王敦最后奏曰：“臣门户特受荣任，备兼权重，渥恩偏隆，宠过公族。行路厮贱犹谓不可，臣独何心可以安之。臣一宗误陛下，倾覆亦将寻至；虽复灰身剖心，陛下追悔将何所及伏愿谅臣至款，及今际会，小解散之，并授贤俊，少慰有识，各得尽其所怀，则人思竞劝矣。州牧之号，所不敢当，辄送所假侍中貂蝉。又宜并官省职，以塞群小觊觎之望。”
晋元帝司马睿优诏不许。王敦又固辞州牧，听为刺史。时刘隗用事，颇疏间王氏，王导等甚不平之。王敦上疏曰：
“导昔蒙殊宠，委以事机，虚己求贤，竭诚奉国，遂藉恩私，居辅政之重。帝王体远，事义不同，虽皇极初建，道教方阐，惟新之美，犹有所阙。臣每慷慨于遐远，愧愤于门宗，是以前后表疏，何尝不寄言及此。陛下未能少垂顾眄，畅臣微怀，云导顷见疏外，所陈如昨，而其萌已著，其为咎责，岂惟导身而已。群从所蒙，并过才分。导诚不能自量，陛下亦爱忘其短。常人近情，恃恩昧进，独犯龙鳞，迷不自了。臣窃所自忧虑，未详所由，惶愧踧躇，情如灰土。天下事大，尽理实难，导虽凡近，未有秽浊之累；既往之勋，畴昔之顾，情好绸缪，足以历薄俗，明君臣，合德义，同古贤。昔臣亲受嘉命，云：“吾与卿及茂弘当管鲍之交。“臣忝外任，渐冉十载，训诱之诲，日有所忘；至于斯命，铭之于心，窃犹眷眷，谓前恩不得一朝而尽。
伏惟陛下圣哲日新，广延俊，临之以政，齐之以礼。顷者令导内综机密，出录尚书，杖节京都，并统六军，既为刺史，兼居重号，殊非人臣之体。流俗好评，必有讥谤，宜省录尚书、杖节及都督。且王佐之器，当得宏达远识、高正明断、道德优备者，以臣暗识，未见其才。然于见人，未逾于导；加辅翼积年，实尽心力。霸王之主，何尝不任贤使能，共相终始管仲有三归反坫之识，子犯有临河要君之责，萧何、周勃得罪囹圄，然终为良佐。以导之才，何能无失，当令任不过分，役其所长，以功补过，要之将来。导性慎密，尤能忍事，善于斟酌，有文章才义，动静顾问，起予圣怀，外无过宠，公私得所。今皇祚肇建，八表承风；圣恩不终，则遐迩失望。天下荒弊，人心易动；物听一移，将致疑惑。臣非敢苟私亲亲，惟欲忠于社稷。”
王敦上表至，王导未看，封起来以还王敦，王敦复遣奏之。
王敦“蜂目豺声”，雅尚清谈，口不言财色。既素有重名，又立大功于江左，手控强兵，群从贵显，威权莫贰，遂欲专制朝廷，有问鼎之心。晋元帝司马睿畏惧、厌恶之，遂引刘隗、刁协等以为心膂。王敦益发心里不能平静，于是双人之间的嫌隙开始构成矣。
王敦每酒后辄咏魏武帝曹操乐府歌曰：“老骥伏枥，志在千里。烈士暮年，壮心不已。“以如意打唾壶为节，壶边尽缺，以表达愤慨之意。湘州刺史甘卓迁梁州，王敦欲以从事中郎陈颁代甘卓，晋元帝司马睿不从，更以谯王司马承镇湘州。晋元帝司马睿谓司马承曰：“湘州南楚险固，在上流之要，控三州之会，是用武之国也。今以叔父居之，何如”
王敦复上表陈古今忠臣见疑于君，而苍蝇之人交构其间，欲以感动天子。晋元帝司马睿愈忌惮王敦。只加了王敦羽葆、鼓吹，增从事中郎、掾属、舍人各二人。晋元帝司马睿以刘隗为镇北将军，戴若思为征西将军，悉发扬州奴为兵，外以讨伐胡人，实御王敦也。永昌元年，王敦以诛刘隗为名挑起内战，曰：
“刘隗前在门下，邪佞谄媚，谮毁忠良，疑惑圣听，遂居权宠，挠乱天机，威福自由，有识杜口。大起事役，劳扰士庶，外托举义，内自封植；奢僣过制，乃以黄散为参军，晋魏已来，未有此比。倾尽帑藏，以自资奉；赋役不均，百姓嗟怨；免良人奴，自为惠泽。自可使其大田以充仓廪，今便割配，皆充隗军。臣前求迎诸将妻息，圣恩听许，而隗绝之，使三军之士莫不怨愤。又徐州流人辛苦经载，家计始立，隗悉驱逼，以实己府。当陛下践阼之始，投刺王官，本以非常之庆使豫蒙荣分。而更充征役，复依旧名，普取出客，从来久远，经涉年载，或死亡灭绝，或自赎得免，或见放遣，或父兄时事身所不及，有所不得，辄罪本主，百姓哀愤，怨声盈路。身欲北渡，以远朝廷为名，而密知机要，潜行险慝，进人退士，高下任心，奸狡饕餮，未有隗比，虽无忌、宰嚭、弘恭、石显未足为喻。是以遐迩愤慨，群后失望。
臣备位宰辅，与国存亡，诚乏平勃济时之略，然自忘驽骀，志存社稷，岂忍坐视成败，以亏圣美。事不获已，今辄进军，同讨奸孽，愿陛下深垂省察，速斩隗首，则众望厌服，皇祚复隆。隗首朝悬，诸军夕退。昔太甲不能遵明汤典，颠覆厥度，幸纳伊尹之勋，殷道复昌。汉武雄略，亦惑江充谗佞邪说，至乃父子相屠，流血丹地，终能克悟，不失大纲。今日之事，有逾于此，愿陛下深垂三思，谘询善道，则四海安，社稷永固矣。”
王敦又曰：“陛下昔镇扬州，虚心下士，优贤任能，宽以得众，故君子尽心，小人毕力。臣以暗蔽，豫奉徽猷，是以遐迩望风，有识自竭，王业遂隆，惟新克建，四海延颈，咸望太平。自从信隗已来，刑罚不中，街谈巷议，皆云如吴之将亡。闻之惶惑，精魂飞散，不觉胸臆摧破，泣血横流。陛下当全祖宗之业，存神器之重，察臣前后所启，奈何弃忽忠言，遂信奸佞，谁不痛心愿出臣表，谘之朝臣，介石之几，不俟终日，令诸军早还，不至虚扰。”