣兵，他们以普通人难以办到的身手避开了那些喷向他们的液体——除了他们自身身手不错，GDI提供给他们的动力外骨骼装备也帮了一些忙，让他们的行动速度更高。
更多的雾气从那名被墨绿色液体浇中的佣兵尸体上升起，他身上的装备，武器，外骨骼，作战服，这些浸泡在墨绿色液体中的东西在人体融化后，也跟着发生了强烈的腐蚀现象，合金制成的外骨骼装甲在极短的时间内，就像是经过了数百上千年的风化锈蚀一般破败不堪，随着时间的推移，其表面更是出现了结晶的现象。
当然，在这个时刻，佣兵们可顾不上这些，他们正一边开火射击，一边向上一层退去——大量蠕动着移动的肉团，像生物内脏更过于肉块的东西，一边喷溅着墨绿色的液体，一边向他们追去。两台战狗式无人哨兵机已经完成了它们的使命，在掩护佣兵的时候，被墨绿色液体喷中，在剧烈的腐蚀反应中解体报废，然后残骸缓慢的进行结晶化。
“器官兽……”从后退的佣兵中挤过来，看到这一幕的GDI上尉不由的说出了一个名词，相比起那些佣兵，他知道的更多一些。
随着佣兵的后退，GDI部队很快就接替了他们的位置，两台战狼式动力装甲顶在最前面，以20毫米三联装机炮横扫整条通道——他们不敢在地下设施中使用威力更大的武器，比如战狼式动力装甲上配备的导弹、小口径磁轨炮，所以机炮就成为了眼下可以使用的威力最大的武器。
但是效果还是很不错的，那些曾经在纽约泰晶结晶区出现过的，被凯恩命名为器官兽的变异生物，在所处区域内没有泰晶存在的时候，并不会比动力装甲强大，面对使用高爆弹的机炮，它们很快就在金属风暴中被撕成了不再动弹的恶心碎肉。
虽然这两台顶在最前面的动力装甲外壳上也被喷溅上了器官兽的腐蚀液体，但密闭性更佳、装甲厚度更高、装甲材质更优秀的它们并没有受到多大的损害，至少不会令它们就这样被破坏至无法使用。
而当两台动力装甲扫清了埋伏在通道中的那些器官兽后，更多的区域装甲兵顺着他们开出的通道，进入到了地下二层。只是这一次，他们比那些佣兵更加谨慎细致，为了防范再一次出现佣兵们遇上的那种情况，开路的区域装甲兵还使用了盾牌（那种可以抵御电浆武器，附带有力场发生器的盾牌，重量极大，就算是以区域装甲兵们的动力盔甲力量输出，也只能使用盾牌后，再多用上一支手枪，磁轨步枪是绝对无法正常使用了）。
随着GDI部队成功控制地下一层到二层之间的坡道通道，并在出口位置处设立了防御阵地，他们对地下二层的搜索也即将展开。
由于在通道处遭遇到器官兽并发生交战，并损失一名佣兵，因此对地下二层的调查搜索工作，是在等待地面增援部队进入抵达后，才继续进行的。
这一次，打头阵的，就不再是人类，而完全是哥顿式战斗机器人了。GDI并没有吝惜佣兵的性命，只是在用光那些本就不属于GDI的战斗机器人之前，佣兵还能多留一会儿——真正的原因自然是因为这些披着GDI外皮的克隆人更讨厌机器人一些罢了。
地下设施内在展开搜索行动，地面上的战斗也没有停歇，除了之前派来压制佣兵的三架奥格攻击机，此时GDI又派出了五架奥格总共八架VTOL攻击机在工厂区域上空提供着对地火力支援。而巴宁格中校手上的地面部队也全部进入工厂，并以研究中心为基点向外展开防线，将那些不断袭来的泰晶感染体一一消灭。
他们并不担心那些感染体会不会四散乱走而进入到工厂附近的村镇中去造成更大的伤亡，因为此时，工厂区域内所有泰晶感染体不知为何都像是突然有了某种神智一般，只顾盯着研究中心进行冲锋，根本不会向着外围区域散离以造成泰晶污染扩散。
这个行为让GDI部队只需要坚守住研究中心就行，那些泰晶感染者自会冲到枪炮面前来送死。这也是为何地面部队还有余裕向地下派出增援部队。在现代先进武器面前，那些只是凭着本能和肉|体来进攻GDI阵地的泰晶感染体，并不会比普通生物强大多少，就算是那种巨型蝎子的几丁质外壳，能够抵挡大多数单兵枪械攻击的它们，面对穿透力极强的磁轨炮时，也不会比纸张坚韧多少。
GDI地面部队防御阵地外围，很快就堆积起大量泰晶感染体的残肢断臂、破烂肉块，就像是一堵墙似的。很快，区区数千的泰晶感染体就在无畏进攻人类枪炮阵地中被逐一消灭——它们数量其实也并不占有优势。
地面局势已经得到完全控制，地下的进展却不怎么令人满意。
在得到近百台哥顿式战斗机器人和数十名佣兵的支援后，GDI上尉又派出一台完好的战狼式动力装甲以及十名区域装甲兵参与，可是看似空间宽敞的地下二层区域，结构与上一层完全不同，就像是一个迷宫，进入到这一层的作战部队很容易就会被分散开来，加上周围环境导致的通讯不畅，一旦有人员与大部队走散，就很难再找回原来的路。
“这一层的结构可以随时变化！”当看到一条刚刚还有人走过的路变成了一堵围墙后，上尉终于忍不住要发火了，“之前绘制的路线图完全就派不上用场！想办法把所有墙壁、隔板都给我炸穿！不让人好好走，那我们就自己炸出一条路来！”