自从陈新甲确立了联虏平寇的国策以后，孙传庭对此虽然怀有相当程度的不满——依照他的本意，只要和东虏议和以后，把关宁军撤入关内剿贼，就已经足够扭转大明不利的军事形势了，没有必要发展到和有不共戴天血仇的清军联合作战这种地步。
但是圣意已决，就不再是孙传庭一个地方督抚能够改变的了。陈新甲靠着联虏平寇的国策，终于取得了总制朝野的大权，成为了崇祯登极以来，权势最大、权力基础最为稳固的一名辅臣，即便是杨嗣昌圣眷最隆的时候，也不能和现在的陈新甲相比。
孙传庭对于京中发生的这一系列变化，隐忧很深。只是剿贼军事危急，他能做的也只有先行讨平闯逆，再设法回京，为崇祯皇帝整理朝堂。
联虏平寇以后，首先被明廷侧目重视的是本来就正在关内劫掠的阿巴泰、图尔格两支军队。这两支大军里，阿巴泰一军与关宁军汇合，任务是南下恢复畿南，却在白沟河遭到了李来亨的激烈阻击，最终收获了一场惨痛的失败。
而另一支原本也在关内进行劫掠的清军部队，即图尔格军，在京西一带加入了孙传庭的麾下。
孙传庭比较关宁军诸将还有一个较大的优势，就是他并非只是一镇镇台，而是可以总制三万秦军的剿总大臣。虽然秦军未必强于关宁军，可是因为新安之战以后，秦军诸将以高杰为首，全都和孙传庭靠拢求生，令出一端，所有人为生存而战，为打回陕西而战，战斗力反而高于诸将都三心二意的关宁军。
除了图尔格一支强援以外，更让孙传庭拥有战胜信心的是，联虏平寇的国策决定不久以后，清军的睿亲王多尔衮就又带着一支大军至宣府外与明军商讨入关事宜！
孙传庭遂多尔衮此人有所了解，上一次崇祯十一年清军入关劫掠时，孙传庭奉命追击的就是多尔衮部。他知道多尔衮是清军中一个足智多谋的名将，实力声望远在阿巴泰之上。
虽然孙传庭本意，并不希望清军借着剿闯的机会，一再派兵入关。可是形势比人强，何况近年来清军毁边墙而入，仿佛翻掌一般容易，孙传庭即便不想不愿，又有什么办法呢？
孙传庭的三万秦军，再加上多尔衮和图尔格两支强援部队，明军的这一路兵马，才能称之为真正的主力所在。
也是多尔衮从宣府强势入关，才给了孙传庭实行兵分两路，重点先取大同，以求转守为攻的信心。
孙传庭以攻取大同为主要目标，不仅仅是因为大同的战略位置特别重要，而且也是因为李自成把姜瓖从大同总兵的位置上调离以后，引发不少大同降将的担忧和不满。
这些反复小人中很有一些人和孙传庭建立了联系，把闯军在山西兵力的内幕情况通知给了孙传庭。
如果没有多尔衮的强援，孙传庭即便获得这些情报，也没有任何的用武之地。可是现在他兵力大增，自然就有了兵叩代北的作战信心。
只可惜因为李来亨的一封信，让田见秀变得异常信重姜瓖，还把免职以后，一直在大同活动的姜瓖给调去了太原，随时带走身边，极度亲宠。使得孙传庭反而失去了和姜瓖的联络渠道，让明清联军收复山西的计划被迫蒙上了一层阴影。
姜瓖在投降闯军以前是明朝的大同总兵，威望极高。可是李自成却用张天琳取代了他，还一度流露出想杀掉姜瓖的打算，这些情况都让已经举城投降闯军的姜瓖产生了新的想法。
他在闯军和明军之间首鼠两端，一再把闯军于山西的兵力布置情报秘密送往宣府。可是近一段时间，因为李来亨反复劝说田见秀杀掉姜瓖，田见秀反其道而行，日日把姜瓖带在身边，结果就让他错失了鼓动大同叛变闯军的好机会。
不过大同边军上上下下都对闯军怀有疑虑，首鼠两端之人并非仅仅姜瓖一人而已。姜瓖被田见秀带去了太原，剩下的副将刘迁等人就纷纷行动了起来。
当这些大同边军的副将、参将，获悉了孙传庭已经和多尔衮联军的消息以后，更是异常兴奋。他们先将大同制将军张天琳所部兵力守备情报，全部秘密通知给了孙传庭，又在联军压境的时候，制造假消息，诱骗张天琳主动出关迎敌。
张天琳为人还算比较谨慎，他获悉明军突然反攻大同的消息后，虽然受到这些降将的蛊惑煽动，以为只是明军一次不成气候的反扑攻势，但还是把相关消息送往太原，并提醒田见秀代北军事局面还并不十分安定，让他如有余力，可以带一些援兵来增强代北的防御情况。
田见秀当然第一时间，就把这条至关重要的军事情报告知给了被他当做心腹信任的姜瓖。姜瓖了解到相关的情况后，马上就主动请缨，请为先锋，率领一支兵马前往大同增强闯军的防御力量。
田见秀不疑有他，不仅允许姜瓖在太原召集旧部，还把自己率领的一部分闯军精锐战兵都交给了姜瓖指挥。
这一切形势的发展，都让怀有二心的姜瓖大感兴奋。他已经感到闯军末日在即，自己跳回到明朝这条大船上的机会好像也不远了。
但是因为姜瓖试图尽量多的在太原召集一些旧部，就耽搁了几天时间。在这短短数日时间里，张天琳已为原大同副将刘迁蛊惑煽动，冒然出关迎敌。
孙传庭布置重兵伏击，又得到多尔衮的八旗铁骑增援，张天琳毫无防备地冲进了明清联军的包围网中，虽然奋勇拼杀，激烈抵抗，可是很快副将刘迁等人便纷纷叛变。
叛将们砍倒了闯军的旗帜以后，又为东虏指明了张天琳所在的位置。多尔衮当机立断，马上就精挑细选了一批弓术高超的射手和枪法精湛的铳手，令他们突入闯军阵前，集火射击，于乱兵之中先行把闯军主帅张天琳击杀。
张天琳一死，大同闯军又处在明清联军的包围伏击之中，马上就损失惨重，几乎不复为战。张天琳的中军都尉张黑脸率领闯军余部，拼尽全力突围而出，试图返回大同，凭借城防固守待援。
可是这时候，大同城内的明军降将也纷纷行动了起来。他们联合城内的不法官绅，把闯军的家属和其他官吏全部屠杀以后，关闭城门，从城头开炮射箭，不许张黑脸所部退回大同城。
张黑脸无可奈何，只好转身与追击过来的明清联军拼死作战，终于不幸牺牲。
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