属下官员看到这种情况，“面面相觑”，对于于谦的才智、精力，没有一人不感到惊骇、佩服的；于谦号令严明，即便是勋臣、宿将，如果有不按章办事的情况，于谦会立即向景泰帝请旨指责；只要是于谦的手书，那怕就是在离京城万里之遥，没有人不警惕、佩服的。
英宗皇帝的回归，本是于谦之功，然而他从来不在别人面前提起自己的功劳；东宫太子设立后，景泰帝命兼职宫僚者支取二俸碌，诸臣皆接受，只有于谦推辞；于谦在朝堂中有很大的权利，然而他本人却崇尚节俭，所居之处简陋到仅仅只能遮蔽风雨而已。
景泰帝看到于谦生活条件如此艰苦，心里非洲过意不去，于是在西华门赐了一座装饰得”富丽堂皇“的府第给于谦，于谦辞曰：“国家正值多难之季，臣子何敢自安。“于谦将景泰帝前后所赐玉带、金、帛、器皿、图书、盔甲、蟒龙服饰，全部封起来，一年只是拿出来看一道而已，从来不在外人面前炫耀。
景泰帝对于谦的所论奏无有不从者；景泰帝曾经遣使往真定、河间采野菜，直沽制干鱼，于谦阻止了他一次后，景泰帝便停止这些行动；景泰帝每用一人，必先秘密问于谦的意见；于谦亦具实以对，无所隐瞒，不避嫌疑、仇怨，诸多不称职者皆怨恨他，而朝堂中功劳不如于谦的人，亦往往嫉妒他的才华。
于谦性情刚直，遇有不如意之事，动不动拍胸叹曰：“此一腔热血，意洒何地“于公谢绝交通，不立党援，一以忠诚，上结主知，分谤任怨。但知有国，不知有身有家，平居未尝言及于私；惟事有关休戚，虽违众行之无所惮。不贷赃吏，不问小过，急于荐贤，惟恐没人之善。凡公所甄拔，后皆一一知名，如巡抚时荐孙原贞、王来以自代，后二人皆官至尚书，令名彰彰，于谦知人之明大率类此。
敌寇刚刚退去，都御史罗通即上书弹劾于谦上的功劳簿不实，御史顾躭、户部尚书金濂亦上疏，言于谦太专横，六部大事应同内阁一起商议，于谦据祖制予以驳斥，诸御史屡次上长篇大论弹劾于谦，景泰帝不顾朝臣们的非议，仍然重用于谦。
于谦自“土木堡之变”发生后，誓不与贼寇同生。他长期在办公府衙留宿，不回自己的府弟，因为“积劳成疾”，于谦终于病倒了；景泰帝于是遣太监兴安、舒良前往探望，听说于谦穿的衣服过于单薄，于是诏令为于谦制作衣服，又为他改善伙食；听御医说于谦的病需要竹沥竹子放在火上烤以后所流出的液汁来做药引子。由于北方地区的竹林分布少，竹沥不容易取得，景泰帝于是亲临万岁山，亲自为于谦伐竹取沥。有人在景泰帝面前进言，说对于于谦的宠信太过分了，兴安等曰：“彼日夜分国忧，不问家产，即彼去，令朝廷何处更得此人“
英宗皇帝的回归，本是于谦之功，然而他对于谦始终不主和议，心里也颇为不满；徐珵因为在“土木堡之变”后议南迁，为于谦所斥。后来改名有贞，对于谦“切齿痛恨”；石亨本是渭南人，袭父职为宽河卫指挥佥事，善骑射。正统间，累官至都督同知，充参将佐朱冕守大同。也先犯境，守军覆没，石亨单骑奔京中报败绩，求救兵，收监入狱，待决秋日于谦知其冤，力保出狱为校尉，募兵勇，封都督，石亨心中敬畏于谦，因为于谦的存在，使石亨不能“为所欲为”，亦是表面尊敬于谦而已。
当年，京师保卫战时，德胜门大捷，石亨功劳没有超过于谦而得到世袭爵位，心中惭愧，于是石亨上疏推荐于谦儿子于冕。景泰帝下诏让赴于冕京师，于谦一再推辞，不肯接受世袭爵位曰：“臣果欲代子求官，自当乞恩于君父，何必假手于石亨”，又言道：“国家多事，臣子义不得顾私恩。且亨位大将，不闻举一幽隐，拔一行伍微贱，以裨军国，而独荐臣子，于公议得乎我本书生不知兵，惟圣主忧勤，吾分当死，遂不揣调度军马，区区犬马之劳，决不敢以子滥功。“
石亨听了以后感觉很羞愧，于谦总督军务渐久，凡各营号令、进退、赏罚皆由于谦而出，平日议论断制，宿将敛伏，石亨等不敢置一辞，石亨素贪，多坏军政，于谦恐误大事，悉裁之以法，日久遂成嫌隙；石亨侄儿石彪作战颇为骁勇，当时有人嫌其与石亨本是一门，又手握京城兵权，于谦于是奏以石彪充游击将军，往大同等处截杀贼寇，本是出于善意，石亨反怀恨于谦，思取而代之。都督张軏因为在征讨苗人的战争中失利，为于谦所弹劾，心中也深恨于谦，石亨、徐有贞、张軏与内侍曹吉祥等皆想憾动于谦。
景泰皇帝曾经立过朱见济作皇太子，可惜后来他却不幸亡故了；不过景泰皇帝本身还很年轻，皇太子虽然死了，景泰皇帝暂时还没有考虑到立储的问题，所谓“天有不测风云”，景泰八年正月十二日，景泰皇帝在举行仪式时，忽然呕血不能成礼而还。出居外殿，惟太医董速与宦者二十馀人侍，日则进药，夜则处榻前。群臣前往探望时，太监兴安道：“公等皆朝廷股肱，不能为社稷计，徒日日问安，有何益处”
这时立储的问题又迫切起来，当时以于谦为首的一批大臣主张立朱见深为太子，让皇位仍由宣宗皇帝一系的子孙来继承；而重病中的景泰皇帝却”一反常态“的没有听于谦的意见，是什么原因让原来合作无间，携手渡过了大明立国以来的最大一次危机的这对君臣，出现了如此大的分歧呢
这一切还要从当年英宗皇帝“北狩“说起，当时皇长子朱见深尚在襁褓之中，一个没有被立为皇太子的婴儿，没有任何号召能力；面对也先气势如虹的大军，明朝的朝堂一片“愁云惨雾”，西晋、北宋亡国时的惨祸，似乎马上就要降临。