毛文龙认识到建虏的危险性，如果不将他们彻底剿灭，以后必能为明朝的心腹之患，并且对文官们“头痛医头”、不供应粮饷、器械、船只的做法提出批评，：“奴不西去，不言牵制得力，奴一过河，便言职不牵制。岂不念全辽不复，山海终危，奴贼不灭，终为国患，职于天启三年间，早已料之。又岂不念弗谓得过一日，纽目前之小安，忘灵长之大计，职亦于天启三年间，早提醒之。为因庙堂全无一定之计，奴伏而群情泄泄，奴动而众议纷纷，更不以职言为是，急加粮饷军需，乘时剿复，致有今日。
及至今日，便议移镇，此何见也前请加饷，两年以内分文未增；所请器械，两年亦未运至，所请船支今方鸠工，未得一帆应用。今部犹言，不殚悉索以供之，将示高丽人好听乎抑以此而吓奴酋也切恐东江移镇，即失地势，并惑人心，无论不能进剿，亦不能牵制，断断乎其不可者。”
毛文龙最后又陈述自己为了辽事累得百病交加，如果皇上不相信自己，请另选贤能：“至于东江之南北官兵，饥寒穷苦，最可怨叹。上年十月，冰结断运，迄今已踰八月，天津运颗粒未至。去年所剩青州银两，于登州买运者，止至百石余。嗷嗷之众，张颐待哺。幸得去冬所存之货，换买高丽粮十万余石，分给糊口；至三月终，入已告绝，饿死无数。
又移文乞借于高丽熟米七千余包为粆，进攻辽阳、鞍山等处，以撤奴回，具见塘报。虽损兵折将，而奴已掣回矣，职一腔之热血遂毕。但行军草野，卧地十六夜，风雨淋漓，致受湿气，手足疯麻，百病交发；且以南北官兵奄奄乏食，束手待毙，伤痛切心，卧床不起，难以理事。
毛文龙为自己辩解，如果当初自己不是以辽事为念，又何苦接受王化贞的任命，来东江镇：”伏恳皇上敕下阁枢会议，速择贤能代职料理，用职之言，以终此局，不惟职尾大之心迹切明，而封疆之大事亦完，即游于泉壤间，深感皇上鸿恩，全始全终，当励魂杀贼，以图仰报。或曰奴贼西犯，职故为此辞，不知职之焦劳成病，原为乏粮饷、乏器械、乏同心共济，其非畏敌也明矣。
使职而果畏敌，当日辽事败坏，经、院、道、镇业已数毙，兵马尽西；使职不知此局，当与草木同腐，飘然长往也，又何以率三百人而来东江、擒伪贼、沐皇恩而不能知始局自是知终局。今日何以抚招兵民至数十余万而求代，则病果入膏肓，自分难以救治，恐误国而并以误东江。是吐向扼之愚忠，祈立善后之左券也。”
天启皇帝也不赞同阎鸣泰的这个移檄方略，说自己知道了，还安抚毛文龙：“疏说地势、人心极明，不必移驻。其请器械、船支、饷银，着该部酌议具奏，兵部知道。”
努尔哈赤本来有意再攻宁远，结果却被毛文龙从背后桶了一刀，破坏了他再征宁远的计划，令努尔哈赤更加郁闷；努尔哈赤在攻打宁远时，本来就受了炮伤，伤势未完全康复，努尔哈赤完全不顾自己已是快七十岁的人了，又忙着东征西战，鞍马劳累，终于一病不复起，努尔哈赤传令让大妃阿巴亥前来伺侯。
阿巴亥生于万历十八年公元一千五百九十年，全名为为乌拉那拉氏阿巴亥，本是乌拉部满泰贝勒之女，万历十九年，叶赫、乌拉、哈达等九部联合进攻努尔哈赤部，结果惨败，满泰狼狈逃回，其弟布占泰却被俘虏，当时，布占泰为求保命，于是吐露出自己是满泰之弟，努尔哈赤以为布占泰”奇货可居“，遂解其缚，与以猞猁狲裘。后来，努尔哈赤将自己的四女穆库什，舒尔哈齐的长女额实泰都嫁与布占泰。
万历二十四年公元一千五百九十六年，乌拉部满泰贝勒被部落中人杀死，努尔哈赤于是扶持布占泰登上乌拉部贝勒之位，布占泰继位之初，”投桃报李“地选择与努尔哈赤结盟；万历二十九年公元一千六百零一年十一月，布占泰将收养的阿巴亥嫁给努尔哈赤。
此时的阿巴亥还是个十一、二岁的小女孩，努尔哈赤已经四十多岁了，努尔哈赤很痛爱阿巴亥，再加上他有意拉拢乌拉部，于是让阿巴亥坐上大福晋的宝座；阿巴亥也很争气，万历三十三年公元一千六百零五年，生下了第一个儿子阿济格，他也是努尔哈赤的第十二子；万历四十年公元一千六百一十二年，生下了第十四子多尔衮；万历四十二年公元一千六百一十四年，生下了第十五子多铎。
然而，布占泰在登上乌拉部贝勒之位后，却跟努尔哈赤彻底闹翻了，努尔哈赤以乌喇国背盟，亲率大兵往征之；当时，乌喇贝勒布占泰率兵三万，越伏尔哈城而军，统军诸贝勒大臣皆欲战；努尔哈赤曰：“我仰荷天眷，自幼用兵以来，虽遇劲敌，无不单骑突阵，斩将搴旗。今日之役，我何难率尔等身先搏战，但恐贝勒诸大臣或致一二被伤，实深惜之。故欲计出万全，非有所惧而故缓也。尔众志既孚，即可决战。”
努尔哈赤命取铠胄被之，曰；“倘蒙天眷佑，破敌众，即乘势夺斗，克其城，毋使复人。”乃进兵，指挥将军，比接战，亲驰冲入，大败乌喇兵，遂火并乌拉部。阿巴亥生性机变，她在努尔哈赤面前大吹“枕头风”，躺过了这一场劫难。
八旗创建之时，努尔哈赤统领正黄旗四十五个牛录、镶黄旗二十个牛录，一共六十五个牛录；皇太极、代善分别统正白旗、正红旗各二十五个牛录；莽古尔泰统正蓝旗二十一个牛录。在阿巴亥的影响下，努尔哈赤将正黄旗的四十五个牛录，分给了阿济格、多尔衮、多铎三兄弟，自己只保留二十个牛录。