崇祯皇帝怒，命礼部进钱千秋卷，阅毕责钱谦益，钱谦益引罪。崇祯皇帝叹曰：“微温体仁，朕几误”遂叱章允儒”挟私多欲，结党营私”，王永光给章允儒求情，说他只是一时失言；崇祯帝斥责王永光道：“糊涂，章允儒挟私多欲，卿等难道看不出么”崇祯帝遂将章允儒下锦衣卫狱，罢官削籍。
崇祯皇帝思索片刻后，又拟了一道旨意：“钱谦益关节有据，结党营私，祖宗成法，朕不敢违，着革职查办，速将钱千秋逮捕归案，命法司严审”
崇祯皇帝扫了一眼群臣道：“卿等因为如何”群臣们道：“请皇上息怒，会推阁臣本是件好事，如今反倒处分钱谦益，恐怕与会推事有些不便”崇祯皇帝怒道：“朕命辅臣们群推阁臣，对爱卿们何等信任，如今反倒推出钱谦益这样的人”
看崇祯皇帝余怒未消，群臣们不敢再多言，崇祯皇帝道：“皇祖朝阁中也就一员，如今虽然天下不安，韩爌任首辅，有二、三员也就够了，会推这件事暂时停了，不用再报名单了。”
群臣们都保持沉默，无助温体仁者，独周延儒奏曰：“会推名虽公，主持者止一二人，余皆不敢言，即言，徒取祸耳。且千秋事有成案，不必复问诸臣。”崇祯皇帝赞许的望了周延儒一眼，宣布退朝。
章允儒及给事中瞿式耜、御史房可壮等，皆坐钱谦益党，降谪有差；御史毛九华劾温体仁居家时，以抑买商人木，为商人所诉，赂崔呈秀以免。又困杭州建逆祠，作诗颂魏忠贤。崇祯皇帝命浙江巡抚核实；御史任赞化亦劾温体仁娶娼、受金，夺人产诸不法事。崇祯皇帝怒其语亵，贬一秩调外。温体仁乞罢，因言：“比为钱谦益故，排击臣者百出。而无一人左袒臣，臣之孤立可见。”
崇祯皇帝再召内阁九卿质之，温体仁与毛九华、任赞化诘辩良久，言二人皆钱谦益死党。崇祯皇帝心以为然，独召大学士韩爌等于内殿，谕诸臣不忧国，惟挟私相攻，当重绳以法。温体仁复力求去以要崇祯皇帝，崇祯皇帝优诏慰答焉。已，给事中祖重晔、南京给事中钱允鲸、南京御史沈希诏相继论温体仁热中会推，劫言者以党，崇祯皇帝皆不听。
法司上钱千秋狱，言钱谦益自发在前，不宜坐。崇祯皇帝诏令再勘。温体仁复疏言狱词皆出钱谦益手。刑部尚书乔允升一怒之下，召集大理寺卿康新民，太仆寺卿蒋允仪，府丞魏光绪，给事中陶崇道，御史吴甡、樊尚璟、刘廷佐等人共同审理钱千秋案，又请了二十多名各部的官员旁观，更允许群众参观整个审理过程。
自天启元年科举案发后，到如今的崇祯元年，已过去了七、八年的时间，钱千秋一直没有回浙江，留在京城靠着教书维持生计；如今已是“老态龙钟”、疾病缠身的钱千秋，那里还得看出来当年也是个“意气风放”的风流才子，此番被锦衣卫奉旨逮拿在案，钱千秋早就吓得浑身发抖，面色惨白。
可是让钱千秋更加感到惧怕的还在后面，上了大堂，他放眼望去，皆是衣冠禽兽，在京师呆久了，钱千秋也能分辨出这些官的大小，那个领头的居然是穿着绯袍，补子上绣着仙鹤，赫然是位一品大员刑部尚书，还有众多二品、三品的大官等等钱千秋脑袋一阵发晕，自己这是犯了什么大案了，居然要这么多大官公开审理
就在钱千秋还在发晕的时侯，刑部尚书乔允升一拍惊堂木，喝道：“钱千秋，你速把天启元年的那件科举案从速招来”钱千秋听到是那件科举弊案，反倒放心了，于是将当年的情形一五一十地说了出来。
原来明代的科举，因为中了举以后，可谓“名利双收”；因此各种针对科举的舞弊手段是“层出不穷”；这其中就有专门贿赂考官、泄露考题、打通各个关节的团队；当时只是个秀才的钱千秋，多年来一直没有考取举人，又不愿意中途放弃科举之路，这次又来到杭州参加会试；说起来，也算钱千秋倒霉，他正好遇到徐时敏、金保元两个骗子，他们谎称是主考官钱谦益的门生，只要掏出二千两银子，就可以让钱千秋中举，钱千秋本来也是半信半疑，可是听说中举后才收钱，也就欣然同意，双方于是立下字据为凭。
徐时敏、金保元还“煞有其事”的让钱千秋将“一朝平步上青云”书写在每段文章的结尾，如此一来，主考官钱谦益看到，就会将其录取了；钱千秋等到发榜之日，发现自己真的中了，做了“梦寐以求”的举人老爷，还以为徐时敏、金保元真的起了作用；等那股兴奋劲过去，钱千秋仔细看卷子，发现钱谦益只取了第五名，另外一位考官反倒取了第三名，他才知道被徐时敏、金保元欺骗了。
钱千秋于是拒绝付银子给徐时敏、金保元，徐时敏、金保元那肯与他善罢甘休，拿出字据扬言要揭发他，钱千秋抱着息事宁人的想法，凑了几百两银子给徐时敏、金保元，徐时敏、金保元收了银子，仍然不肯放过他，钱千秋在家乡呆不下去，于是到京城来避祸，没想到徐时敏、金保元竟然也跑到京城来追债，一时间，这件事闹得“沸沸扬扬”。
当时，吏部按照历年惯例，抽取浙江的试卷进行复查，此程序也称做磨勘，负责此事的官员看了钱千秋的卷子后，也发现有问题，于是将这起作弊案揭发出来；刑部闻听此案，立即将钱千秋、金保元、徐时敏一干人犯捉拿在案，经过审讯后发现金保元、徐时敏与钱谦益并无瓜葛，纯属诈骗钱千秋钱财。
刑部最后结案陈词为：钱千秋革去举人功名、发配边疆，金保元、徐时敏因为当时已死在狱中，不再追索，钱谦益作为科举主考官，只顾着游山玩水，吟诗作赋，负有失察之过，予以罚俸三月的处分，因为此案，钱谦益先是上疏自劾，后来又被魏忠贤指使言官顾其仁将其弹劾回籍。